含利奈唑胺方案治疗药物敏感性肺结核的早期全血转录组学分析及其预后生物标志物研究

《BMC Pulmonary Medicine》：Transcriptome analysis for differential gene expression profiles of linezolid-containing anti-tuberculosis regimen in drug-susceptible pulmonary tuberculosis

摘要

背景

血液转录组学分析可反映宿主对结核病（TB）治疗的反应，然而含利奈唑胺方案在药物敏感性肺结核中的转录效应仍缺乏充分研究。我们旨在比较标准方案与含利奈唑胺方案之间的早期全血转录反应，并识别早期治疗效应的候选生物标志物。

方法

在这项随机2期试验的前瞻性子研究中，患有药物敏感性肺结核的成人接受标准方案或乙胺丁醇被利奈唑胺替代2周或4周的方案。在基线和第4周收集全血RNA用于转录组分析，包括RNA测序、差异表达和通路富集分析。通过实时定量聚合酶链反应（qRT-PCR）验证所选转录本，并评估其与临床结局的关联。

结果

共获得48名参与者的配对样本（12名标准方案；18名利奈唑胺2周方案；18名利奈唑胺4周方案）。转录组分析识别出治疗早期上调或下调的特定基因集。与标准方案相比，含利奈唑胺方案与独特的早期转录变化相关，探索性富集分析提示涉及抗原加工和递呈、T细胞活化及免疫信号通路。2周与4周利奈唑胺暴露之间的差异极小。在qRT-PCR验证中，较高的基线FOXP3和UBE2D4水平与第4周影像学改善独立相关，但未发现任何转录本可预测培养转阴时间。

结论

转录组学分析表明，与标准方案相比，含利奈唑胺方案在治疗早期表现出方案特异性的基因表达差异，且若干候选基因显示出临床相关关联，支持其作为预测肺结核治疗结局的生物标志物的潜力。