飞行转录组数据的跨任务分析揭示基因水平结论对规格和背景的依赖

《Scientific Reports》：Analytical choices and mission context shape rodent spaceflight transcriptomic inference

公共空间飞行转录组数据正日益被用于识别共同的生物学反应，但任务背景和分析选择可能会限制其可移植性。我们利用五个生物学独立任务中的八个肝脏飞行与地面对比，评估了38个预定义的时钟和胆汁酸相关转录本，仅将Rodent Research-6（RR-6）作为参考。我们还审计了RR-6肝脏和结肠在替代计数矩阵、过滤目标和特征空间下的推断，并直接测试了肝脏–结肠效应。在37个可进行荟萃评估的目标中，在常态理论随机效应推断下，有一个目标的错误发现率＜0.05，四个目标的错误发现率＜0.10；但在改良的Hartung–Knapp推断下，或要求|log2倍数变化|≥1时，均无目标达到该水平。外部（非RR-6）Cyp7a1效应存在异质性（合并log2倍数变化，0.20；95%置信区间，?0.72至1.11；I2=83.4%），与RR-6肝脏（?1.54）形成对比。Abcg5在外部数据中更为一致（?0.20；95%置信区间，?0.33至?0.08；I2=0%），但在改良的Hartung–Knapp推断下或加入四个队列后，未保留多重性调整支持。在RR-6中，广泛的发现总数在结肠矩阵中保持稳定，而过滤和特征空间的选择改变了基因可检验性和明显的生物学总数。直接的组织测试不支持Cyp7a1在肝脏–结肠之间的差异。因此，广泛的转录组模式可能看似稳定，而该面板的基因水平、组织和跨任务结论仍依赖于规格和背景。