作者回复:外显子组测序作为遗传性肾脏疾病的一线检测方法

《Clinical Journal of the American Society of Nephrology》:Authors' Reply: Exome Sequencing as the First-Tier Test in Genetic Kidney Disease

【字体: 大 中 小 】 时间:2026年10月28日 来源:Clinical Journal of the American Society of Nephrology 7.0

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  我们感谢作者们的深思熟虑的评论1,并希望澄清我们研究的几个方面。2首先,外显子组测序(ES)在我们的队列中并不是对先前的肾脏基因panel进行反射性的in silico扩展。我们的研究反映了现实世界的临床遗传学实践,其中检测受表型、保险、患者偏好和遗传检测服务可及性的影响。在pa

  

我们感谢作者们的深思熟虑的评论,并希望澄清我们研究的几个方面。

首先,外显子组测序(ES)在我们的队列中并不是对先前的肾脏基因panel进行反射性的in silico扩展。我们的研究反映了现实世界的临床遗传学实践,其中检测受表型、保险、患者偏好和遗传检测服务可及性的影响。在panel结果阴性或不明确后进行ES,代表的是额外的检测,而不是对同一数据集的重新分析。我们同意,基于外显子组衍生的虚拟panel并采用反射性扩展是一个有吸引力的模式,值得进行前瞻性评估。然而,并非所有增量产出都能通过对现有先证者数据集进行更广泛的in silico分析来重现。在我们的队列中,钙敏感受体基因和CYP24A1的诊断源自对先前报告为意义不明确变异的重新分类,这些分类得到了更新证据和基于三人组/二人组ES的分离分析的支持。因此,分离分析和纵向重新解读,而非仅仅是分析广度,促成了观察到的获益。

其次,我们同意需要就哪些患者在panel结果阴性或不明确后应接受更广泛的检测提供指导。阴性panel可能会降低涉及该panel已充分评估的基因和变异的诊断可能性,并为进一步的检测决策提供信息。在我们的队列中,一部分患者基于临床判断进行了ES;这些患者更年轻,更有可能存在肾外表现或颅面部畸形。尽管这种方法引入了选择偏倚,但普遍反射性ES可能对资源利用、解读负担和次要发现的管理产生影响。需要进一步努力来定义基于证据的升级标准,并确定选择性还是系统性更广泛的检测能提供更大的临床价值。

第三,我们的发现不应被解释为表明panel检测优于一线ES。一线ES和肾脏基因panel均产生33%的检出率(分别为6/19和150/457)。然而,一线ES亚组样本量小且经临床筛选,无法就等效性或优效性得出结论。

最后,测序广度应与分析广度区分开来。ES分析通常是表型驱动的;因此,诊断广度取决于表型信息和分析策略。不完整的表型分析可能导致致病基因被降级或忽略。我们在临床实践中遇到过此类情况,这突显了当ES无诊断结果时进行全面的纵向表型分析和重新分析的重要性。

我们再次感谢作者们,并欢迎合作开展前瞻性多中心研究,直接比较不同的遗传检测策略。

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