三叶木通CCT基因的全基因组鉴定与表达模式分析

《Genetic Resources and Crop Evolution》：Genome-wide identification and expression pattern analysis of the CCT genes of Akebia trifoliata

　　开花是许多植物重要的发育事件，而CONSTANS/CONSTANS-LIKE/TIMING OF CAB1 (CCT)基因在这一过程中发挥着重要作用。本研究共鉴定出46个AktCCTs，广泛分布于三叶木通（Akebia trifoliata）全部16条染色体上。其启动子区域中鉴定出激素响应和环境响应型顺式作用元件。平均基因长度为6156.2 bp，平均外显子数目为5.3；预测蛋白的平均氨基酸数目为384.7，平均分子量为43.0 kDa，平均等电点为6.3。基于保守结构域组成，46个AktCCTs被分为四个亚家族，包括18个CMFs、12个COLs、9个GTCCs和7个PRRs。其中，CMF亚家族的平均基因长度、氨基酸数目和分子量均最低，而COL亚家族的平均外显子数目最低。在进化上，片段化/全基因组复制（WGD）相关重复事件促进了AktCCT家族的扩张，且重复的AktCCT基因对主要受到纯化选择作用。与其他四种植物CCT蛋白的比较系统发育分析进一步支持了AktCCT家族的分类。多个AktCCTs在开花期间表现出可检测且组织依赖性的表达模式。值得注意的是，AktCCT17与AktFT2、AktFT4、AktFT5和AktGI1均表现出强正表达相关性，尽管这些相关性在多重检验校正后并未保持统计学显著。结合其表达模式和启动子特征，这些结果表明AktCCT17可能是一个与开花相关过程潜在关联的候选基因。总体而言，这些发现为AktCCT家族提供了系统性的特征描述，并为进一步理解其在三叶木通开花相关过程中的潜在作用奠定了基础。