pyHole：一个用于快速孔道剖析和可视化的轻量级跨平台Python工具包

《Biophysical Journal》：pyHole: An interactive tool for analysis and visualization of pores in macromolecules

　　

摘要

离子传导孔道和运输通道通常通过其中心线几何形状、半径剖面、瓶颈区域和衬里残基来概括，然而，用于此类分析的最常用工具要么已经过时，要么难以使用，要么在当代操作系统上无法本地获取。在此，我们介绍pyHole，一个轻量级、完全基于Python的跨平台工具包，用于从原子结构中进行快速线性孔道剖析和可视化。给定残基定义的边界，pyHole可追踪笔直或曲率感知的中心线，逐片层评估孔道半径，并报告可及半径、衬里残基、每片层的疏水性或静电指数、可及体积和几何体积，以及一个简单的几何开放性指数。结果以可移植的CSV表格和PDB表示形式（中心线和网格表面）输出，可在分子图形软件中原生渲染。一个捆绑的ChimeraX扩展提供了交互式前端，使用户可以在查看器中选择模型和残基边界，并立即可视化输出结果。总之，pyHole为表征大分子内的通道提供了一种实用且易于使用的解决方案。