人类神经干细胞 SuRE 分析揭示神经精神表型相关的遗传调控变异

《Nature Communications》：Large-scale identification of the regulatory potential of SNPs in human neural stem cells

　　

摘要

全基因组关联研究（GWAS）已经发现了数千个与不同人类表型相关的单核苷酸多态性（SNPs）。大多数SNPs位于基因组的非编码区域，其中一小部分因果SNPs被认为通过调节转录来增加疾病风险。然而，由于连锁不平衡现象（即多个SNPs常常一起遗传），识别这些因果变异仍然具有挑战性。在这里，我们在人类神经干细胞中进行了名为SuRE的大规模并行报告基因检测，以评估710万个SNPs的转录调控潜力。在表达水平足够高的484,057个SNPs中，我们识别出7,002个具有调控潜力的SNPs（emVars）。这些emVars富集在增强子区域，并且经常与转录因子（如ZBTB33、YY1和ETS因子）的结合位点重合。我们将SuRE数据与eQTL数据结合，以确定可能的基因调控变异。此外，将SuRE数据与七种神经精神表型的GWAS结果结合起来后，发现了187个位于风险位点的emVars，这些位点共包含183,186个通过SuRE检测的SNPs。总之，我们的SuRE数据集为优先考虑可能与复杂人类表型相关的遗传变异提供了丰富的资源。