基质相关基因表达与转录组定义的三阴性乳腺癌冷区 annotated 肿瘤–间质组成

《Cancers》：Matrix-Associated Gene Expression and Annotated Tumor–Stroma Composition of Transcriptomically Defined Cold Regions in Triple-Negative Breast Cancer

　　

背景/目的：区域转录组标签可反映细胞混合与表达状态。研究人员考察了三阴性乳腺癌（TNBC）中转录组定义的冷区如何与基质相关表达、注释组成、空间邻域及细胞类型归因相关联。方法：研究人员重新分析了公共数据，包括43个发现集切片（22例患者）以及第二数据集的11个癌症捕获样本，并沿用发现集衍生的标签。计算性斑点标签包括荒漠（D）、排斥（E）、炎症（I）及模糊冷区。层次模型估计了E?D对比及E?I基因对比，分别在有和无测序深度及估计肿瘤丰度校正的条件下进行；检验经Holm校正。进一步分析涉及注释组成、邻域及合并探索性细胞类型归因。结果：估计的癌症相关成纤维细胞（CAF）丰度在E标签区域高于D标签区域（切片内标准化效应0.78；95%置信区间0.55–1.00），PDGFRB、COL3A1、COL5A1和COL6A1的表达亦然；三个胶原基因在校正后仍高于D和I标签区域。跨11个捕获样本，肿瘤注释斑点比例的捕获内中位差异（E减D）为?14.1个百分点（95%自助法区间?33.5至?10.7；9个为负，2个持平；去除原位注释后区间触及零）。在发现集中，822个模糊冷区斑点中有330个同时邻近D和E标签斑点，超过两个零模型。合并模型估计CAF内COL3A1和COL5A1存在正向差异；免疫读出取决于评分与校正方式。结论：研究人员刻画了一种间质–转录组对比：E标签区域较D标签区域显示更高的基质相关表达和估计CAF丰度，且在第二数据集中显示更低的注释肿瘤比例。这些测量细化了判读，但不意味着功能性免疫排斥。

研究背景方面，三阴性乳腺癌（TNBC）中抗PD-1治疗联合化疗可提高早期病理完全缓解率及PD-L1阳性晚期患者总生存，但淋巴细胞存在仅是免疫图景的一部分，其相对肿瘤细胞与间质的位置同样重要。多重离子束成像显示免疫浸润大小相似的肿瘤在免疫与肿瘤细胞混合或区隔化上存在差异，区隔化与更长生存相关；互补队列研究以CD8+ T细胞定位于肿瘤边界定义排斥表型，并发现间质胶原-10沉积及排斥基因表达特征与转移性疾病抗PD-1无应答相关。激光捕获表达谱联合CD8+定位可区分肿瘤内CD8+浸润、缺乏肿瘤内CD8+（纤维化间质特征）及CD8+间质受限三类，后两者预后差。多细胞空间特征亦与随机新辅助TNBC试验的检查点阻断反应相关。然而"间质"可指不同属性：乳腺癌中CAF具异质性，肌纤维母细胞亚群CAF-S1与CAF-S4在TNBC中差异积聚，CAF-S1促进调节性T细胞介导的免疫抑制，其八个簇中基质与TGFβ相关程序与黑色素瘤及非小细胞肺癌原发免疫治疗耐药相关；单细胞数据解析出肌纤维母细胞样与免疫调节性CAF状态。由于CAF功能包括基质沉积重塑及与白细胞交互，四类属性应区分：存在何种CAF群体或状态、是否表达基质基因、基质是否沉积并组织化、是否调节免疫细胞。乳腺癌单细胞与空间转录组提示将TGFβ信号归因于单一CAF群体并不充分，因多种CAF群体表达的TGFβ抑制物EMILIN1与TGFβ富集区内CD8+浸润相关。因此基质相关RNA程序与组织学免疫排斥相关但属不同测量。空间转录组保留组织坐标同时分析表达，可在切片内考察基质与免疫相关表达的局部差异；但基于斑点的平台中一次测量可含多个细胞的RNA，区域差异可反映特定类型细胞数目不同、同一细胞类型内表达不同或二者兼有。基于参考的方法估计各斑点细胞类型组成，C-SIDE建模跨组织背景的细胞类型特异性差异表达；病理注释补充肿瘤–间质组成，标签在斑点图上的排布补充邻域组织；各信息对应不同属性且不可互换。关键判读问题是转录组定义的冷区代表什么：基质相关表达、组织组成差异、细胞类型条件化程序还是特定局部排布。TNBC的Visium分析已描述包括远离肿瘤簇的间质–免疫簇等聚类，并将免疫内容解释为主要隔离于纤维化隔室，空间转录组亦描述TNBC显著异质性及潜在临床意义；此类簇水平描述未显示RNA评分衍生标签在校正细胞混合后如何与基质相关表达、注释组成及邻域组织相关联。研究人员考察了TNBC中转录组定义冷区标签的区域表达、组成与空间相关物，并评估其判读在评分、组成校正及细胞类型归因方法间的变化。转录组评分在发现集Visium数据中赋予操作性区域标签，层次模型在切片内比较荒漠标签（D）与排斥标签（E）斑点；第二公共数据集提供病理注释。这些标签借用图像定义免疫表型的词汇，但表示多细胞斑点的局部转录组状态而非组织学隔室。两个次要问题随之而来：E标签区域与D标签区域在注释肿瘤–间质组成上是否不同，以及区域模式在细胞类型归因与分析敏感性下是否持续或改变。MYC相关测量与基因–药物注释作为探索性背景报告。

研究人员开展的是观察性再分析，使用公共数据集，未采集样本。发现集数据（GSE210616；10× Genomics Visium）含22例患者的43个切片，患者归属由条码重叠重建并与GEO SOFT元数据核对。第二数据集（GSE213688）含15个捕获及12个供者标签，11个癌症捕获构成主要人群，全部15个构成敏感性人群；癌症限制后保留既有标签而不重算阈值，提供方向性佐证而非框架验证。GSE176078提供单细胞参考（15种细胞类型或状态）。发现集评分与标签仅由发现集斑点计算；表达读出使用对数归一化原始表达log[1+10⁴×counts/斑点总量]；二次分析使用对数归一化预处理矩阵与存储标签。分类使用样本内z标准化Tumor（五基因）、CD8（七基因）、Silencing（七基因）与Barrier（九基因）评分及全局百分位门控：Tumor低于第60百分位定义为Normal_Stroma；其余斑点中CD8高于第75百分位定义为炎症（I）；剩余斑点若归一化Silencing?Barrier超过+0.10为荒漠（D），低于?0.10为排斥（E），否则为模糊冷区（含两侧边界）。读出包括八个免疫面板、估计CAF丰度、四个基质基因、MYC mRNA、Hallmark36与MYC_TF_clean。细胞类型丰度以Cell2location估计，主要设定A0用后验均值；敏感性为A1与A2及Stereoscope A3。区域模型用statsmodels 0.14.5的REML，发现集设定B含组别及其切片均值、协变量及其切片均值（Mundlak型项）、患者截距及独立切片截距与组别斜率方差分量；设定A用于第二队列主要分析及发现集敏感性，用相关捕获/切片截距与斜率而无患者层。模型含无协变量（M0）、Tumor（M1）、Tumor加CAF（M2）、15种丰度（M3）、主成分（M3-PCA）、缩减分组（M3-RED）及深度校正变体含M0adj（log(UMI)加Tumor）。标准化效应d_intra=β/同拟合残差SD。校正为对估计组成的统计条件化而非因果中介。区域系数用双侧Wald检验并按族、模型、对比与构造器Holm校正。配对空间自助法500次重抽样患者、患者内切片及切片内连续区块。敏感性含留一患者/切片排除、间质切片自助法及切片水平随机效应元分析（含空间区块自助标准误与Hartung–Knapp校正）。合并细胞类型特异性表达用C-SIDE建模合并E/D斑点，四个相关臂用RCTD或A0权重，各含有无Section 38，无患者或切片项。注释组成在癌症捕获中由P9计算各标签肿瘤/(肿瘤+间质)斑点比例f，捕获水平对比δ=f(E)?f(D)以中位数、10000次捕获自助及排除持平的精确双侧符号检验汇总。空间邻域用每切片六个最近欧氏邻居，全局统计为跨切片合并的模糊冷区斑点中至少有一个D和一个E邻居的比例，与两个零模型比较（切片内标签置换；连续模糊成分刚性重定位至既有位点；各999次重复）。伪斑点压力测试将TNBC参考细胞按患者分为五个Ref与五个Eval患者，用A0衍生组成从Eval细胞有放回采样伪斑点，场景S1–S3变化组成、源细胞类型表达或二者。药物–基因注释用既有DGIdb记录，查询于2026年8月20日。

研究结果方面，研究人群与标签稳定性：发现队列含22例患者43个切片（49464个斑点），14884个进入主要E?D比较（5582个E标签与9302个D标签）；二次分析用11个癌症捕获，癌症限制后不重算阈值保留标签，全部15个捕获构成敏感性人群。阈值扫描的参考E?D对比（斑点水平d=0.487；切片配对d_z=1.207）在全部770个重标签分类器阈值配置中保持方向，且在99.1%（d）与79.1%（d_z）配置中至少保留基线幅度的80%；切片内标签置换得零d为0.011±0.013（SD；p=2.0×10^?4，5000次置换可达最小值）。去除50%分类器基因使精确标签一致率降至65.2%，而斑点水平效应保留基线值0.84。15706个冷斑点的Leiden聚类在全局标准化数据上与D/E标签一致性很低（八分辨率最佳调整兰德指数0.002）且主要跟随患者（0.972）；仅在切片内标准化（0.142）或Harmony空间平滑（0.107）后达到预设信号标准，各高于其置换零的95百分位（≤0.008）。区域间质与基质相关对比：估计CAF丰度在43个切片中42个于E标签斑点高于D标签（配对d_z=1.207；切片自助区间0.980–1.627），22例患者全部如此（d_z=1.312；患者自助区间1.036–1.895）；层次d_intra为0.777[0.552,1.002]。分类器特征之外的四个基质基因在未校正模型（M0）下亦更高（各基因d_intra 0.450–1.034），五个读出均通过Holm校正。校正log UMI与估计肿瘤丰度（M0adj）使基因估计趋缓（0.411–0.908），均Holm显著。相对I标签斑点，COL3A1（0.298[0.222,0.374]）、COL5A1（0.217[0.144,0.289]）与COL6A1（0.168[0.119,0.218]）在M0adj下仍更高并通过Holm校正，而校正后PDGFRB较小且不确定（0.121[?0.107,0.349]；Holm p=0.299；切片自助不可解释）。留一患者使CAF d_z变化≤10.7%且无符号改变，CAF丰度与PDGFRB的M0估计在12个阈值配置中保持符号。15捕获敏感性集中14个捕获CAF丰度于E标签斑点更高（d_z=1.508；自助区间1.036–2.626）。模型条件化细胞类型归因：C-SIDE从四个相关臂得合并、探索性、细胞类型条件化估计；CAF内COL3A1与COL5A1在所有臂中于E标签斑点更高（σ=0.208–0.276与0.204–0.292，自然对数E对D倍数变化；Holm p≤1.3×10^?22与≤9.2×10^?13）。PDGFRB系数在所有臂中为正，A0权重下有Holm证据（σ=0.331与0.332；Holm p≤3.4×10^?5），RCTD权重下无（σ=0.123与0.060；Holm p=0.099与0.269）。COL6A1系数在所有臂中为负（σ=?0.111至?0.056），仅A0权重下通过Holm校正（校正p=0.049）；区域COL6A1正向对比未伴随CAF内正向估计。注释肿瘤–间质组成：第二癌症捕获中，肿瘤注释斑点占肿瘤加间质注释斑点的比例在E标签区域低于D标签区域；跨11个捕获，捕获内E?D中位差异为?0.141（?14.1个百分点；95%捕获自助区间?0.335至?0.107），9个为负、无正值、2个持平（M13与M15，两标签均无间质注释斑点）；排除持平的精确双侧符号检验p=0.0039，九个信息性捕获可达最小值。去除原位注释得?0.138（?0.248至0.000；7负4持平），因M8与M11随后缺乏肿瘤注释斑点；将间质限于肿瘤相关间质与纤维化得?0.141（?0.302至?0.107）。这些变体为同一对比的替代定义而非重复，量化注释斑点而非细胞或面积。混合标签邻域与注释界面邻近性：发现集中822个模糊冷区斑点中330个六个最近欧氏邻居中至少有一个D和一个E标签斑点（模糊斑点加权比例0.401），超过切片内标签置换（0.302–0.369）与连续模糊成分刚性重定位（0.226–0.286）报告的零区间（各p=0.0010，999次重复可达最小值）；43个切片中36个模糊斑点均值在六项测量中至少四项位于D与E内部均值之间。第二队列中每供者AUC用于模糊冷区与合并D/E斑点对注释肿瘤–间质界面的六边形网格邻近性，集中于0.5附近（中位0.486；自助区间0.411–0.554；11个癌症捕获中7个可评估，每供者一捕获；221个模糊冷区斑点；符号检验p=1.0）。区域免疫读出：免疫读出在E标签斑点高于D标签，组成校正后减弱，且取决于面板与构造器。用score_genes且无协变量（M0），八个预设读出中七个通过Holm校正，最大估计为HLA-A+B2M（0.438[0.332,0.544]）；STING未通过（d_intra=0.116[?0.023,0.255]；Holm p=0.102）。校正15种估计细胞类型丰度（M3）后所有估计下降，四个仍Holm显著，以HLA-A+B2M（0.255[0.161,0.348]）与六基因复合（0.210[0.114,0.307]）居首；STING与ISG10名义区间排除零但未通过Holm校正。替代校正使可估计读出保持正向，但Holm证据各异（缩减协变量集三个读出，主成分无一）。四种反卷积设定中HLA-A+B2M的M3与M0标准化效应比范围0.216–0.598，八个读出中七个一致减弱（ISG10在Stereoscope下不同）。配对面板比较在M0下四个预设比较均Holm显著、M3下两个；例如缺HLA-A与B2M的五基因面板相比，七基因MHC-I对比在M3下更大（Δ=0.0281[0.0142,0.0421] z评分单位；Holm p=3.09×10^?4）。用平均对数归一化表达，M0下三个读出、M3下两个通过Holm校正。score_genes采样的对照基因在E标签斑点平均表达更低（d_intra ?0.269至?0.428）并跟随切片内测序深度（中位Spearman ρ 0.523–0.654）；校正log UMI与肿瘤丰度使构造器间E?D差异减少81–92%，两个MHC-I面板留小残差。跨20个对照基因种子，幅度变化但可估计拟合中无符号反转（HLA-A+B2M M0，0.340–0.494）。C-SIDE中HLA-A与B2M系数在CD8 T细胞（A0权重）与巨噬细胞（RCTD权重）为负，与区域MHC-I正向对比方向不同。切片水平元分析（REML，Hartung–Knapp）对全部八个score_genes读出给出正向平均E?D差异（I²自STING的30.2%至HLA-A+B2M的87.7%；95%预测区间全部含零；43个切片中30–39个为正）。11个第二癌症捕获（捕获为单位）中八个读出均具发现集符号，HLA-A+B2M点估计相近（0.395[0.108,0.682]对发现集0.371[0.255,0.486]），但无一通过Holm校正（HLA-A+B2M Holm p=0.056）；15捕获敏感性集中HLA-A+B2M通过Holm校正（0.319[0.113,0.524]；Holm p=0.019），仅STING符号不一致。支持性分析：MYC相关测量在M0下于D标签区域高于I标签并通过Holm校正：MYC mRNA（d_intra=0.330[0.265,0.395]）、Hallmark36（0.417[0.303,0.531]）与表达衍生MYC_TF_clean评分（0.486[0.331,0.640]）；Hallmark36与MYC_TF_clean与估计肿瘤丰度相关，校正后（M1）分别降至0.155[0.058,0.252]与0.179[0.021,0.338]，而MYC mRNA变化较小（0.285[0.220,0.350]）；log-UMI校正呈相同模式。留一患者使斑点水平d变化≤13.9%、层次M0系数≤10.9%，但切片配对d_z变化达64.7%（MYC_TF_clean，患者22）。MYC属Silencing特征。无引入表达位移而仅组成差异的伪斑点压力测试中，四个基质基因M3 95%区间含零的未加权平均比例为85.0%（蒙特卡洛区间79.5–90.2%），低于预设90%标准；在源细胞类型表达位移下，E样与D样组成自同一切片内池采样，归一化尺度上全部333个接受的主要基因M3拟合均含E样伪斑点定义的平均效应。基因–药物审计在48个查询基因中20个保留182条记录有交互类型的DGIdb记录（135条E归属，47条D归属）；PDGFRB贡献85条：17条有记录批准状态（机械盐合并后13个活性成分），68条仅通过八基因白名单保留。这些注释不指示疗效或区域特异性反应。

讨论部分总结：E标签区域较D标签区域兼具更高区域基质相关表达与更大估计CAF丰度；第二数据集中病理注释显示同一捕获E标签区域肿瘤注释比例更低，发现集中模糊斑点富集于混合D/E邻域。研究人员将此对应称为间质–转录组对比，即转录组标签、区域间质与基质相关表达以及（有注释处）肿瘤–间质组成间的描述性联系；表达、组成与空间组织是共享数据与生物学背景的相关测量。D、E、I标签借用炎症、排斥与荒漠表型词汇但定义不同：Keren等从多重图像中肿瘤–免疫细胞关系将TNBC分为冷、混合或区隔化，而Gruosso等与Hammerl等用CD8阳性T细胞相对肿瘤、间质与边界隔室的定位；这些是基于已识别细胞的肿瘤水平类别，而本标签由转录组评分与百分位门控赋予多细胞斑点，一个切片可含D、E、I标签区域，描述区域表达状态。770配置阈值扫描的参考E?D对比在所有配置中保持方向，CAF丰度与PDGFRB对比在12配置标签电池中保持符号；该电池未对胶原基因报告。去除半数分类器基因使标签一致率降至65.2%但保留斑点水平效应0.84。无监督聚类在全局标准化数据上与标签一致性低且跟随患者，仅在切片内标准化或Harmony空间平滑后达预设信号标准，故一致性取决于预处理。最清晰分子成分是区域性的：E标签区域CAF丰度及PDGFRB、COL3A1、COL5A1、COL6A1表达高于D标签区域，校正测序深度与估计肿瘤丰度后三个胶原基因但仍不明确PDGFRB亦超过I标签区域；这契合乳腺癌间质异质性，Costa等将CAF-S1联系于免疫抑制环境，S. Z. Wu等在TNBC解析肌纤维母细胞样与炎症样间质状态，Kieffer等将CAF-S1分为转录上不同的簇并具包括黑色素瘤与非小细胞肺癌的免疫治疗耐药关联；因CAF表型依赖背景，胶原模式未归于CAF-S1或任何已发表分类；RNA丰度不测胶原沉积或组织力学，故该模式支持基质相关区域分化。细胞类型条件化分析细化此图景：CAF内C-SIDE估计COL3A1与COL5A1在E标签斑点于四臂均更高，PDGFRB取决于细胞类型权重来源（A0下Holm支持而RCTD权重下不），COL6A1系数为负尽管其区域对比为正；COL6A1分歧的相容解释为组成（E标签斑点中更多CAF或其他COL6A1表达细胞）、区域间CAF状态差异及对参考谱与模型设定的依赖。状态依赖CAF变异有先例：某些RNA定义CAF表型可在蛋白水平恢复且分类边界具模态特异性，免疫抑制成纤维细胞程序在乳腺癌显示空间可塑性，尽管两研究均不对应本标签。C-SIDE估计以参考衍生权重为条件表达，四臂在合并模型中重用重叠斑点，故对CAF的归因是基因选择性而非均一的。病理注释处理相关但不同的问题：第二数据集11个癌症捕获内，肿瘤注释斑点占肿瘤加间质注释斑点的比例在E标签区域低于同一捕获D标签区域（中位差异?0.141；9个捕获为负、2个饱和捕获持平）；将间质限于肿瘤相关间质与纤维化保持中位值，而去除原位注释使持平自2增至4并使区间上界达零，故对应关系有信息但对肿瘤定义敏感；更低肿瘤与更高间质比例是注释斑点组成同一对比的互补表达。第二数据集含11个三阴性肿瘤，包括3个claudin-low与4个化生性肿瘤，故发现于该数据集内解释。发现集切片原用于描述肿瘤簇外散布间质–免疫簇的保守空间结构，因系再分析，此一致性属背景性。混合标签邻接与注释定义界面邻近性捕获不同空间属性：发现集中模糊冷区斑点相对两个空间零模型富集含D与E标签斑点的邻域（0.401对零区间0.302–0.369与0.226–0.286），43个切片中36个其组均值在六项测量中至少四项位于D与E内部均值之间；第二队列中与注释肿瘤–间质界面邻近性未清晰区分模糊冷区与合并D/E斑点（中位AUC 0.486，自助区间0.411–0.554；11个癌症捕获中7个可评估）；含0.5区间使关系不确定而非排除。两分析分别处理转录组标签间邻接与至病理衍生边界的距离，这与细胞丰度、状态、邻近性及更高阶组织可携带TNBC免疫治疗反应不同信息的观察平行。区域免疫差异较间质对比更小且更依赖分析定义：用score_genes构造器，八个读出中七个在校正前通过Holm校正；校正15种估计细胞类型丰度后所有估计下降、四个仍Holm显著，四种反卷积设定中八个读出七个一致减弱；Holm决策随参数化变化，缩减协变量集三个读出仍显著而主成分无一，尽管方向保留。面板比较D1–D4校正前四项均Holm显著而校正后两项；因比较面板基因内容与采样对照基因背景不同，差异不可归因于单个基因。平均表达构造器支持较少对比，对照基因均值跟随测序深度；文库大小本身在空间数据中与组织结构相关，故校正测序深度可去除生物学亦去除技术变异。切片水平元分析对全部读出给出正向平均差异，但异质性大且预测区间含零。11个第二癌症捕获对每个平均构造器读出具发现集符号，但无一通过Holm校正，支持方向性佐证而非验证；仅HLA-A+B2M在15捕获敏感性集中通过。MYC mRNA与两个MYC相关表达评分在D标签区域高于I标签区域；校正与其相关的估计肿瘤丰度使Hallmark36（0.417至0.155）与MYC_TF_clean（0.486至0.179）降幅远大于MYC mRNA（0.330至0.285），单独校正log UMI呈相同模式。MYC与肿瘤免疫逃逸相关，包括调节CD47与PD-L1；TNBC模型实验研究通过DNMT1上调伴cGAS–STING信号抑制及MIZ1依赖的干扰素信号阻遏使MYC的免疫调节作用合理；因MYC在D与I区域间比较、间质与免疫对比比较E与D且未作扰动，这些机制仅为区域关联的背景。在仅组成差异无引入位移的伪斑点压力测试中，85.0%的归一化尺度M3区间含零，低于预设90%标准；此比例非I型错误率或真实M3系数覆盖度。位移场景中全部333个接受区间含E样伪斑点定义的平均效应，该估计量未必等同于校正回归系数；故校正残差对比不应读作细胞内在效应。药理学注释依托DGIdb，182条优先记录覆盖48个查询基因中20个；85条优先PDGFRB记录中68条仅通过八基因白名单保留，显示优先规则如何塑造其注释计数；记录批准状态描述化合物而非TNBC批准，注释与区域PDGFRB关联均不指示E标签区域依赖PDGFRB信号或会对记录抑制剂应答。分析区分患者、切片、捕获、斑点与合并细胞类型单位，在定义族内控制多重性，并考察模型、标签、构造器、反卷积与影响敏感性。仍存实质局限：标签由与部分下游读出相关的表达程序构建（与基于聚类分析的双重 dipping 类似的循环性）；斑点含多细胞；反卷积与细胞类型归因依赖参考谱与模型设定；若干重采样分析固定标签、评分或权重；层次模型、元分析、病理比较与合并C-SIDE分析使用不同单位与依赖假设，故其一致性不可重复。第二队列小且异质，压力测试用每伪斑点真实组成而真实数据用估计组成。在此边界内，研究显示基质相关区域信号、注释肿瘤–间质组成、混合标签邻域与细胞类型条件化估计如何相关及何处分歧；这些发现支持对空间TNBC数据进行估计量感知的判读，其中区域表达、注释组成、邻域组织与细胞类型条件化估计提供互补信息。

研究结论翻译：在三阴性乳腺癌（TNBC）转录定义的冷区中，E标签区域较D标签区域具有更高的估计癌症相关成纤维细胞（CAF）丰度与基质相关表达；校正测序深度与估计肿瘤丰度后，三个胶原基因在E标签区域仍高于D与I标签区域。研究人员将操作性标签、区域间质表达与互补组成测量间的此关系称为间质–转录组对比。第二数据集中，E标签区域在捕获内较D标签区域肿瘤注释比例更低，该发现对肿瘤的解剖学定义敏感；发现集中模糊冷区斑点在两个空间零模型下富集于混合D/E邻域。细胞类型条件化估计对COL3A1与COL5A1一致而对COL6A1相反，故区域胶原模式并非CAF内均一增加，免疫读出取决于面板、构造器与组成校正。具患者水平重复的空间配准病理与细胞分辨测量可区分组成差异与既定群体内表达变化。总之，这些发现支持通过区域表达、组成与局部组织的互补测量判读空间TNBC异质性。