简单摘要
奈玛鱼（Stenodus leucichthys）是欧亚大陆淡水鱼类区系的重要组成部分；然而，其各个种群的遗传结构仍未得到充分了解。在本研究中，我们调查了欧亚大陆七个地点奈玛鱼种群的遗传多样性和分化程度，其中包括从哈萨克斯坦额尔齐斯河中游采集的11个样本。利用现代分析方法，对基因组SNP数据集进行了分析。结果显示，额尔齐斯河种群具有明显的遗传分化，主要形成一个独特的遗传组分。额尔齐斯河种群与伏尔加河种群之间的遗传分化最大。相比之下，鄂毕河、叶尼塞河和皮亚西纳河种群的遗传结构相对相似，这可能反映了共同的系统地理历史。额尔齐斯河奈玛鱼的遗传独特性凸显了保护该地方种群及其遗传多样性的重要性。这些发现可能有助于制定科学合理的奈玛鱼遗传资源保护和管理方法。
摘要
背景/目的：欧亚大陆奈玛鱼（Stenodus leucichthys）种群的遗传结构和系统地理历史仍未完全了解。本研究旨在调查来自欧亚大陆七个地点种群的基因组范围内的遗传分化，特别关注额尔齐斯河中游种群的遗传独特性和保护意义。方法：分析了来自欧亚大陆七个地点的41个样本的基因组范围单核苷酸多态性（SNP）数据，其中包括来自额尔齐斯河中游的11个样本。使用ADMIXTURE（留一法交叉验证，LOOCV）、主成分分析（PCA）、判别主成分分析（DPCA）和f2统计量评估遗传结构和基因交流。还研究了系统地理关系和分化时间。结果：ADMIXTURE分析表明，在K = 2–4时LOOCV误差最低。在所有K值下，额尔齐斯河种群保持遗传同质且独特，而其他种群表现出不同程度的基因交流。伏尔加河种群在K = 2时与北冰洋流域种群聚类，但在K = 3–4时形成独立的遗传簇；因迪吉尔卡河种群在K = 4时也被区分出来。PCA、DPCA、祖源估计和f2统计量一致支持种群间的遗传分化。伏尔加河、额尔齐斯河和鄂毕河种群彼此大致等距，而其余种群与鄂毕河谱系表现出更近的遗传关系，向东分化程度逐渐增加。三个主要谱系（伏尔加河、额尔齐斯河和鄂毕河）在倒数第二次冰期和最后一次冰期之间分化。伏尔加河种群估计约在10.8–8.4万年前（MIS 5c–MIS 5a）分化，而鄂毕河半溯河洄游种群约在9–6万年前（MIS 5晚期–MIS 4）分化。东部种群随后在MIS 4–3期间从鄂毕河谱系分化，而库贝纳河种群在MIS 2期间分化。结论：额尔齐斯河种群代表了一个遗传独特且同质的Stenodus leucichthys谱系。其显著的遗传分化凸显了其保护重要性，并表明与河流调控相关的种群衰退可能对其独特遗传多样性的保存产生严重后果。
