《Animals》：Gut Bacterial and Fungal Communities of the Tibetan Eared Pheasant (Crossoptilon harmani) Across a Captive–Temple–Wild Gradient: Implications for Ex Situ Conservation
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肠道微生物群影响宿主的营养获取、免疫功能及病原体抗性，然而在迁地保护规划中却很少被考虑。本研究比较了藏马鸡（Crossoptilon harmani）——一种青藏高原特有的受保护鸡形目鸟类——沿管理梯度分布的肠道细菌（16S核糖体RNA；16S rRNA）和真
肠道微生物群影响宿主的营养获取、免疫功能及病原体抗性，然而在迁地保护规划中却很少被考虑。本研究比较了藏马鸡（Crossoptilon harmani）——一种青藏高原特有的受保护鸡形目鸟类——沿管理梯度分布的肠道细菌（16S核糖体RNA；16S rRNA）和真菌（内转录间隔区1；ITS1）群落：完全圈养组（n = 3）、野生组（n = 7）以及接受补充青稞饲料的自由活动寺庙组（n = 6）；由于样本未与可识别的供体关联，因此两个界别仅在群体水平进行比较。寺庙组的细菌香农多样性指数（Shannon diversity）数值最高（5.79），高于野生组（5.54）和圈养组（2.93），尽管组间检验不显著（p = 0.13）。置换多元方差分析（PERMANOVA）显示显著的细菌分化（Bray-Curtis R2 = 0.309, p = 0.001），主要由圈养组驱动，该组呈现乳杆菌属（Lactobacillus）优势（51.4%）。真菌群落也表现出显著差异（R2 = 0.194, p = 0.008），但无组成性更替（Jaccard p = 0.447）。处于自然栖息地并接受补充饲喂的鸟类的肠道菌群与野生鸟类之间的差异并不大于野生鸟类彼此间的差异，而完全圈养的鸟类则明显分离；这一模式有待在重复的多地点研究中加以验证。
研究背景与科学问题
肠道微生物群（gut microbiota）在宿主的营养获取、免疫功能和病原体抵抗中发挥关键作用，但在野生动物迁地保护（ex situ conservation）管理中鲜少被纳入考量。不同管理模式（从完全圈养到自由放养）会带来截然不同的饮食结构、社会密度和环境暴露，这些因素均可能重塑宿主肠道微生物群落，进而影响其适合度。藏马鸡（Crossoptilon harmani）是一种青藏高原东南部特有的雉科鸟类，于2024年被重新评估为无危物种，但其种群仍面临局部栖息地退化和人为干扰。值得注意的是，在西藏寺院周边，僧侣和游客会投喂青稞，使这些区域的藏马鸡数量维持较高水平。然而，这种人为食物补充对肠道微生物群的潜在影响尚未被研究。现有研究多集中于细菌群落，而对真菌——这一肠道生态系统中重要但研究不足的组分——如何响应环境变化知之甚少。为此，研究人员开展了一项探索性研究，旨在比较完全圈养、野生以及半野生寺院三种管理模式下藏马鸡的肠道细菌和真菌群落特征。
研究方法概述
研究人员于2021年夏季在西藏三个地点采集新鲜粪便样本：林芝野生动物救护站的完全圈养个体（16S rRNA样本n=3，ITS样本n=3）、林芝比日神山的野生个体（n=7, n=7）以及拉萨雄色寺的半野生寺院个体（n=6, n=5）。样本未与可识别供体关联，因此两界别仅在群体水平比较。采用16S rRNA基因V3-V4区和ITS1区扩增子测序，在Illumina Novaseq 6000平台进行高通量测序。序列经质量过滤、嵌合体去除后以97%相似度聚类为操作分类单元（operational taxonomic units, OTUs），分别基于SILVA v132和UNITE v8.0数据库进行物种注释。主坐标分析（PCoA）和置换多元方差分析（PERMANOVA）用于评估β多样性，采用Bray-Curtis和Binary Jaccard距离作为主要指标。α多样性通过Shannon指数、Chao1指数、OTU丰富度和Simpson指数衡量，并以Kruskal-Wallis检验为主要统计方法。线性判别分析效应大小（LEfSe）用于鉴定各组富集类群。
研究结果
3.1 测序数据概况：16个细菌样本共获得1,207,222条有效序列，15个真菌样本共获得1,179,393条有效序列，所有样本Good's覆盖度均超过0.99，测序深度充足。
3.2 细菌群落α多样性：圈养组（Group A）Shannon多样性最低（2.93，log2尺度），但组间差异不显著（Kruskal-Wallis p=0.147）。OTU丰富度在组间存在显著差异（Kruskal-Wallis p=0.030），圈养组最低（272.3±13.9），显著低于野生组（554.6±55.6）和寺院组（602.5±48.8）。Chao1指数同样显示圈养组显著降低（Kruskal-Wallis p=0.025）。
3.3 细菌群落组成与差异类群：在门水平，厚壁菌门（Firmicutes）在圈养组占绝对优势（75.91%），远高于野生组（50.78%）和寺院组（65.82%），导致圈养组厚壁菌门与拟杆菌门比值（Firmicutes-to-Bacteroidetes ratio）极高（359.8）。在属水平，圈养组由乳杆菌属（Lactobacillus）主导（51.4%），其次为埃希氏菌-志贺氏菌属（Escherichia-Shigella）（21.2%）。野生组和寺院组群落更为均衡，葡萄球菌属（Staphylococcus）、肠球菌属（Enterococcus）等为主要成员。LEfSe分析显示，圈养组显著富集乳杆菌科/乳杆菌属（LDA=5.71）和罗姆布茨菌属（Romboutsia）（LDA=4.72）。核心群落分析表明，圈养组核心属数量（91属）仅为野生组（181属）和寺院组（251属）的一半左右。
3.4 细菌群落β多样性与PERMANOVA：基于Bray-Curtis距离的PCoA显示圈养组与另两组明显分离。PERMANOVA证实三组间存在显著差异（Bray-Curtis R2=0.309, p=0.001；Binary Jaccard R2=0.309, p<0.001）。成对比较中，圈养组与野生组（R2=0.336, p=0.008）及寺院组（R2=0.407, p=0.012）均显著不同，而野生组与寺院组之间无显著差异（R2=0.083, p=0.423），表明群落分化主要与圈养状态而非人类邻近性相关。
3.5 真菌群落α多样性：真菌Shannon多样性在各组间变化极小（7.17-7.40，log2尺度），组间差异在参数检验下显著（ANOVA p=0.013）但在非参数检验下不显著（Kruskal-Wallis p=0.054），因此被视为检验依赖性差异。真菌丰富度和Chao1指数在组间均无显著差异。
3.6 真菌群落组成与PERMANOVA：在门水平，子囊菌门（Ascomycota，79.4-80.9%）和担子菌门（Basidiomycota，9.4-10.2%）在所有组中稳定占优。在属水平，镰刀菌属（Fusarium）、紫孢菌属（Purpureocillium）和曲霉属（Aspergillus）为主要类群，组间无显著差异。PERMANOVA显示真菌群落信号弱于细菌：Bray-Curtis R2=0.194（p=0.008），而Binary Jaccard不显著（R2=0.144, p=0.447），表明分化主要源于相对丰度变化而非组成性更替。
3.7 细菌-真菌差异响应模式：细菌和真菌对管理梯度的响应差异显著。细菌Shannon多样性变异幅度（2.93-5.79）远大于真菌（7.17-7.40）。细菌PERMANOVA R2值（0.309）约为真菌（0.194）的1.6倍。总体表现为细菌群落信号强于真菌。
讨论与结论
研究发现两个主要模式。其一，圈养组肠道细菌群落发生剧烈重构，呈现极低的α多样性和乳杆菌属主导状态，而寺院组与野生组之间未检测到显著差异。寺院组Shannon多样性数值最高（5.79），其群落结构与野生组相似，挑战了“任何人源食物输入都会损害野生动物微生物群”的假设。这可能与寺院鸟类在保持自然觅食的同时获得补充饲喂有关，类似于达尔文雀中观察到的营养生态位拓宽效应。对于保护管理而言，这意味着保留自然觅食条件并辅以适度补充的轻触式就地保护策略，可能比完全圈养更有利于维持肠道微生物群的自然状态。其二，真菌群落的组成信号远弱于细菌，可能反映真核生物较慢的生长速率、不同的免疫监视机制以及技术因素（如低真菌生物量、ITS拷贝数变异）的综合影响。
研究存在若干局限性：圈养组样本量极小（n=3），各管理条件仅有一个地点代表，管理与地点、海拔、植被完全混杂，无法区分因果关系；未记录个体生理健康数据、抗生素治疗史和饲料配方；真菌数据易受环境污染，应视为初步结果。未来需扩大圈养样本量、开展多季节纵向采样和多地点寺院研究以验证上述模式的普遍性。
结论翻译：据研究人员所知，此前尚无关于该物种肠道微生物群的描述，因此本研究首次同时描述了其细菌和真菌肠道群落，并比较了它们在人类管理程度不同的生活条件下的差异。由于样本未与可识别供体关联，两界别仅在群体水平表征，无法进行个体水平的整合分析。圈养组显示出显著较低的细菌OTU丰富度和乳杆菌属主导的群落，其Shannon多样性虽为三组最低但整体检验不显著；真菌组成信号较弱，现有指标表明其分化主要源于相对丰度变化而非组成更替。对保护最为重要的是，寺院条件（自然栖息地加未定量补充饲喂）与一个未检测到与野生组显著差异的细菌群落相关联，且其Shannon多样性数值在三组中最高（该差异未被整体检验支持）。这符合但并未证明以下假说：轻触式、以就地保护为导向的管理与一种肠道细菌群落相关联，该群落与野生鸟类之间的差异不大于野生鸟类彼此间的差异，且小于完全圈养鸟类与野生鸟类的差异；验证这一假说需要在重复的多地点研究中结合饮食、宿主状况和适合度的直接测量。由于生活条件与地点海拔和植被混杂，且每种条件仅由一个地点代表，这些模式应被视为与所研究的三个种群相关的关联性发现，并需要在可控的重复设置中进行因果检验。这些发现为所采样的三个种群提供了初步的、种群特异性的微生物学参考和未来验证的起点；鉴于样本量小、单一采样季节以及缺乏地点重复，它们并未建立与健康相关的参考谱系，也不能直接应用于管理阈值设定。
