Ancylobacter sp.菌株SB2的完整基因组序列，一种分离自碱性矿泉水泉的氢氧化细菌

《Microbiology Resource Announcements》：Complete genome sequence of Ancylobacter sp. strain SB2, a hydrogen-oxidizing bacterium isolated from an alkaline mineral water spring

　　我们报告了从碱性矿泉水泉中分离出的氢氧化细菌Ancylobacter sp.菌株SB2的完整基因组序列。该基因组包含5,124,764 bp，G+C含量为66.36%。基于基因组的分类分析表明，菌株SB2在基因组水平上与所检测的Ancylobacter属模式菌株不同。公告氢氧化细菌（HOB）作为基于CO₂生物制造的生物催化剂引起了关注（1）。大多数已表征的HOB是从中性环境中分离出来的，而栖息于碱性环境的HOB在很大程度上仍未被充分研究（2）。Ancylobacter属成员是常见于水生和陆生环境中的好氧α-变形菌（3），并且已知几种物种（包括A. novellus）是HOB（4）。在这里，我们报告了Ancylobacter sp.菌株SB2的完整基因组序列，该HOB是从碱性矿泉水泉中分离得到的。2023年6月，从Atago矿泉（日本秋田县；39.15° N，140.50° E）收集了500 mL水样（pH 9.8），并将0.1 mL等分试样接种到50 mL以HCO?^?/CO?2^?缓冲（pH 9.8）的基础培养基（5）中。为富集培养，在H?/O?/CO?（80:10:10）气氛下于25°C、200 rpm振荡培养。经过三次传代后，将富集培养物涂布到用1.5%（wt/vol）琼脂固化的相同培养基上，并在相同气氛下培养，获得菌株SB2。菌株SB2在20 mL胰蛋白胨大豆肉汤中于25°C培养2天，然后通过离心收集。使用Genomic-tip 20/G试剂盒（Qiagen）和Genomic DNA Buffer Set（Qiagen）提取基因组DNA，使用DNA Clean Beads（MGI Tech）和DNeasy PowerClean Pro Cleanup Kit（Qiagen）纯化，并用g-TUBE（Covaris）剪切为约10–20 kb的片段。Bioengineering Lab. Co., Ltd.（日本神奈川）使用SMRTbell gDNA Sample Amplification Kit和SMRTbell Express Template Prep Kit 2.0（PacBio）从50 ng所得DNA制备测序文库，并在PacBio Revio平台上使用Revio Polymerase Kit（PacBio）按照标准方案进行测序。使用SMRT Link v.13.0.0.207600修剪突出的接头序列并获得HiFi reads。lima v.2.7.1（https://github.com/pacificbiosciences/barcoding）修剪超低PCR接头序列。pbmarkdup v.1.0.3（https://github.com/PacificBiosciences/pbmarkdup）去除PCR重复，获得24,688条reads，平均长度为9,961 bp。在使用Filtlong v.0.2.1（https://github.com/rrwick/Filtlong）排除<1,000 bp的reads并保留占总输入碱基90%的最高得分reads后，使用Flye v.2.9.2-b1786（6）对剩余21,405条reads（平均长度10,340 bp）进行组装。使用Bandage v.0.8.1（https://github.com/rrwick/Bandage）（7）确认基因组环状性，并使用CheckM2 v.1.0.1（https://github.com/chklovski/CheckM2）（8）评估基因组完整性和污染，显示99.99%完整性和0.46%污染。组装包含一个环状染色体（5,062,976 bp）和一个环状质粒pSB2（61,788 bp），覆盖度47.98×，G+C含量66.36%。使用DFAST v.1.4.0（https://dfast.ddbj.nig.ac.jp/）（9）进行基因组的结构和功能注释，鉴定出4,816个蛋白质编码序列，包括编码两个[NiFe]-氢化酶和参与Calvin–Benson–Bassham循环的酶的基因、2个rRNA操纵子和54个tRNA。使用Type (Strain) Genome Server（TYGS）（10）进行的基于基因组的分类分析将菌株SB2置于与A. novellus ATCC 8093（GCA_000092925）最接近的位置，数字DNA-DNA杂交（dDDH）值为25.2%，平均核苷酸一致性（ANI）由EzBioCloud计算器（https://www.ezbiocloud.net/tools/ani）（11）计算为82.28%。除非另有说明，所有软件均使用默认参数。