《Genes》：DNA Methylation in Chickens: Molecular Patterns and Associations with Production Traits
家禽生产构成全球动物蛋白的重要来源。DNA甲基化（DNA methylation）是关联多种具有经济价值鸡性状的重要表观遗传层（epigenetic layer），涉及脂肪沉积、肌肉发育、肉品质、繁殖、疾病响应和环境适应。本综述通过检索PubMed、Web of Science核心合集（Web of Science Core Collection）、中国知网（CNKI）和万方数据库截至2026年3月的文献进行整合。在鸡甲基化组中，CpG甲基化占主导地位（predominates），而报道的非CpG（non-CpG）甲基化贡献因组织和数据集而异。启动子（promoters）和CpG岛（CpG islands）通常呈低甲基化（hypomethylated）状态，而基因体（gene bodies）、重复元件（repetitive elements）和基因间区（intergenic regions）呈更高程度甲基化。鸡研究支持DNA甲基转移酶（DNMT）依赖的维持甲基化（maintenance methylation）和TET（ten-eleven translocation）家族蛋白相关的去甲基化（demethylation）作用，但大多数性状水平的证据仍是观察性的。功能实验已阐明了特定基因座和细胞模型，包括cPouV、PLIN1、COL6A1、EBF1以及替代性PPARγ启动子。本综述综合了鸡的甲基化模式、组织特异性和性状关联证据，并将甲基化背景组成（methylation-context composition）与背景内甲基化水平（within-context methylation level）加以区分。
1. 引言
DNA甲基化是一种不依赖DNA序列的表观遗传调控机制，通过调控染色质结构和转录因子可及性，协调基因表达与染色质状态，对维持基因组完整性、胚胎发育和疾病发生至关重要。该修饰由DNA甲基转移酶（DNMT）催化，将S-腺苷甲硫氨酸（SAM）的甲基转移至胞嘧啶的C5位，生成5-甲基胞嘧啶（5-methylcytosine, 5mC）。在脊椎动物中，该表观遗传标记主要发生于CpG二核苷酸，通常通过启动子高甲基化抑制转录、启动子低甲基化促进激活，从而调控基因表达的时空特异性。高通量测序技术的发展确立了DNA甲基化作为关键表观遗传标记的地位，使其成为解析畜禽复杂性状遗传机制的重要手段。
鸡既是经典的脊椎动物模式生物，也是 agriculturally重要的物种。全基因组亚硫酸氢盐测序（whole-genome bisulfite sequencing, WGBS）及相关检测手段加速了鸡甲基组研究。全基因组研究表明，鸡DNA甲基化主要富集于CpG位点，CHG与CHH背景的甲基化水平总体较低，但其对总甲基胞嘧啶池的贡献因数据集而异。鸡甲基组还表现出显著的区域与组织特异性：启动子和CpG岛通常低于基因体、重复元件和基因间区。这些模式与脂肪沉积、肌肉发育、繁殖和疾病响应相关，但大多数已报道的甲基化-性状关系仍属相关性。此前已有综述总结了鸡全基因组表观遗传学及方法学局限，更新的综述涵盖家禽发育和生产性状中的DNA甲基化；本综述将分子模式与性状关联证据相结合，区分不同甲基化指标与检测类别，并将鸡中的性状关联发现与功能证据联系起来，重点讨论组织特异性、生产性状关联以及功能验证与育种应用的优先方向。
2. 材料与方法
本叙述性综述通过检索PubMed、Web of Science核心合集、中国知网（CNKI）和万方数据库截至2026年3月的文献，检索词组合涵盖物种词（鸡、红原鸡、肉鸡、蛋鸡等）、DNA甲基化词（包括DNA methylation、methylome、bisulfite sequencing、WGBS、MeDIP、MSAP、DNMT、TET、5-methylcytosine）以及生产性状或生物学过程词。文献选择基于相关性：鸡（Gallus gallus）原始研究在采用明确检测手段将DNA甲基化与生物学过程、基因表达或生产相关表型关联时，构成性状特异性讨论的主体；比较性、机制性和方法学文献仅在提供明确背景时使用；仅基于计算机预测的证据不作为一级性状证据。全球检测、甲基化敏感限制性酶切检测、位点和测序-based测量均在各自的指标和分母体系内解释，不作混合。最终综述引用79篇文献，按分子机制、基因组模式、组织特异性和性状领域组织叙述性综合，区分观察性关联与功能性扰动证据。综述记录品系或品种、年龄或发育阶段、组织、检测手段、甲基化指标与分母、基因组背景、关联方向及功能验证可得性；甲基化背景组成（如mCpG占所有检测到的甲基胞嘧啶的比例）与背景内甲基化水平（如mCpG占所有覆盖CpG位点的比例）被严格分开。
综述特别指出遗传背景异质性对数据集可比性的重要制约：所研究群体涵盖红原鸡、轻度选择的中国地方品种以及高强度选择的商业肉鸡和蛋鸡，这些群体在数百万单核苷酸多态性（SNP）和结构上存在差异，并携带多个受选择基因组区域。顺式作用序列变异可改变局部CpG密度、转录因子结合基序含量和甲基化阅读蛋白的DNA靶位点，使直系同源区域在不同群体呈现不同甲基化状态。鸡的研究显示肌肉启动子区域CG基序的获得或丢失并未伴随DNA甲基化改变，且启动子甲基化水平在不同SNP密度下大体不变，但该分析局限于启动子序列和单一组织；其他物种的甲基化数量性状位点（methQTL）研究表明遗传对甲基化的影响常具有组织特异性并富集于非启动子调控元件。鸡与家鸡杂交鸡下丘脑中鉴定出6179个顺式和2973个反式methQTL，提示基因型是组间甲基化-表达差异的潜在来源。此外，年龄、组织、日粮、饲养方式和病原暴露的组间差异进一步增加异质性；多数鸡研究未在甲基化-表达模型中显式控制局部序列变异。证据框架方面，大多数证据来自观察性横断面研究，可识别差异甲基化区域（DMRs）与转录或表型差异的关联，但需要功能扰动区分驱动性DMRs与下游变化。
3. 家鸡DNA去甲基化机制
DNA甲基化的动态调控通过酶促级联实现，包括胞嘧啶甲基化、TET双加氧酶对甲基基团的迭代氧化，以及通过复制依赖稀释或DNA糖基化酶启动的碱基切除修复（base excision repair, BER）恢复未修饰胞嘧啶。根据是否依赖DNA复制，去甲基化分为被动与主动两种模式。
3.1 DNA甲基化的建立与维持
DNA甲基化由DNA甲基转移酶（DNMT）家族催化，将SAM的甲基转移至胞嘧啶第五位碳形成5mC。经典DNMT包括DNMT1、DNMT3A和DNMT3B，还包括无催化活性的辅因子DNMT3L和tRNA甲基转移酶DNMT2（TRDMT1）。从头甲基化由DNMT3A和DNMT3B完成，它们对半甲基化底物无明显偏好，可作用于未修饰DNA；DNMT3L缺乏催化活性但作为关键辅因子变构激活DNMT3A。复制偶联的维持由DNMT1-UHRF1复合物完成：DNA复制使完全甲基化的CpG变为半甲基化，UHRF1（又称Np95或ICBP90）偏好结合半甲基化CpG并将DNMT1锚定于复制位点，使新合成链甲基化，从而维持甲基化模式的稳定。
系统分析显示鸡基因组编码保守的DNMT1、DNMT3A、DNMT3B和DNMT2；鸡全局DNA甲基化景观与哺乳动物相似，但精子DNA呈低甲基化，与鸡基因组缺乏DNMT3L基因有关。研究人员已表征鸡DT40细胞和胚胎组织中DNMT的表达模式：DNMT1在DT40细胞中高表达并在鸡胚胎发育阶段（Hamburger-Hamilton阶段1-27，HH1-HH27）稳定表达，DNMT1和DNMT3B是DT40细胞中主要的DNMT家族成员。有研究考察早期生活应激对鸡DNA甲基转移酶表达的影响：急性束缚应激和短期禁食（12小时，12 h FD）上调前垂体DNMT1和DNMT3B表达，慢性束缚应激和长期禁食（36小时，36 h FD）显著下调其表达；DNMT3A对束缚应激不敏感，仅在慢性营养应激下受抑制；肝脏中三种基因的表达均被12 h FD显著下调。值得注意的是，应激诱导的垂体DNMT3A表达改变持续至6周龄，提示早期生活应激可能产生长期表观遗传效应。
3.2 被动去甲基化
被动去甲基化发生在细胞分裂过程中，维持性DNA甲基转移酶1（DNMT1）活性受损或缺失时，新合成链无法有效甲基化。在鸡中，DNMT1活性的抑制是被动去甲基化的主要机制，通常通过DNA甲基转移酶抑制剂如5-氮杂胞苷（5-azacytidine, 5-Aza-C）和5-氮杂-2′-脱氧胞苷（5-aza-2′-deoxycytidine, 5-Aza-dC）实现。这些胞苷类似物掺入复制中的DNA并与DNMT1形成共价陷阱，使酶失活、破坏甲基化维持并引发被动去甲基化。
在鸡中，该类抑制剂的应用与功能意义主要体现在：抗病毒与肿瘤干预，5-Aza-C可抑制鸡马立克病脾淋巴瘤细胞系（MDCC-MSB1）的DNA甲基化，并诱导连续传代MSB1淋巴瘤细胞中马立克病病毒（Marek's disease virus, MDV）基因组的部分去甲基化；脂质代谢调控，原鸡肌内前脂肪细胞中5-Aza-dC处理降低全局DNA甲基化并上调PPARG和CEBPA表达，伴随脂质积累增加（未检测启动子甲基化），而在腹脂来源的ICP-1细胞系中5-Aza-dC上调EBF1表达，EBF1过表达则降低PPARγ表达和脂质积累（药物处理与过表达实验为独立实验）；以及球虫，艾美耳球虫基因组5mC水平低，柔嫩艾美耳孢子虫期甲基化因生命周期阶段而异且最高，裂殖子提取物的类DNMT活性提示其在阶段转换中的可能作用。总之，5-Aza类抑制剂模型阐明了表观遗传重塑在病毒感染、肿瘤发生、脂肪沉积和寄生虫入侵中的作用。
3.3 主动去甲基化
脊椎动物的主动去甲基化可通过TET介导的5mC氧化实现。TET家族（Fe(II)和α-酮戊二酸依赖的双加氧酶）首先将5mC氧化为5-羟甲基胞嘧啶（5-hydroxymethylcytosine, 5hmC），进而氧化为5-甲酰基胞嘧啶（5-formylcytosine, 5fC）和5-羧基胞嘧啶（5-carboxylcytosine, 5caC）。胸腺嘧啶DNA糖基化酶（thymine DNA glycosylase, TDG）可识别并切除5fC和5caC，产生的无碱基位点随后经BER恢复为未修饰胞嘧啶。在成年鸡中，TET基因在肺、脾、肠、输卵管、白细胞和红细胞等多种组织中广泛表达，其中TET1转录本丰度最高。
除氧化去甲基化途径外，研究人员还假设存在脱氨偶联BER途径介导鸡中的主动去甲基化：脱氨酶催化5mC脱氨生成胸腺嘧啶并产生G/T错配，禽类MBD4蛋白兼具G/T错配糖基化酶和弱5-甲基胞嘧啶DNA糖基化酶活性，可识别G/T错配并触发BER修复。此外还存在直接切除机制，包括鸡胚胎中优先以RNA依赖方式从半甲基化DNA切除5mC的5mC特异性糖基化酶（5-MCDG），其糖苷酶活性在鸡胚胎中得到生化验证，但体内作用尚未阐明。综上，TET介导的氧化去甲基化途径在鸡中保守；脱氨偶联BER途径被假设介导鸟类主动去甲基化，而RNA依赖的5-MCDG虽已在鸡胚胎中鉴定，其体内功能仍有待阐明。
4. 鸡DNA甲基组的特征与分布
4.1 序列背景偏好：CG、CHG和CHH位点的甲基化水平
鸡基因组DNA甲基化发生于CG、CHG和CHH三种序列背景（H表示腺嘌呤、胞嘧啶或胸嘧啶）。证据表明DNA甲基化高度富集于CG位点，CHG和CHH位点甲基化水平极低。研究必须区分两个不等价的指标：甲基化背景组成（mCpG占所有检测到的甲基胞嘧啶的比例）与背景内甲基化水平（如mCpG占所有覆盖CpG位点的比例）。法尤米（Fayoumi）与莱杭（Leghorn）鸡肺组织中mCpG占检测到的甲基胞嘧啶的96.24%，mCHG和mCHH分别占0.86%和2.89%；固始鸡胸肌中相应背景组成值在20周龄为94.72%、1.11%和4.18%，在55周龄为95.80%、0.86%和3.34%。背景内指标方面，济宁百日鸡（Jining Bairi）盲肠研究显示沙门氏菌接种后mCpG/CpG保持55.20%，mCHG/CHG从1.00%降至0.90%，mCHH/CHH从1.00%降至0.82%。跨验证数据集，CpG甲基化占主导，非CpG甲基化在CHG和CHH背景内较低，但其占所有检测到的甲基胞嘧啶的比例因组织和数据集而异，总体呈CpG主导模式且非CpG贡献可变。
4.2 功能基因组区差异分布
启动子与CpG岛低甲基化：鸡启动子呈显著全局低甲基化，是甲基化最低的基因组元件之一。基于MeDIP-seq的鸡全基因组DNA甲基化图谱显示，转录起始位点（transcription start sites, TSS）和转录终止位点（transcription termination sites, TTS）均呈低甲基化状态，近端启动子甲基化水平与基因表达显著负相关（AA肉鸡肝脏中r = ?0.90，p < 0.01）。快慢长速鸡肌肉组织中启动子在所有基因组元件中平均甲基化密度最低。在特定生理或应激条件下，启动子DMCs在母体热应激暴露鸡胚胎中约占全部检测到的DMCs的37%，且偏向高甲基化，提示母体热应激可能通过升高调控区甲基化水平主要抑制基因表达；胚胎发育中IGF2启动子甲基化随胚胎日龄升高进行性下降，伴随IGF2转录本上升；固始鸡产蛋后期（55周龄）胸肌中肉品质相关基因（ABCA1、COL6A1、GSTT1L）启动子呈现特异性高甲基化与转录下调耦联。CpG岛在鸡中亦维持极低甲基化水平：肺组织中超过80%的CGIs未甲基化，且低甲基化具有位置依赖性——多数甲基化CGIs位于基因间区（69.74%），侧翼CGIs保持去甲基化，而基因内CGIs（21.32%）相对更易甲基化；固始鸡胸肌中CGIs在所有检测基因组特征中甲基化水平最低。
基因体高甲基化并与转录耦联：基因体（外显子与内含子）在鸡基因组中呈显著甲基化富集，甲基化水平显著高于启动子和CpG岛。单碱基分辨率甲基组分析显示典型"启动子-基因体"甲基化景观：5′上游和3′下游区域最低，进入基因体后显著升高，第一外显子维持相对较低水平，自第一内含子起升高并在内部外显子达峰，持续至TTS。定量分析显示基因体内唯一匹配读数占总读数的17.42-19.84%，内含子甲基化密度显著高于外显子或UTR。基因体甲基化不仅作为抑制性标记，亦可兼容活跃转录状态：热应激诱导的基因体DMCs主要呈低甲基化，比例最高位于内含子（40.28%），其次为外显子（18.42%）；鸡胚胎E17阶段TNF-α呈启动子去甲基化与基因体高甲基化并存并与转录上调耦联；IGF2基因体甲基化随胚胎日龄升高而增加，与表达上升平行；固始鸡胸肌中超过60%的DMRs定位于内含子，证实基因体——尤其是内含子——是动态甲基化重塑的热点。
重复序列与远端调控元件的甲基化重塑：重复序列是鸡基因组DNA甲基化的重要靶标，重复元件特别是LINE/CR1逆转录转座子高度甲基化，占重复序列相关全部甲基化峰的约44.5%，对维持基因组稳定性和抑制转座子转位至关重要。远端调控序列如增强子同样受甲基化调控，活性增强子通常低甲基化，非活性增强子高甲基化。此外，鸡基因组中基因间区呈最高整体甲基化（如固始鸡胸肌中其甲基化水平超过基因体）。CGIs呈现位置依赖性：基因间CGIs低甲基化、基因内CGIs中度甲基化、侧翼CGIs大体低甲基化。增强子通过"活性-低甲基化/非活性-高甲基化"的互惠模式介导组织特异性与谱系决定，超级增强子去甲基化是谱系特异性激活所必需。表观遗传对生理与环境线索的响应呈现区域异质性：热应激诱导启动子高甲基化但基因体低甲基化，而胚胎发育和产蛋后期启动子与基因体呈现时序性重塑轨迹的分化。
4.3 组织特异性
鸡DNA甲基化具有组织特异性，但比较必须基于检测手段保持特异性。基于MSAP的研究以甲基化CCGG位点比例量化四种组织，肌肉29.7%、心脏27.5%、肝脏27.5%、肾脏26.1%，但这些值是限制位点比例，与HPLC或WGBS估计不可直接比较。HPLC研究将鸡胚胎基因组甲基化定义为5-mdC/(5-mdC+dC)，甲基化在胚胎发生过程中增加，肝脏在E19达到12.1%。WGBS提供位点分辨率的测量且分母明确：固始鸡胸肌中背景内CpG甲基化在20周龄为63.28%，55周龄为63.09%；济宁百日鸡盲肠mCpG/CpG在对照与沙门氏菌接种组均为55.20%，CHG和CHH水平轻微变化。TSS或CpG岛周围的局部低谷描述基因组分布。
4.4 DNA甲基化与其他表观基因组层及调控元件的交互作用
DNA甲基化并非孤立运作，而是耦合的多层表观基因组系统的一部分，染色质可及性、组蛋白翻译后修饰、非编码RNA和更高阶染色质组织与其广泛互联并共同影响调控元件的转录输出。由于禽类内含子和基因间距离远短于哺乳动物，且鸟类与哺乳动物间调控元件——尤其是增强子——的序列和基因组位置保守性差，禽类调控架构无法直接从人或鼠注释推断，因此需要物种匹配的表观基因组参考数据。
染色质可及性：开放染色质区通常DNA甲基化水平较低，高甲基化压缩染色质结构并阻碍转录因子结合，二者在许多调控元件上相互拮抗。有研究整合23种成年鸡组织（包括大脑皮层、下丘脑、小脑、睾丸、子宫壳腺、肌肉、心脏、脂肪、肾、脾、骨髓、肺、气管、胸腺、法氏囊、肝、前胃、肌胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠）的377个全基因组测序数据集与WGBS、ATAC-seq及四种组蛋白修饰（H3K4me3、H3K4me1、H3K27ac、H3K27me3）数据，系统构建鸡调控元件图谱：甲基化水平沿不同染色质状态呈梯度分布，启动子最低，其次为ATAC岛、增强子和Polycomb抑制区；具ATAC信号的活性增强子（EnhA和EnhAMe）DNA甲基化显著低于无ATAC信号的静默增强子，表明开放染色质区总体低甲基化，而高度甲基化区倾向于关闭染色质并抑制转录因子结合。
组蛋白修饰：在生殖细胞发育中，DNA甲基化可与组蛋白标记交互重塑染色质并建立细胞类型特异性转录程序。鸡胚胎生殖细胞分化过程中，cPouV启动子获得DNA甲基化而组蛋白乙酰化降低，体外启动子甲基化抑制报告基因表达，支持多能性程序的协同沉默；鸡原始生殖细胞保留大量全局DNA甲基化，并在非活性基因组区渐进积累H3K9me3，与哺乳动物原始生殖细胞更广泛的表观遗传重置不同。
非编码RNA：WGBS与转录组联合分析在差异甲基化区内鉴定出长链非编码RNA MyH1-AS，其内含子DMR的甲基化状态调控MyH1-AS表达，该lncRNA参与鸡胚胎成肌细胞分化并调控肌生成相关基因表达。鸡胚胎性腺整合分析显示，DNA甲基化与MHM区内lncRNA表达负相关：雄hyper甲基化区中三个lncRNA（MHM1中的ENSGALG00000051419和ENSGALG00000050012、MHM2中的ENSGALG00000045887）启动子低甲基化且呈雌性偏性高表达，而雄性性腺高甲基化、低表达；双荧光素酶实验与JASPAR预测提示启动子CpG位点甲基化可能通过影响YY1、NRF1、ZEB1、Lhx8和E2F1等转录因子结合调控lncRNA转录，提示MHM相关DNA甲基化可能参与细胞自主性别识别和雌性性腺发育。鸡肺组织中miRNA启动子总体高甲基化，提示启动子高甲基化可能参与体细胞中许多microRNA基因的转录沉默。
5. DNA甲基化对鸡重要经济性状的调控
5.1 基因表达调控的一般原理及脂肪沉积、肌肉发育和繁殖性能
DNA甲基化以区域和因子依赖的方式影响转录，启动子甲基化常与表达降低相关，但方向并非普遍。鸡精子发生过程中Piwil1启动子甲基化与表达负相关，实验性去甲基化支持甲基化依赖调控；而PPARG替代P1启动子甲基化通过阻止抑制性转录因子NRF1结合增加转录本1表达。此处区分基因与蛋白命名：PPARG指基因或转录本，PPARγ指蛋白。
对于启动子相关效应，PLIN1启动子CpG5甲基化与PLIN1表达和腹脂百分比负相关，并有DF-1细胞中去甲基化实验支持；KLF7的腹脂组织启动子和外显子2甲基化与基因表达相关。高腹脂与低腹脂鸡比较中鉴定出1877个DMRs（非1877个基因），DMR相关基因包括EBF1等脂质代谢候选基因；ICP-1细胞中EBF1过表达降低PPARγ表达和脂质积累，而独立的5-Aza-dC实验增加EBF1表达。肌内脂肪（IMF）贡献肉品质属性：固始鸡中年龄组间IMF与甲基化差异鉴定出ABCA1、COL6A1和GSTT1L等候选位点；原鸡肌内前脂肪细胞中COL6A1过表达促进增殖、迁移和成脂分化并增加脂质积累。细胞分化过程中DNMT1、DNMT3A、DNMT3B表达下降，而TET1、TET2、TET3在第2至4天上升。PPARG调控具有启动子特异性：P3甲基化与PPARG表达负相关且在瘦肉系鸡中较高，而P1甲基化可促进PPARG转录本1表达。
DNA甲基化在肌肉生长中也发挥关键调控作用。鸡成纤维细胞与骨骼肌组织的全基因组DNA甲基化比较显示所有物种CG位点全局高甲基化：成纤维细胞53-72%，骨骼肌61-79%，且鸡基因组两种组织类型的甲基化水平均显著低于哺乳动物基因组（成纤维细胞53%，骨骼肌61%）。鸡胚胎腿部肌肉阶段WGBS与RNA-seq联合分析鉴定出肌肉发育基因TBX1、MEF2D、SPEG、CFL2和TWF2的甲基化-表达转换；功能分析确定CFL2是鸡骨骼肌卫星细胞增殖的负调控因子和凋亡诱导因子。快慢长速鸡胸肌MeDIP-seq分析显示启动子平均甲基化密度最低，其次为CGIs；基因体内含子甲基化密度超过UTR和外显子，LINE/CR1元件甲基化水平最高；鉴定出75个差异甲基化基因，包括IGF1R、FGF家族成员（FGF12、FGF14、FGF18、FGFR2、FGFR3）及骨骼肌发育相关基因（MYH11、MYH15、MYHYB、MYLK2），它们可能参与调节7周龄鸡的生长；肌纤维密度和滴水损失受DNA甲基化水平极显著影响。鸡胚胎次级纤维形成关键阶段（E10、E13、E16、E19）全基因组甲基化分析显示肉鸡与蛋鸡间DMRs在E19急剧增加且主要定位于内含子和基因间区；肉鸡中大多数DMRs呈低甲基化，提示低甲基化可能支撑快速肌肉发育；E19的DMGs主要富集于肌细胞发育、肌管细胞发育和成肌分化；MyH1-AS与上述DMR关联且其表达与该DMR甲基化水平高度相关，体外敲低MyH1-AS损害肌管形成并降低肌肉相关基因表达。
DNA甲基化在繁殖性能和生殖细胞发育中也发挥关键调控作用。对狼山鸡下丘脑和卵巢的WGBS分析显示，强、弱近交组分别鉴定出5948和4593个DMRs，相关基因显著富集于繁殖相关通路；整合转录组数据将SRD5A1和CDC27基因内的两个DMRs定位为狼山鸡繁殖力近交衰退最有前景的生物标志物。鸡基因组缺乏DNMT3L，精子DNA呈全局低甲基化。胚胎发育中DNA甲基化参与维持多能性和生殖细胞分化：鸡胚胎生殖细胞分化过程中cPouV（禽类Oct4同源物）启动子甲基化显著升高，EG细胞向拟胚体分化时DNMT3A、DNMT3B和HDAC3转录本显著上调，而Dnmt1、HAT和cPouV mRNA水平显著降低；体外甲基化实验证实甲基化cPouV启动子显著抑制报告基因表达。鸡生殖细胞全基因组DNA甲基化图谱揭示AKT1和CTNNB1等关键基因的动态甲基化调控。鸡卵母细胞（小型白色卵泡SWF，1-2 mm；大型白色卵泡LWF，4-7 mm，具灯刷染色体）平均基因组CpG甲基化水平为53.2%，与成纤维细胞、脾和肌肉等体细胞（52.45-62.8%）相当，但显著高于低甲基化的精子状态（40.5%）；卵母细胞甲基化分布模式与体细胞相似，启动子和CpG岛总体低甲基化，基因间区、重复序列和内含子高甲基化；大小白卵泡阶段间以及大、小染色体间无显著甲基化差异或分布模式差异，提示卵母细胞DNA甲基化模式在此期相对稳定。强制换羽期全基因组胞嘧啶甲基化分析显示30个下丘脑和卵巢组织样本中甲基化胞嘧啶占1.42%-4.81%，CG背景甲基化位点最丰富（占76.45%-94.49%），CHG和CHH最低（0.94%-3.68%和4.61%-19.86%）；区域分析显示内含子和3′UTR甲基化水平最高，随后为外显子和重复区，5′UTR最低；启动子内近端亚区最低、中间亚区中等、远端亚区最高；多数DMRs位于5′UTR和3′UTR；在可逆换羽阶段下丘脑和卵巢鉴定出16个呈现可逆甲基化变化的DMGs，其中6个基因（CD2AP、CERK、FBXW11、YAP1、NUMB、SLC7A11）此前与细胞衰老相关。
5.2 驯化与免疫能力中的DNA甲基化模式
鸡驯化过程中，下丘脑基因甲基化差异可遗传，而肌肉组织启动子区甲基化模式高度保守、不受SNP密度影响且与差异基因表达无明确负相关。对红原鸡、白来航蛋鸡及其后代的测量显示野生与驯化鸟类间存在大量下丘脑基因甲基化差异，且大部分在子代中维持，为鸡表观变异的遗传性提供证据。鸡肌肉启动子甲基化组（红原鸡与家鸡：沧鸡、AA肉鸡、白来航）显示启动子区DNA甲基化模式在野生与驯化间高度保守，驯化过程中肌肉基因组启动子区未检出稳定甲基化变化；甲基化变化与差异基因表达间无明确负相关，DNA甲基化水平不随启动子区SNP密度变化。跨肝脏和肌肉数据集，鸡甲基化富集于基因体和重复序列，在TSS和TSS处耗竭，多数CpG岛保持未甲基化且启动子甲基化与基因表达负相关。综上，鸡野生与家鸡间甲基化呈组织特异性差异：下丘脑呈现可遗传变异，肌肉启动子则模式保守。
关于免疫能力，马立克病病毒（MDV）感染显示抗性系63鸡胸腺中DNMT3A和DNMT3B表达在感染后21天显著低于易感系72，伴随全局基因组甲基化水平降低；该低甲基化状态可能通过激活抗病毒和抗肿瘤基因限制MDV复制，而高甲基化在易感鸡中似乎有利于病毒传播。与低抗性的白来航相比，抗性法尤米肺组织中CG、CHG、CHH背景的甲基化胞嘧啶比例分别为96.24%、0.86%和2.89%，免疫相关基因TLR4（Toll样受体4）和PIK3CD（磷脂酰肌醇-3-激酶催化亚基δ）呈现品种特异性差异甲基化和表达。抗生素诱导的肠道菌群失调与SAM水平降低、DNMT3b表达降低、胸肌全局5-mC DNA甲基化降低以及生长性能和肌肉发育受损相关。沙门氏菌肠炎接种后，盲肠mCpG/CpG保持55.20%，mCHG/CHG从1.00%降至0.90%，mCHH/CHH从1.00%降至0.82%。马立克病肿瘤脾脏（IN）、未感染脾脏（NoIN）和感染后存活者脾脏（SUR）的全基因组分析显示三组间全局CpG甲基化水平相当（60.80-65.50%），无显著组间差异；甲基化以CG背景为主（占全部甲基化位点的89.02-91.71%），CHG和CHH极低；IN组启动子甲基化最高而基因体甲基化最低；IN组重复元件（LINEs、LTRs、卫星）甲基化显著低于NoIN和SUR组，未甲基化CpG比例显著更高。早期营养干预也可诱导免疫器官组织特异性甲基化变化：鸡胚接种益生菌、益生元或合生素后，42日龄罗斯肉鸡盲肠扁桃体全局DNA甲基化水平呈阶梯增加（对照组11.74%，益生菌组16.49%，益生元组22.67%，合生素组25.10%），而GP鸡各处理组间无显著差异（对照组10.72%，处理组14.36%-17.13%）；基因特异性甲基化分析显示SYK、ANGPTL4、TNFRSF14、IKZF1、CYR61和SERPING1六个基因甲基化变化，但其与基因型、物质类型或互作的关联因基因而异。
6. 展望
跨研究比较受方法、样本和生物学背景差异的影响。纳入检测手段在分辨率、基因组覆盖度和CpG密度偏倚上不同，部分研究使用小样本或混合样本，bulk组织谱可能反映细胞组成的变化，且品种和研究设计各异，这些因素共同导致鸡甲基化模式的组间差异。位点特异性扰动是检验候选调控关系的优先方向。功能支持存在于特定模型：体外cPouV启动子甲基化、PLIN1药理学操控以及原代肌内前脂肪细胞中COL6A1过表达。dCas9与DNMT3A/DNMT3B或TET催化结构域融合可在不改变底层序列的情况下安装或去除甲基化，而dCas9-p300提供正交的染色质激活手段。在鸡细胞中应用这些工具，结合基因型感知的methQTL分析和单细胞多组学，将有助于区分驱动与乘客甲基化变化。
