《Journal of Clinical Microbiology》：An update on novel and included taxa and revised taxonomic status of bacteria isolated from non-domestic animals described in 2025
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维持并分析源自非家养动物物种（non-domestic animal species）的新微生物分类群（novel microbial taxa）和修订微生物分类群（revised microbial taxa）的更新列表，被视为重要的年度工作。随着研究人员持
维持并分析源自非家养动物物种（non-domestic animal species）的新微生物分类群（novel microbial taxa）和修订微生物分类群（revised microbial taxa）的更新列表，被视为重要的年度工作。随着研究人员持续研究动物和环境样本中的复杂微生物群（microbiota），确保对野生动物物种（wildlife animal species）感兴趣的所有人均可获取相关发现至关重要。本文总结并分析了2025年发表于同行评议文献（peer-reviewed literature）和/或于2025年接收的、源自非家养野生动物标本（non-domestic wildlife specimens）的新细菌分类群（novel bacterial taxa）及细菌分类学修订（taxonomic revisions）数据。尽管新鉴定或新接收的细菌中仅少数与来源宿主的临床疾病（clinical disease）相关，但部分细菌与已涉及疾病或机会性感染（opportunistic infections）的细菌亲缘关系密切。其他细菌可能为涉及益生菌（probiotics）、抗菌素耐药性（antimicrobial resistance, AMR）、代谢健康（metabolic health）、解毒（detoxification）及有毒物质降解（degradation of toxic materials）的未来研究提供有价值信息。值得关注的细菌包括 Helicobacter cappadocius sp. nov.（首个嗜冷型 Helicobacter 物种）以及 Limosilactobacillus allomucosae sp. nov.（具有作为家猪益生菌的应用潜力）。
引言
非家养动物源细菌新分类群与分类学修订的年度梳理是兽医微生物学的重要工作。研究人员持续解析动物与环境样本中的复杂微生物群（microbiota），需保证野生动物（wildlife）相关发现可及。本文汇总2025年同行评议文献发表和/或接收的、源自非家养野生动物标本的新细菌分类群（novel bacterial taxa）和分类学修订（taxonomic revisions）。多数新分类群与来源宿主临床疾病（clinical disease）无直接关联，但部分与疾病或机会性感染（opportunistic infections）相关菌近缘，另有类群对益生菌（probiotics）、抗菌素耐药性（antimicrobial resistance, AMR）、代谢健康、解毒和有毒物质降解研究有价值。自2023年起，Journal of Clinical Microbiology 推动兽医微生物分类更新年度化，ASM Journals 通过该刊发布非家养与家养动物源细菌年度更新，以促进正确命名尽快进入兽医微生物实践。
材料与方法
有效发表需满足国际原核生物命名法规（International Code of Nomenclature of Prokaryotes, ICNP）及国际原核生物系统学委员会（International Committee on Systematics of Prokaryotes, ICSP）要求：原始研究发表于 International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology（IJSEM），模式菌株保藏于两个不同国家的认可培养物保藏中心；自2018年1月起，IJSEM中的分类群描述还需将模式菌株基因组序列提交GenBank，并纳入有效发表内容。论文也可先在非IJSEM期刊有效发表，再提交IJSEM验证名录（Validation List）；作者需提交稿件副本以确认有效发表要素齐备。研究估计约半数在IJSEM外有效发表的分类群未提交验证名录。本文手工检索2025年1月至12月IJSEM全部期次及六个验证名录，仅纳入原核生物名称名录（List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature, LPSN）中状态为“正确名称”的命名；若2025年验证名录中的分类群随后被LPSN归为异名则排除。审计限定为非家养兽医材料来源；伴侣动物、农业环境动物和养殖禽类不在非家养野生动物定义内；野生来源小鼠纳入，而“家鼠”或具实验室遗传特征的小鼠排除。
结果与讨论
新分类群按革兰形态和需氧生长需求分层汇总，并在各层内按字母顺序呈现；一个分类群来自鼠肠道微生物组研究，革兰形态数据缺失，依据其所属属的历史革兰反应和大气需求知识归类；另给出非家养动物来源菌的替代分类命名。总体看，新分类群多来自健康哺乳动物粪便和呼吸道，少数与疾病相关，部分与益生菌、抗菌耐药、生物修复、昆虫控制和植物健康相关。
新分类群
革兰阳性球菌多分离自健康哺乳动物粪便和呼吸道。Streptococcus halichoeri subsp. halichoeri 是唯一与兽医物种疾病相关的分类群，原为灰海豹非溶血Lancefield B群 Streptococcus halichoeri，2025年接收亚种；其涉及獾、海狮、犬、毛皮动物和人，临床可见胸膜肺炎、骨关节感染和伤口感染，常为混合感染。遗传分析提出两个亚种以区分人和动物来源，其中人源亚种目前为不合法名称。该菌在血培养基上可有强过氧化氢酶活性，诊断中可能误判为凝固酶阴性 Staphylococcus spp.，基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（matrix-associated laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS）可进行种水平鉴定。Macrococcus capreoli 分离自狍和红鹿粪便及鼻腔黏膜，为过氧化氢酶阳性、凝固酶阴性 Staphylococcaceae 成员，与 Staphylococcus 近缘；该类群关注耐药基因，M. capreoli 含 fosB 同源固有磷霉素耐药。革兰阳性杆菌多来自健康动物胃肠道，常与益生菌、代谢健康或抗病原保护相关。Bifidobacterium saimiriisciurei 和 Bifidobacterium platyrrhinorum 分离自健康松鼠猴粪便，为首次在该非人灵长类发现的双歧杆菌，提示其肠道共生功能。Agromyces laixinhei 分离自蝙蝠粪便，Agromyces 多与土壤、植物根际和昆虫相关，具工业应用、塑料废物生物降解和抗菌化合物产生潜力。Herbiconiux liangxiaofengii、H. wuyangfengii 和 H. liukaitaii 分离自高原鼢鼠肠道，同属其他菌与植物叶际和昆虫肠道共生解毒植物材料有关，可能参与野生啮齿动物植物消化。Limosilactobacillus allomucosae 分离自新加坡野猪粪便，为非产芽孢乳酸菌，可利用益生元增强纤维消化和营养吸收，具高胆盐耐受和黏蛋白结合潜力，可能作为家猪益生菌。Microbacterium jiangjiandongii 和 M. wangruii 分离自喜马拉雅旱獭肠道，与原油降解菌 M. oleivorans 和乳品工业相关 M. paulum 近缘；Microbacterium 多为耐热、可耐受微滤和巴氏消毒的细菌。Paenibacillus lutrae 分离自西班牙水獭粪便，产芽孢，28°C最佳，具高几丁质分解活性；近缘 P. popilliae 可感染日本金龟子幼虫并产生杀灭活性，几丁质酶还有杀真菌和生物降解应用，但该属也含蜜蜂幼虫病原 P. larvae。革兰阴性杆菌多来自粪便。Aequorivita ciconiae 分离自东方白鹳粪便，属 Flavobacteriaceae，具硫酸酯酶和DNA修复相关基因，适应肠道；其最佳生长需较高盐和较低温度，也适应沿海湿地；Aequorivita 某些成员有抗菌、驱虫和聚对苯二甲酸乙二醇酯（poly(ethylene terephthalate), PET）活性酶。Comamonas halotolerans 分离自长尾斑羚粪便，耐7% NaCl；Comamonas 原归 Pseudomonas，环境常见，动物胃肠道分离增多，与菌群紊乱和兽医尿路感染有关。Bergeyella anatis 分离自鸭上呼吸道，支持 Bergeyella 为兽医物种呼吸道共生；B. zoohelcum 可经猫狗咬伤致人机会感染；B. anatis 与 B. zoohelcum 为专性需氧，B. anatis 是唯一42°C生长者，适应禽类较高体温；五株中四株携带 bla
OXA-209，与头孢他啶和头孢吡肟耐药一致，并耐氨基糖苷。Megasphaera jansseni 分离自野猪粪便，为革兰阴性专性厌氧菌，产短链和中链脂肪酸，参与反刍动物消化并可用于益生菌；其他 Megasphaera 种与细菌性阴道病、早产和HIV获得风险相关。Campylobacter molothri 为马尿酸酶阳性种，分离自野生鸟粪、泄殖腔和河水，严格厌氧37°C生长，不水解吲哚乙酸，与 Campylobacter jejuni subsp. jejuni 不同；其致病性未确定，但其他 Campylobacter 具兽医重要性，反刍动物生殖感染，野生鸟可传播。Helicobacter cappadocius 分离自蜥蜴泄殖腔，20°C以下可培养，为首个嗜冷 Helicobacter，适应爬行动物体温；Helicobacter 与猪和雪貂胃炎相关；爬行动物和两栖动物意义尚少，蓝鬣蜥 Helicobacter sp. GCBI1 曾致显著发病和死亡，绿鬣蜥可能传播但健康个体未检出；更多爬行动物 Helicobacter 表征有助濒危爬行动物保护和人类动物疾病预防。
分类学修订
2025年仅四个非家养动物源分类群提出修订。Peribacillus castrilensis 原分离自水獭粪便，后与 P. frigoritolerans 99.9%相似，被提议为异名；该菌常见于环境，用于农业生物防治和促生长，人源分离株毒力随感染部位和严重程度不同，全基因组测序最准确。Blautia coccoides 因16S rRNA 99.65%相似被提议为 B. producta 异名；Blautia 多居哺乳动物肠道，B. producta 具调脂、改善葡萄糖代谢、抑制细胞脂质积累、治疗高脂血症潜力，并在结肠炎中抗炎、保护肠屏障。Dialister histaminiformans comb. nov. 为原 Allisonella histaminiformans 的修订；该革兰阴性厌氧菌产组胺，与牛马蹄叶炎相关，高谷物日粮增加胃肠道组胺积累，损伤上皮并促进吸收，引发急性蹄炎；发现时为首个以组氨酸为唯一能源的产组胺菌，随谷物增加且耐酸，近期作为人肝病相关认知功能障碍标志物。Pseudoroseomonas wenyumeiae 修订为 Teichococcus coralli comb. nov.。这些修订反映分类学观点变化和16S rRNA/基因组比较对命名的调整。
结论
本文多数新分类群属于哺乳动物胃肠道正常微生物群，仅一个近期发表或接收的分类群来自患病动物；少数有散在机会致病报告，多涉及人。许多分类群与肠道健康、生物修复、昆虫控制和植物健康应用相关。进一步界定动物尤其非家养动物微生物区系，有助于维持种群健康、监测新病原，并为可持续发展和诊断研究提供信息；总结新细菌分类群可确保数据可及。
