表2中的错误
在原始出版物[
1]中,表2的发布内容存在错误。关于表2数据准确性的问题已经引起了编辑部的注意,作者随后对数据进行了重新分析。由于2022年分析的原始输出文件不再可用,因此使用AVP-IC50Pred服务器重新计算了csAVP1–csAVP10的IC
50值,使用的肽序列来自表1,并且设置与原始分析相同(针对病毒类型的预测模式RSV/INFV/HSV;混合模型I和II;默认参数);重复计算得到相同的值。重新分析显示,表2中的一些数值无法复现。原始报告中针对所有十个肽的病毒特异性随机森林(RF)值均为0.01 μM,而重新分析得到的值范围为14.62–366.97 μM;混合模型II的IBk值也与服务器输出不符,服务器显示所有十个肽的值为0.01 μM。其他一些SVM、RF和IBk的值也与重新分析的结果不同,尤其是csAVP1,而K Star的值保持不变。因此,表2已完全替换为重新分析得到的数值,最后一列的平均IC
50值也相应地进行了重新计算。修正后的
表2如下所示。
表2。 基于AVP-IC50Pred网络服务器的SVM、RF、IBk和K Star模型的预测AVP半最大抑制浓度(IC50)。
文字更正
原始出版物中存在错误。由于表2中的预测IC50值已经得到修正,因此基于这些值的陈述也已相应更正。具体更正内容见2. 结果与讨论部分,2.2 调测性抗病毒得分、IC50以及选定csAVPs的理化性质,第3段:
从病毒特异性SVM模型的预测来看,所有csAVPs的预测IC50值相当接近(45–48 μM),而病毒特异性RF模型的预测IC50值范围更广(14.62–366.97 μM)。病毒特异性SVM模型中csAVP1和csAVP5的预测IC50值高于46 μM,表明它们的抗病毒效果较低。然而,根据三种预测模型的平均IC50值,csAVP5和csAVP4的抗病毒效果最高,分别为24.50 μM和29.90 μM。
另外,如果仅考虑混合模型II的IBk和K Star模型,所有csAVPs都可以被归类为高效(<1 μM),根据混合模型I的K Star模型,csAVP1和csAVP6也是如此。根据病毒特异性SVM模型的预测,我们选定的csAVPs的抗病毒效果与选定的菠萝蛋白酶衍生肽在抑制人血管紧张素转化酶2(ACE-2)方面的效果相当(40.67 μM),而我们csAVPs的病毒特异性RF值(14.62–366.97 μM)高于菠萝蛋白酶衍生肽的6.85 μM [30]。
另外,4. 结论部分,第1段也进行了更正:
根据预测效果(在所有选定的csAVPs中平均预测IC50值第二低)、高亲和力和结合能以及对宿主细胞的低潜在副作用,csAVP4被选为抑制冠状病毒3CLpro的最佳候选物。
补充材料
作者表示科学结论未受影响。此次更正已得到学术编辑的批准。原始出版物也已完成更新。
参考文献
- Prasertsuk, K.; Prongfa, K.; Suttiwanich, P.; Harnkit, N.; Sangkhawasi, M.; Promta, P.; Chumnanpuen, P. 从假定的大麻种子胰蛋白酶化肽组中 computer-aided 筛选潜在的冠状病毒3CLpro蛋白酶(3CLpro)抑制肽。Molecules 2023, 28, 50. [ Google Scholar ] [ CrossRef ] [ Scilit ] [ PubMed ]
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