《Nature Communications》：Evidence of widespread sequencing errors in global avian influenza study
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Wannigama等人（2025）提出了一项研究，评估了来自采样不足国家的鸟粪样本中是否存在禽流感病毒。样本采集自非洲（马达加斯加、莫桑比克、索马里），中东（也门），南亚（马尔代夫、斯里兰卡），东南亚（印度尼西亚、缅甸、菲律宾）以及大洋洲（巴布亚新几内亚）。该
Wannigama等人（2025）提出了一项研究，评估了来自采样不足国家的鸟粪样本中是否存在禽流感病毒。样本采集自非洲（马达加斯加、莫桑比克、索马里），中东（也门），南亚（马尔代夫、斯里兰卡），东南亚（印度尼西亚、缅甸、菲律宾）以及大洋洲（巴布亚新几内亚）。该研究旨在解决全球监测中的关键空白，提供可能增强对区域病毒多样性和进化理解的重要数据，并为高致病性禽流感（high pathogenicity avian influenza，HPAI）入侵风险评估提供信息。然而，该研究所提供的数据和得出的结论令全球流感界高度关注。该研究所依据的病毒序列数据与对全球禽流感进化的长期认识相矛盾，导致结论与全球证据基础不一致。在GenBank或GISAID等公共数据库中发布错误的病毒序列，妨碍了在全球背景下对数据的合理解读，从而产生误导性结论，影响疾病风险评估和政策决策。
禽流感病毒对家禽业和公共卫生构成持续威胁，全球监测是识别病毒多样性与传播动态的关键。然而，非洲、中东和东南亚等许多地区长期以来采样不足，成为全球禽流感监测的盲区。Wannigama等人（2025）从未被充分采样的国家收集鸟粪样本，旨在填补这些区域空白，为理解病毒多样性和进化提供数据，并为高致病性禽流感（high pathogenicity avian influenza，HPAI）入侵风险评估提供依据。然而，该研究产生的病毒序列数据与全球公认的禽流感进化规律严重不符，引发广泛质疑。为系统评估这些数据的可靠性，研究人员利用公开数据库和生物信息学工具对Wannigama等人提交的序列进行了全面分析。
研究人员利用GISAID EpiFlu数据库中的序列数据，采用多种方法对Wannigama等人（2025）的序列进行验证。具体包括：使用TempEst 5软件进行分子钟根到尖回归（root-to-tip regression）和残差分析，以检测序列是否遵循预期进化时间结构；构建最大似然系统发育树，比较不同序列间的进化关系；使用BLAST搜索进行同源性比对，寻找与公共数据库中完全匹配的序列；使用NextClade工具对H3病毒进行分支分配，以检验分型是否准确；同时审查了样本采集所需的相关伦理和法律许可。所有用于对比的序列均来自GISAID EpiFlu数据库（截至2025年7月5日），其中包括4792条1996年至2025年亚洲H5N1病毒的神经氨酸酶（neuraminidase，NA）序列、澳大利亚谱系H7病毒的血凝素（hemagglutinin，HA）序列，以及Wannigama等人（2025）上传的序列。研究没有新采集样本，全部基于公共数据库中的已有序列。
分析结果揭示了多项根本性问题，具体如下：
**1. 分子钟分析揭示异常序列**
研究人员对4792条亚洲H5N1病毒NA序列进行TempEst分析，发现Wannigama等人（2025）提交的序列（如A/feces/Papua_New_Guinea/ID_040/2021、A/feces/Indonesia/ID_074/2022、A/feces/Sri_Lanka/ID_170/2021）在根到尖回归和残差分析中均为明显异常值。这些序列表现出几乎零进化速率，与流感病毒快速的“时钟式”进化模式（约1.8至8.4 × 10
-3个核苷酸替代/位点/年）完全不符，提示不可能的进化停滞。
**2. 系统发育树出现跨时空完全一致序列**
系统发育分析显示，Wannigama等人（2025）从五个国家（巴布亚新几内亚、印度尼西亚、斯里兰卡、马尔代夫和莫桑比克）在2021年或2022年生成的HPAI H7 HA序列，均与2020年澳大利亚已根除的HPAI H7病毒（A/chicken/Victoria/20-02865-0008/2020(H7N7)）的HA序列具有100%核苷酸一致性。鉴于该病毒在2020年已确认被完全清除，且未感染野生鸟类，两年后在不同大洲出现完全相同序列是极不合理的。同样，来自也门、马尔代夫、索马里和巴布亚新几内亚的序列与北美流行的HPAI H5N1 2.3.4.4b分支序列100%相同，且彼此之间也100%相同，这在高速进化的禽流感病毒中几乎不可能发生。
**3. 巴布亚新几内亚序列的普遍同源性**
BLAST搜索发现，所有来自巴布亚新几内亚的66条序列均与GISAID中已有序列具有100%核苷酸一致性和相同长度。其中6条NA序列与GISAID中收集日期跨越2004年至2018年的序列相同，而Wannigama等人（2025）的样本采集于2021至2023年。此外，66条序列中47条与本研究其他来自多个国家和年份的序列100%相同。极端案例中，A/feces/Papua_New_Guinea/ID_043_2023(H5N1)与本研究其他7条序列（来自也门、索马里、马尔代夫）以及两条北美序列100%相同。9条巴布亚新几内亚序列与非洲或北美迁飞路径中的序列完全相同，而巴布亚新几内亚并不在这些迁飞路径之内。
**4. H3病毒错误分型**
对H3 HA序列进行BLAST分析显示，其最接近的同源序列为禽流感病毒，但由于禽H3序列没有相关的进化分支定义，NextClade分型工具本应将这些序列标记为“未分配”。然而，Wannigama等人（2025）提交的H3序列却被分配到人季节性流感特有的分支，包括3C（2015年前流行）、3C.3a（2014–2016年流行）和3C.3a1（2018–2020年流行），这些分支与禽流感病毒毫无关联，说明分型结果严重错误。
**5. 缺乏伦理与法律许可**
该研究未列出动物伦理许可、样本采集或运输、进出口许可证。由于所有样本来源国均属于《濒危野生动植物种国际贸易公约》（Convention on International Trade in Endangered Species，CITES）的管辖范围，且其中六个国家签署了《名古屋议定书》，样本采集需要获得提供国的事先知情同意（Prior Informed Consent，PIC）。文中也未提供任何样本采集豁免国家授权的证明，这涉及科研合规性问题。
讨论指出，这些错误序列已被整合到Nextstrain禽流感公共平台中（截至2025年7月23日），正在干扰全球基因评估。它们可能影响人畜共患候选疫苗病毒株（H5、H7、H9）的选择，甚至可能因出现与2020年澳大利亚疫情相似的病毒序列，导致国际社会质疑澳大利亚禽流感根除状态。综上所述，研究人员确认Wannigama等人（2025）的遗传数据和结论存在根本性缺陷，亟需紧急重新评估。为维护全球流感监测的完整性，建议验证并可能撤回这些序列。
研究结论：我们已识别出Wannigama等人（2025）所提交遗传数据及其结论中的根本性问题，这些问题需要紧急重新评估。为维护全球流感监测的完整性，我们进一步建议对研究中生成的序列进行验证，并可能予以撤回。
