妊娠期阴道微生物群16S rRNA不同可变区与全长测序的一致性比较

《BMC Microbiology》：Benchmarking 16S rRNA gene sub-regions against full-length sequencing in vaginal microbiota profiling

摘要

背景

在妊娠期间，不同16S rRNA可变区所获得的阴道微生物群谱与全长序列所得结果的一致程度仍不明确。

方法

利用来自中国妊娠队列的全长16SrRNA测序数据，我们在计算机中提取了十个常用亚区（V1-V2、V1-V3、V3、V4、V3-V4、V3-V5、V4-V5、V4-V6、V6-V8和V6-V9），并将其与V1-V9（内部基准）进行比较。区域比较分析在随机选取的104名孕妇亚队列中进行，次要病例-队列分析则对176名妇女进行了研究，以考察区域选择是否会改变微生物群与早产（PTB）之间的关联。

结果

亚区域在α多样性、β多样性、群落状态类型、分类学分配、物种共现以及预测功能谱方面均与V1-V9存在差异。V6-V9在丰富度指标上最接近V1-V9，而V1-V3在均匀度指标和Bray-Curtis结构上最为一致。V6-V8和V6-V9分别在加权和未加权UniFrac距离上表现最佳，V6-V9在预测通路谱方面显示出最高的一致性。V1-V3在主要群落状态类型和阴道类型上显示出高度一致性。在次要PTB分析中，S_Dialister micraerophilus与全长V1-V9中的PTB相关，且该关联的方向在各亚区域间一致。

结论

这些发现表明，没有任何一个短区域在所有方面都与全长序列表现出最高的一致性。因此，在阴道微生物群研究中，区域选择应与预期分析终点相一致。