口腔鳞状细胞癌患者漱口刷样本中RNA测序工作流程的优化

《Cancer Prevention Research》：Optimization of RNA Sequencing Workflow in Brush Swabs of Oral Squamous Cell Carcinoma

　　

摘要

口腔鳞状细胞癌（OSCC）由于诊断和监测的困难，患者的生存率较低。非侵入性活检方法，如刷子取样活检，作为一种有前景的技术应运而生，相比手术活检具有多种临床优势，可能有助于克服诊断、预后和监测方面的挑战。我们旨在评估一种适用于OSCC患者进行RNA测序的非侵入性刷子取样方法。在手术前从肿瘤部位收集刷子样本，然后在手术切除时从同一部位获取相应的新鲜冷冻组织样本。共有39名患者参与了研究[中位年龄65岁（IQR 55–73岁）]。正如预期的那样，组织样本的RNA浓度和完整性优于刷子样本[456.3 ng/μL（IQR 291.3–651.3）vs 73.2 ng/μL（IQR 34.9–106.3）；DV200值为91.6%（IQR 85.9–93）vs 82%（IQR 77.3–87.8）；两组数据P < 0.0001]。尽管RNA质量较低，但在去除细菌rRNA后，刷子样本的测序成功率仍然很高[84.3%（IQR 67.3–91.1%）。匹配的组织样本和刷子样本之间的基因表达谱高度相关（r = 0.969；95%置信区间0.967–0.969；P < 2.2e?16）。我们开发并验证了一种用于刷子样本全转录组分析的方案，并证明其与配对组织样本具有极好的一致性。这些发现支持将刷子取样作为生物标志物发现的非侵入性替代方法，其在OSCC的诊断和预后评估中具有潜在应用价值。

预防意义：

刷子取样是一种简单、微创的方法，可用于评估口腔癌的分子变化，其结果与组织样本相当。该方法负担小且可重复性好，有利于早期检测、监测和风险评估。其在牙科和社区环境中的实用性使得更多人能够接受筛查和预防性护理。