《IEEE Transactions on Big Data》：Unraveling the Oncogenic and Immunosuppressive Roles of the FACT Complex in Pan-Cancer Through Multi-Omics and Single-Cell Analysis
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时间：2026年11月03日来源：IEEE Transactions on Big Data 8.1
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摘要：FAcilitates Chromatin Transcription（FACT，促进染色质转录）复合体是一种染色质重塑因子，在肿瘤进展中具有新兴功能。研究人员采用多组学策略，整合单细胞RNA测序（scRNA-seq，single-cell RNA se
摘要：FAcilitates Chromatin Transcription（FACT，促进染色质转录）复合体是一种染色质重塑因子，在肿瘤进展中具有新兴功能。研究人员采用多组学策略，整合单细胞RNA测序（scRNA-seq，single-cell RNA sequencing）、差异表达分析、预后评估与免疫浸润分析，界定其核心亚基Structure-Specific Recognition Protein 1（SSRP1）与SUPpressor of Ty 16 Homolog（SUPT16H）的致癌功能。在肝癌与乳腺癌细胞系中的实验验证证实两亚基均显著过表达，尤其在肝细胞癌中更为突出。单细胞分析显示FACT富集于恶性细胞类型，并沿拟时序（pseudotime）渐进性上调。FACT高表达与免疫抑制性肿瘤微环境相关，特征为细胞毒性免疫细胞浸润减少。药物敏感性筛选鉴定FK866为潜在抑制剂，功能实验证实其药效依赖于FACT表达，因为siRNA敲低SSRP1与SUPT16H可诱导耐药。上述结果确立FACT为关键致癌驱动因子与有前景的治疗靶点，为克服免疫逃逸与推进精准肿瘤学提供新见解。
研究背景与立项依据
癌症的发生发展不仅受遗传突变驱动，也深度依赖DNA甲基化、组蛋白修饰与非编码RNA调控等表观遗传改变。这类异常可沉默抑癌基因或激活原癌程序，并帮助肿瘤细胞逃避治疗压力与免疫监视。FAcilitates Chromatin Transcription复合体（FACT，促进染色质转录复合体）由Structure-Specific Recognition Protein 1（SSRP1）与SUPpressor of Ty 16 Homolog（SUPT16H）组成，作为组蛋白伴侣（histone chaperone，协助组蛋白装配/卸载的蛋白质）参与核小体重构、RNA聚合酶II延伸、R-loop消解、DNA损伤修复与基因组稳定性维持。在肿瘤中，FACT的异常高表达可被重编程以支持转录可塑性、细胞增殖与免疫逃逸，但其泛癌层面的表达规律、预后价值、微环境重塑机制及可成药性仍不明确。
研究关键技术包括：基于TCGA/GSCA的泛癌差异表达与生存分析；基因集变异分析（GSVA，Gene Set Variation Analysis）构建FACT评分；突变、拷贝数变异（CNV，Copy Number Variation）与甲基化关联分析；基因集富集分析（GSEA，Gene Set Enrichment Analysis）；ESTIMATE与ImmuCellAI量化免疫/基质浸润；Seurat处理LIHC（GSE149614）与LUAD（GSE131907）单细胞数据，辅以UCell、irGSEA、AUCell打分；Monocle拟时序追踪肝细胞演化；CellChat重构高/低FACT肿瘤细胞的配体-受体通讯；Scanpy与stlearn对治疗后LIHC空间转录组（GSE238264）做聚类和伪时空轨迹（PSTS，Pseudo-Time-Space）；外部GEO队列GSE87630、GSE101685验证；qRT-PCR、CCK-8、克隆形成及siRNA敲低进行功能验证；GDSC数据库药敏相关性分析。
