Rustybam 与 SafFire：开源基因组比对数据处理与可视化工具介绍

《Bioinformatics》：rustybam: a composable toolkit for alignment analysis and visualization with SafFire

　　

摘要

概述

我们介绍了基于Rust的命令行工具包rustybam，该工具可用于处理PAF和BAM比对数据，并支持CIGAR格式的解析；同时还推出了基于浏览器的工具SafFire，它可以实现交互式的基因组比对可视化功能，并支持注释层的叠加显示。rustybam提供了多种可组合的子命令，包括重叠区域解析、坐标投影、在结构变异处进行比对分割、构建基因组框架以及生成身份统计信息等功能。

这两个工具均采用MIT许可证进行开源发布。rustybam可通过Bioconda（https://anaconda.org/bioconda/rustybam）、crates.io以及GitHub（https://github.com/vollgerlab/rustybam）获取。SafFire的托管地址为https://vollgerlab.com/SafFire/，其源代码也托管在GitHub上（https://github.com/vollgerlab/SafFire）。这两个工具的存档版本可在Zenodo平台上找到：rustybam（https://doi.org/10.5281/zenodo.4654875）和SafFire（https://doi.org/10.5281/zenodo.5765964）。