《CNS Neuroscience & Therapeutics》:Multiple Machine Learning Algorithms for Predicting Postoperative Residual Tumor in Pituitary Neuroendocrine Tumors
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目的:开发并验证一种可解释的机器学习(ML)模型,用于预测垂体神经内分泌肿瘤(PitNETs)中经影像学确认的术后残留肿瘤(RT)。方法:研究人员回顾性分析单中心接受手术治疗的584例PitNETs患者,采用随机7:3训练-测试集划分和内部交叉验证。主要终点为
目的:开发并验证一种可解释的机器学习(ML)模型,用于预测垂体神经内分泌肿瘤(PitNETs)中经影像学确认的术后残留肿瘤(RT)。方法:研究人员回顾性分析单中心接受手术治疗的584例PitNETs患者,采用随机7:3训练-测试集划分和内部交叉验证。主要终点为经影像学确认的术后RT,通过术后48 h内获得的磁共振成像(MRI)和纵向随访MRI评估。采用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归筛选候选变量,并开发九种ML算法。评估判别能力、校准度、临床效用、观察者间一致性和基于SHAP的可解释性。结果:术后RT发生于72例患者(12.3%)。敏感性分析显示48 h MRI与随访确认之间高度一致(96.4%;Cohen's kappa = 0.837)。观察者间一致性在鞍后侵犯(kappa = 0.825)、颈内动脉(ICA)侵犯(kappa = 0.960)和Knosp分级(二次加权kappa = 0.994)方面较高。保留8个预测因子:最大矢状径、最大冠状径、年龄、Knosp分级、ICA侵犯、蝶窦气化、肿瘤质地和鞍后侵犯。在内部测试集中,随机森林(RF)模型具有较高判别能力(AUC = 0.945;准确率 = 0.938),DeLong检验中性能与LightGBM和XGBoost相当。LightGBM的Brier评分最低。结论:经内部评估后,随机森林被选用于网络工具,其判别能力与LightGBM、XGBoost和支持向量机(SVM)相当。由于评估仅使用单中心随机划分和内部交叉验证,其向其他中心和未来患者队列的泛化性仍未得到验证。在临床实施前,需要进行带校准评估的外部验证和时间验证。
研究背景与目的:垂体神经内分泌肿瘤(PitNETs,起源于垂体腺细胞的一组肿瘤)是鞍区最常见肿瘤,约占中枢神经系统肿瘤的15%。其按激素分泌分为功能性和非功能性,临床表现包括月经紊乱、性功能障碍、肢端肥大、Cushing's综合征、中枢性甲亢,以及视力下降和头痛等占位效应。手术仍是多数PitNETs的一线治疗,但鞍区解剖复杂和侵袭行为使完全切除困难;术后残留肿瘤(RT,残留肿瘤)与持续内分泌功能障碍、进展和复发相关,需辅助治疗或长期监测。传统逻辑回归依赖线性假设,难以处理复杂非线性关系;机器学习(ML)可识别潜在模式,但“黑箱”问题限制临床信任。因此,研究人员拟开发并内部验证可解释ML模型,以预测PitNETs术后影像学确认的RT,服务于手术规划和个体化术后管理。
研究人员在单中心回顾性纳入584例PitNETs手术患者,比较九种ML算法,最终RF在内部测试集中取得最高AUC和准确率,且与LightGBM、XGBoost、SVM的AUC差异无统计学显著性;RF被部署为网络工具,并用SHAP提供全局和个体解释。其意义在于整合常规临床和影像变量,提供可解释、可在线使用的风险分层工具,但研究未证明其优于所有先进算法,外部适用性仍待验证。
关键技术方法(≤250字):单中心回顾性队列来自湘雅医院2017年1月至2023年12月,最终纳入584例PitNETs手术患者。主要终点为影像学确认的术后RT,以术后48 h内MRI和纵向随访MRI判定。采用LASSO回归筛选变量;构建九种ML模型,随机7:3划分训练-测试集,训练集行SMOTE过采样,5×5折交叉验证和网格搜索调参;以AUC、敏感度、特异度、准确率、F1评分、校准曲线、DeLong检验、决策曲线分析(DCA)和SHAP解释评估模型。
结果:
3.1 基线临床信息:该组584例中,全切(TTR)组512例、RT组72例。RT组最大肿瘤直径(40.2 vs. 25.9 mm)、最大冠状径(34.7 vs. 22.6 mm)、最大矢状径(31.6 vs. 19.4 mm)和垂直径(35.6 vs. 23.9 mm)均更大;鞍后侵犯更常见(31.9% vs. 6.05%);海绵窦受累、ICA侵犯、Knosp分级和肿瘤质地等亦有差异;术前及术后第1天激素水平与切除范围无明显关系。
3.2 RT分类的敏感性分析:通过比较48 h MRI与最终纵向MRI,563例分类一致,一致率96.4%,Cohen's kappa = 0.837;21例(3.6%)随访后重新分类,其中12例初期疑似RT后判为非RT,9例初期非RT后判为RT。研究表明早期强化可反映血肿、炎症或反应性组织改变,最终RT定义较稳健。
3.3 关键影像学预测因子的观察者间一致性:鞍后侵犯一致率96.9%(kappa = 0.825,95% CI 0.740–0.900,p < 0.001);ICA侵犯一致率97.8%(kappa = 0.960,95% CI 0.936–0.980,p < 0.001);Knosp分级二次加权kappa = 0.994(95% CI 0.990–0.997,p < 0.001),显示高度可重复。
3.4 预测变量选择:LASSO回归在全队列中识别8个独立预测因子:最大矢状径、最大冠状径、年龄、Knosp分级、ICA侵犯、蝶窦气化、肿瘤质地和鞍后侵犯。
3.5 模型建立与性能:九种模型经五折交叉验证构建。训练集中RF的AUC = 0.926(95% CI 0.866–0.970),SVM为0.929(95% CI 0.877–0.967);测试集中RF的AUC最高(0.945,95% CI 0.860–0.999),XGBoost和LightGBM均为0.932。DeLong检验显示RF显著高于KNN、LDA、Stacking和ANN,但与LightGBM(p = 0.108)、SVM(p = 0.726)和XGBoost(p = 0.063)无显著差异。LightGBM的Brier评分最低(0.047),其次为SVM(0.058)和RF(0.064);RF验证准确率0.938、特异度0.986、F1评分0.784,DCA显示良好净获益。逻辑回归对照AUC为0.715(95% CI 0.598–0.812)、Brier评分0.105;RF对RT的召回率92.3%、精确率70.6%。亚组中,RF在功能性PitNETs的AUC为0.850、非功能性为0.927,巨大腺瘤为0.725、非巨大腺瘤为0.717。
3.6 模型解释:以原始非SMOTE训练样本为背景计算SHAP,模型期望输出为0.271。全局贡献最高为最大矢状径,其后为最大冠状径、年龄、Knosp分级、ICA侵犯、蝶窦气化、肿瘤质地和鞍后侵犯。较大矢状径和冠状径通常增加预测RT概率;较高Knosp分级和ICA侵犯趋向高风险;蝶窦气化、肿瘤质地和鞍后侵犯效应较小。局部高风险例预测概率由0.271升至0.941,主要正向因素为大冠状径、大矢状径、ICA侵犯、较高Knosp分级和蝶窦气化;低风险例由0.271降至0.021,主要因素为较小径线、较老年龄、低Knosp分级和无ICA侵犯。依赖图显示最大矢状径超过约20–30 mm时SHAP值明显升高,年龄呈非线性效应。
3.7 在线工具开发:最终RF模型部署为交互式网络预测工具,输入年龄、最大冠状径、最大矢状径、鞍后侵犯、ICA侵犯、Knosp分级、蝶窦气化和肿瘤质地8个变量,即可获得个体RT概率并生成SHAP力力图。示例输入预测RT概率为94.47%,主要向上驱动因素为较年轻年龄、较大最大矢状径和蝶窦气化。
讨论部分总结:研究人员开发并内部评估了单中心PitNETs术后影像学确认RT的ML模型。RF内部判别能力较强,AUC与LightGBM、XGBoost和SVM相当,但不应解释为统计上优于所有先进算法。RF的AUC和F1较高,但Brier评分高于LightGBM,提示概率校准较差,其输出更适合个体化风险分层而非校准概率。与逻辑回归相比,RF在内部测试集中AUC数值更高、总体预测误差更低;RT召回率较高,但约三成阳性预测为假阳性,术后影像仍为确认RT所必需。模型变量均来自常规电子病历和影像,纳入症状、病理和激素等共50个候选变量,并经特征选择保留8个变量,临床可及性较好。SHAP基线0.271高于观察RT率12.3%,原因在于期望值反映模型在背景数据上的平均预测而非经验事件率,绝对概率应结合校准曲线和Brier评分解读。讨论中,Raverot et al.报告42%患者随访中复发或进展;Patel et al.构建含最大肿瘤直径和形态的模型,Fiore et al.开发改良TRANSSPHER分级用于非功能性垂体腺瘤并获AUC 0.85;既往研究多依赖术前影像、训练测试分离不充分、样本量不足且现实适用性有限。Park et al.、Hannan et al.和Juraschka et al.等研究支持前后径、鞍旁侵犯、Knosp分级、鞍后延伸和蝶窦气化与可切除性及残留风险相关。局限性包括:48 h MRI可因血肿、炎症、填塞和反应组织高估RT,虽经纵向MRI确认但仍需前瞻标准化;单中心随机划分和交叉验证无时间或外部验证,内部性能可能高估,九算法比较后选模型可能带来选择乐观性;亚组RT病例仅7–19例,估计不精确;2022年WHO分类更新后部分分子标志物数据不完整未纳入;与既有分级评分直接比较受目标人群、终点定义、变量及公开代码/个体数据缺乏限制。因此,本模型应视为可解释、网络可访问的补充工具,需独立时间和多中心验证、校准评估及与Knosp、TRANSSPHER等评分比较后再临床使用。
研究结论部分翻译:研究人员使用常规可获得的临床和影像学变量,开发了一个可解释ML模型,用于预测PitNET患者经影像学确认的术后RT。RF模型显示出较强的内部验证性能,并被选为最终网络模型;其AUC与LightGBM、XGBoost和SVM相当,而非统计上优于所有先进算法。该在线工具有助于风险讨论,但其在其他中心和未来患者队列中的性能仍未得到验证。临床使用前,需要进行独立的时间验证和多中心验证,包括校准评估及与既有评分的比较。