SARS-CoV-2复制过程中NSP8、NSP12与N蛋白对病毒基因组RNA直接相互作用位点的全景图谱

《Nature Communications》：Genome-scale eCLIP mapping of SARS-CoV-2 RNA interactions with NSP8, NSP12, and N reveals regulatory sites

　　

摘要

COVID-19大流行的全球影响凸显了深入了解SARS-CoV-2复制机制的必要性。尽管RNA依赖性RNA聚合酶（NSP12）、引发酶（NSP8）和核衣壳（N）蛋白的关键作用已明确，但它们在活跃感染过程中与全长病毒RNA基因组的接触位点仍需进一步表征。在此，我们使用增强型交联免疫沉淀（eCLIP）技术，在活病毒感染早期和晚期复制阶段，绘制了NSP8、NSP12和N蛋白与SARS-CoV-2基因组的直接相互作用图谱。我们定位了NSP8和NSP12在正链和负链RNA的5′和3′末端的结合位点，这与它们在病毒复制、转录和翻译中的角色一致。此外，我们在NSP3保守的Y1结构域内观察到一个NSP12结合位点，该位点调节RNA和蛋白质丰度。另外，N蛋白结合5′非翻译区（UTR），支持其在感染早期参与翻译调控的作用，并与移码元件相关联，调节核糖体移码。综上所述，这些发现绘制了SARS-CoV-2 RNA-蛋白质相互作用在病毒基因组上的分布图谱，并界定了潜在抗病毒干预的特异性调控区域。