《Nature Microbiology》：Genomic analysis of early case samples from the 2025 Marburg virus outbreak in Ethiopia
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2025年11月，埃塞俄比亚报告了该国首次马尔堡病毒病（Marburg virus disease，MVD）暴发，病例致死率为64%。研究人员报告了对来自7例早期病例的7个近完整马尔堡病毒（Marburg virus，MARV）基因组的分析。此次暴发株属于MA
2025年11月，埃塞俄比亚报告了该国首次马尔堡病毒病（Marburg virus disease，MVD）暴发，病例致死率为64%。研究人员报告了对来自7例早期病例的7个近完整马尔堡病毒（Marburg virus，MARV）基因组的分析。此次暴发株属于MARV.A.1分支，该分支与历史人类病例及蝙蝠来源的基因组密切相关。这7个基因组之间的高核苷酸同一性表明，在一次人畜共患溢出事件后发生了人与人之间的传播。这些发现凸显了基因组监测在疫情检测、应对和防范中的重要性。
马尔堡病毒病（Marburg virus disease，MVD）是一种由马尔堡病毒（Marburg virus，MARV）引起的高致死性人畜共患感染，病例致死率可达23%至90%。2025年11月，埃塞俄比亚报告了该国首次MVD暴发，病例致死率为64%，亟需通过基因组学手段明确病毒来源、传播动态及进化特征，以支持疫情应对。论文发表于《自然·微生物学》（Nature Microbiology），研究人员对7例早期病例的7个近完整病毒基因组进行了测序和整合分析，为疫情监测和干预策略提供了关键依据。
研究人员在埃塞俄比亚公共卫生研究所（EPHI）对7例经逆转录PCR（RT–PCR）确认的病例样本进行了全基因组测序，并获得覆盖度≥30×、可置信共识序列覆盖>90%的基因组。这些基因组与全球公开的103条正马尔堡病毒（Orthomarburgvirus）全基因组序列整合，构成包含110条序列、跨越13个国家（1967至2025年）的数据集，用以开展系统发育和进化分析。主要技术方法包括：使用Illumina RNA Prep with Enrichment（Viral Surveillance Panel 2）进行文库制备，并在NovaSeq X Plus和MiSeq平台测序；原始读段经fastp质控和修剪、HOSTILE去除人类宿主序列后，以BWA-MEM比对至MARV参考基因组（NC_001608.3），利用iVar完成变异检测和一致性序列组装；随后使用MAFFT进行多序列比对，IQ-TREE构建最大似然系统发育树，TempEst评估时间信号，并采用BEAST进行贝叶斯时间尺度系统发育推断，同时计算谱系定义的单核苷酸多态性（SNP）及dN/dS比值。
研究结果部分归纳如下：
- 基因组特征与系统发育：最大似然系统发育分析显示，7条埃塞俄比亚序列构成一个位于MARV.A.1分支内的单系谱系，与历史人类病例和蝙蝠来源序列关系密切。基因组GC含量为40.2%至41.0%，谱系内序列间仅存在0–6个SNP，表明各病毒基因组高度一致。
- 时间尺度进化分析：贝叶斯推断检测到显著的时间信号（R2=0.56，1.75×10
?4 替换/位点/年）。埃塞俄比亚谱系与2008年乌干达Python洞感染的人类分离株JN408064（“Leiden”株）最近，两者最近共同祖先（tMRCA）估计为1994年9月（95%最高后验密度区间：1993年1月至1996年4月）；与最接近的蝙蝠分离株JX458853和JX458858（2008–2009年采自Python洞）的tMRCA估计为1990年9月（95%最高后验密度区间：1987年4月至1994年2月）。
- 基因组多样性与选择压力：埃塞俄比亚谱系共鉴定出148个谱系定义替换，其中110个位于编码序列（CDS）内，包括28个非同义替换和82个同义替换；38个位于基因间隔区。GP基因是主要分歧热点，包含13个固定非同义替换，如受体结合域的Q205K、粘蛋白样结构域的11个替换（K222N、D250N、A284T、S291P、P295L、N310D、G317D、H336R、T343I、K465E、S485P）以及膜融合区的N501H。VP35含1个非同义替换（S193A）；L基因含9个非同义替换（A115V、I359V、I1643T、Q1787R、P1796S、D1806N、R2091K、K2156Q、V2278A），为第二高值；NP和VP基因多样性极低。所有基因的dN/dS<1，提示强烈的纯化选择约束。
- 流行病学与传播推断：流行病学调查支持疫情起源于单次人畜共患溢出事件，最可能的指示病例于2025年10月死亡，在11月12日至24日期间病毒在密切接触者中传播。SNP系统发生树显示T2786C定义了分别源自患者VHF004和VHF060的两个衍生分支，并存在VHF003的T5774C、VHF023的T11337C、VHF045的A2747T等私有突变。由于仅有7个基因组，有限的数据限制了对传播链完整性的确认。
讨论部分指出，埃塞俄比亚谱系的高保守性与近期卢旺达和坦桑尼亚暴发一致，而1998–2000年刚果民主共和国暴发则涉及多次独立溢出。与历史MARV.A.1序列的紧密关系提示该分支在东非和中非长期存在，可能依赖果蝠（Rousettus aegyptiacus）储存并偶发溢出。约30年的分歧时间提示病毒可能最近由邻国引入，也可能已在埃塞俄比亚蝙蝠种群中隐匿传播数十年，需要纵向监测加以区分。此外，病毒进化速率较慢，使这些毒株可能成为治疗药物和疫苗的稳定靶点；相关基因组信息实际指导了瑞德西韦和Sabin cAd3-MARV疫苗在疫情期间的治疗与预防使用。同时，研究存在样本量小、暴发持续时间短（约6周）、全球MARV.A.1序列稀疏以及HPD区间较宽等局限性。
研究结论可翻译为：对埃塞俄比亚MARV的基因组特征分析揭示了一个与东非分支密切相关的谱系，很可能起源于一次人畜共患溢出事件。基因组流行病学为进化稳定性、潜在感染来源和干预策略提供了可操作的信息。然而，这些发现应谨慎解读。加强区域测序能力并将基因组监测纳入“One Health”（同一健康）框架，对于及时发现和遏制丝状病毒及其他病原体暴发至关重要。埃塞俄比亚事件凸显了MARV在先前未被识别的生态位中出现的能力，并强化了对新发病原体持续防范的必要性。
