绿藻 *Mychonastes koreanus* MKSC25 的完整线粒体基因组序列与特征分析

《Microbiology Resource Announcements》：Complete mitochondrial genome sequence of the green alga Mychonastes koreanus MKSC25 (Chlorophyta)

　　绿藻 *Mychonastes koreanus* MKSC25 的完整线粒体基因组长度为 23,905 bp，GC 含量为 44.88%。该基因组包含 13 个蛋白编码基因、22 个 tRNA 基因、2 个被分割为 7 个片段的 rRNA 基因、1 个推测的开放阅读框（*orf158*），以及一个插入 *rrnL4* 的 299 bp I 型内含子。**公告***Mychonastes* 属（绿藻门；绿藻纲）的成员栖息于淡水及半咸水生境中（1, 2）。尽管 *Mychonastes koreanus* 最初是从淡水中被描述的（3），但菌株 MKSC25 是从沿海海水中分离得到的，这表明其具有耐盐性。在此，我们报道 *M. koreanus* MKSC25 的线粒体基因组序列，作为 *Mychonastes* 属内比较线粒体基因组学和系统发育研究的资源。*M. koreanus* MKSC25 于 2025 年 6 月（25°C，32 PSU）从韩国舒川郡的沿海海水中（36°01′46.55″N，126°39′51.14″E）分离获得。通过在 BG-11 琼脂（1.5%）上反复划线（2），建立了单藻培养物。为了提取基因组 DNA，将菌株 MKSC25 在 100 mL BG-11 培养基中于 27°C 下培养 21 天，光周期为 14 小时光照/10 小时黑暗，辐照度为 170 μmol 光子 m?2 s?1。使用 APBIO APrep Plant DNA Kit（APBIO，韩国南杨州市）提取基因组 DNA。该菌株基于形态学（2）以及 18S rRNA 基因、ITS 区和 28S rRNA 基因序列进行鉴定（GenBank 登录号 [PZ195265](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/PZ195265.1/)、[PZ195266](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/PZ195266) 和 [PZ195267](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/PZ195267)），与原始物种描述（3）显示出 100% 的序列一致性。标本保藏于韩国舒川的韩国国家海洋生物多样性研究所（[https://www.mabik.re.kr/](https://www.mabik.re.kr/)），凭证号为 MABIK LP00000468。使用 Illumina DNA Prep 试剂盒构建双端文库，并在 NovaSeq 6000 系统（Illumina，美国加利福尼亚州圣迭戈）上用 NovaSeq 6000 S4 Reagent Kit v1.5 进行测序（2 × 150 bp）。原始读段（316,197,660 条读段；47.75 Gb）使用 Cutadapt v3.11（4）进行处理，以修剪接头并过滤低质量序列（*Q* < 20）。清洗后的读段（280,424,160 条读段）在 CLC Genomics Workbench v2025（CLC bio，丹麦奥胡斯）中进行*de novo*组装，相似度分数为 0.8，长度分数为 0.5，生成 1,654 个重叠群（23,784,083 bp；N50，28,763 bp）。通过 CLC Genomics Workbench 中实现的 BLASTN 算法（5），鉴定出与已发表绿藻线粒体基因具有 BLASTN 相似性（*E*-值 ≤ 0.001）的重叠群。使用 Geneious Prime v2021.1.1（Biomatters，新西兰奥克兰）中的默认映射器设置，将清洗后的读段迭代映射到线粒体重叠群，直到无法进一步延伸。通过人工检查重叠末端序列确认环化，随后修剪冗余重叠，并将基因组旋转至以*co1*基因起始。使用 GeSeq v2.03（6）注释基因，并在 MEGA v10.2.2（7）中人工验证。使用 Qualimap v2.3（8）评估测序深度和覆盖度，并使用 OGDRAW v1.3.1（9）生成线粒体基因组图谱。*M. koreanus* MKSC25 的完整线粒体基因组（[图 1](#F1)）是一个长度为 23,905 bp 的环状双链 DNA 分子，GC 含量为 44.88%。该组装实现了 100% 的覆盖率，平均深度为 2,880×。基因组包含 13 个蛋白编码基因、22 个 tRNA 基因、2 个被分割为 7 个片段的 rRNA 基因、一个 477 bp 的推测开放阅读框（*orf158*），以及一个插入 *rrnL4* 的 299 bp I 型内含子（[表 1](#T1)）。在 13 个蛋白编码基因中，12 个以 TCA 终止，而只有 *co3* 以 TAA 终止，这与相关的绿藻纲线粒体基因组一致（10）。**图 1** *Mychonastes koreanus* MKSC25 的环状线粒体基因组（GenBank 登录号 [PZ368384](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/PZ368384)）。反向链和正向链上编码的基因分别显示在圆圈内部和外部。内部灰色轨道显示整个基因组的 GC 含量。**表 1** *Mychonastes koreanus* MKSC25 线粒体基因组的注释摘要和基因组织^a| 基因 | 类型 | 起始位置 | 终止位置 | 长度 | 方向 | 起始/终止密码子 ||------|------|----------|----------|------|------|------------------|| *co1* | CDS | 1 | 1608 | 1608 | 反向 | ATG/TCA || *nd2* | CDS | 1650 | 3173 | 1524 | 正向 | ATG/TCA || *orf158* | 推测 ORF | 3188 | 3664 | 477 | 正向 | ATG/TGA || *co2* | CDS | 3983 | 4420 | 438 | 正向 | ATG/TCA || *trnY(gta)* | tRNA | 6540 | 6621 | 82 | 反向 | – || *trnR(acg)* | tRNA | 6637 | 6710 | 74 | 反向 | – || *trnL1(tag)* | tRNA | 6713 | 6794 | 82 | 反向 | – || *trnS1(gct)* | tRNA | 6810 | 6897 | 88 | 反向 | – || *trnH(gtg)* | tRNA | 6902 | 6974 | 73 | 反向 | – || *rrnL4-1* | rRNA 片段 | 7013 | 8004 | 992 | 反向 | – || intron | 内含子 | 8005 | 8303 | 299 | 反向 | – || *rrnL4-2* | rRNA 片段 | 8304 | 8325 | 22 | 反向 | – || *rrnS1* | rRNA 片段 | 8747 | 9656 | 910 | 反向 | – || *trnS2(gga)* | tRNA | 9741 | 9824 | 84 | 反向 | – || *trnQ(ttg)* | tRNA | 10274 | 10346 | 73 | 反向 | – || *trnE(ttc)* | tRNA | 11101 | 11173 | 73 | 反向 | – || *trnL2(caa)* | tRNA | 11304 | 11386 | 83 | 正向 | – || *nd4l* | CDS | 11397 | 11699 | 303 | 正向 | ATG/TCA || *trnP(agg)* | tRNA | 11709 | 11783 | 75 | 正向 | – || *atp9* | CDS | 11825 | 12046 | 222 | 正向 | ATG/TCA || *trnI(gat)* | tRNA | 12082 | 12154 | 73 | 正向 | – || *atp6* | CDS | 12155 | 13036 | 882 | 正向 | ATG/TCA || *trnV(tac)* | tRNA | 13047 | 13118 | 72 | 正向 | – || *nd4* | CDS | 13120 | 14703 | 1584 | 正向 | ATG/TCA || *nd1* | CDS | 14795 | 15763 | 969 | 正向 | ATG/TCA || *trnW(cca)* | tRNA | 15776 | 15846 | 71 | 正向 | – || *trnF(gaa)* | tRNA | 15848 | 15921 | 74 | 正向 | – || *trnN(gtt)* | tRNA | 15927 | 15998 | 72 | 正向 | – || *trnG(tcc)* | tRNA | 16000 | 16073 | 74 | 正向 | – || *rrnL1* | rRNA 片段 | 16084 | 16627 | 544 | 正向 | – || *cyb* | CDS | 16667 | 17848 | 1182 | 正向 | ATG/TCA || *trnD(gtc)* | tRNA | 17884 | 17957 | 74 | 正向 | – || *nd3* | CDS | 18061 | 18414 | 354 | 正向 | ATG/TCA || *co3* | CDS | 18433 | 19383 | 951 | 正向 | ATG/TAA || *rrnL2* | rRNA 片段 | 19397 | 19917 | 521 | 正向 | – || *rrnS2* | rRNA 片段 | 19947 | 20503 | 557 | 正向 | – || *rrnL3* | rRNA 片段 | 20521 | 20799 | 279 | 正向 | – || *trnA(tgc)* | tRNA | 20800 | 20872 | 73 | 正向 | – || *nd5* | CDS | 20934 | 22868 | 1935 | 正向 | ATG/TCA || *trnC(gca)* | tRNA | 22877 | 22949 | 73 | 反向 | – || *trnK(ttt)* | tRNA | 23001 | 23074 | 74 | 反向 | – || *trnMe(cat)* | tRNA | 23099 | 23170 | 72 | 反向 | – || *nd6* | CDS | 23196 | 23813 | 618 | 反向 | ATG/TCA || *trnMf(cat)* | tRNA | 23817 | 23888 | 72 | 反向 | – |^a –，不适用。**致谢**本工作得到韩国国家海洋生物多样性研究所（MABIK）资助，资助号为 2026M00200。我们感谢韩国 Digital Omics Co., Ltd. 在生物信息学分析过程中提供的专家咨询和支持。作者对本文的内容和撰写负全部责任，并保证计算机生成的图像已进行最小化处理。