全外显子组测序作为遗传性肾病的首选检测

《Clinical Journal of the American Society of Nephrology》：Exome Sequencing as the First-Tier Test in Genetic Kidney Disease

　　我们怀着浓厚兴趣阅读了Bindhu等人¹的研究快报，该报告指出在肾脏基因组合检测结果为阴性后，外显子测序（ES）可增加13%的诊断率。这一发现为肾脏病学基因组医学的证据基础增添了内容，但仍有一些方法学和操作性问题尚未解决。一个核心的不确定点在于，第二层次的ES是作为反射性的in silico（计算机模拟）再分析——即利用已有的外显子数据——还是作为一次全新的de novo（从头进行的）检测。我们所说的反射性ES，是指从一开始就生成一份外显子组数据，先通过in silico肾脏基因组合进行分析，若结果为阴性再扩展到其余数据；这与待基因组合结果回报后再另行安排一次检测是不同的。如果基因组合和ES是依次进行的实体检测，那么增加的诊断率必须与增加的额外成本和诊断延迟相权衡。如果ES是通过虚拟基因组合从原始外显子数据中进行in silico再分析得到的，那么这13%反映的是以边际成本获得更广覆盖范围，并且系统性的反射性再分析在无选择偏差的情况下是可行的。值得注意的是，在307名基因组合检测阴性的患者中，仅有54人（18%）接受了ES，这一选择很可能遗漏了额外的诊断。作者建议在基因组合检测后若临床怀疑仍持续存在，应转诊至遗传学门诊。由于基因组合仅在已怀疑存在遗传病因时才开具，因此阴性结果在很大程度上仍保留这种怀疑，所以这一标准将适用于这些患者中的大多数人，但在遗传医学资源有限的环境中则难以实现。对大多数人而言，合适的下一步是进行更广范围的测序，仅将转诊保留给特定情况。多项研究支持在肾脏病学中优先采用ES，其诊断率在未经筛选的成人慢性肾脏病（CKD）中为9%²，在病因不明的肾病成人中约为25%³。除了覆盖范围更广之外，ES还能检测线粒体DNA变异，允许同时进行单核苷酸和拷贝数变异分析（从而避免常规染色体微阵列检测），并可通过SharkVNTyper从标准短读数据中识别MUC1 27dupC⁴。ES仍不完美，仅限于外显子和侧翼内含子区域，但其覆盖缺口比基因组合检测要小得多。Bindhu等人¹得出结论，他们的数据支持将ES作为基因组合检测阴性后的第二层次检测，我们也同意这正是其研究设计所回答的问题。我们要补充的是，数据中没有任何信号表明从ES开始会有诊断方面的损失——ES作为第一层次检测的诊断率为33%（6/19），与基因组合检测的33%（150/457）相当，尽管这一亚组样本量较小且由临床医生选择。由于许多肾脏基因组合现在是在外显子组骨架上捕获的，这一增量的一部分可能通过反射性分析而非第二次检测即可实现。该拟议的多中心研究应在前瞻性比较这些路径在诊断时间、成本以及诊断率方面的差异。