《Viruses》：A Molecular Epidemiological Study of HIV-1 Transmission in the Republic of Armenia
编辑推荐：
东欧和中亚（EECA）的HIV-1疫情仍然是一个重大的公共卫生负担，但包括亚美尼亚共和国在内的一些国家的分子流行病学数据十分有限。为弥补这一空白，研究人员分析了2017年至2024年间在亚美尼亚共和国采集的样本中获得的1549条HIV-1 pol序列，占该国全
东欧和中亚（EECA）的HIV-1疫情仍然是一个重大的公共卫生负担，但包括亚美尼亚共和国在内的一些国家的分子流行病学数据十分有限。为弥补这一空白，研究人员分析了2017年至2024年间在亚美尼亚共和国采集的样本中获得的1549条HIV-1 pol序列，占该国全部HIV感染者的29.9%。使用0.015个核苷酸替代/位点的遗传距离阈值构建分子网络，并进行多因素logistic回归以确定与成簇相关的因素。共鉴定出132个分子簇（449条序列，成簇率29.0%）。成簇的独立预测因素包括男男性行为接触（aOR = 2.43）、有感染HIV的劳务移民性伴侣（aOR = 1.56）以及居住于埃里温（aOR = 1.40）。相反，在俄罗斯联邦暴露于病毒（aOR = 0.47）和诊断年龄在45至55岁之间（aOR = 0.49）与较低的成簇几率相关。大簇（≥10人）主要由居住在埃里温的年轻MSM组成（所有p < 0.001）。这些发现提示，埃里温的年轻MSM在当地HIV传播中发挥作用。同时，这些数据使研究人员推测，在俄罗斯联邦务工的劳务移民可能通过其性伴侣在跨境与本地HIV-1分子网络之间充当“桥梁”。本研究基于相对较高的采样密度，提供了亚美尼亚共和国HIV流行的详细分子特征，并确定了需要优先预防干预的重点人群。
HIV-1（人类免疫缺陷病毒1型）在东欧和中亚（EECA）持续构成重大公共卫生负担。亚美尼亚共和国2024年新诊断HIV病例率为19.6/10万，是EU/EEA的3倍以上；1988–2024年累计报告6158例。当前传播以异性性接触（HET）为主（82.8%），男男性行为者（MSM）占10.7%，注射吸毒者（PWID）仅占5.8%。该国约57%的HIV感染者为劳务移民，13%为其性伴侣，且多数赴俄罗斯联邦务工。此前亚美尼亚的分子流行病学研究主要集中在HIV-1耐药监测，缺乏全国尺度的传播网络数据。为填补这一空白，研究人员利用2017–2024年覆盖全国十省及首都埃里温的HIV-1 pol序列开展分子网络与系统发育分析，以阐明传播结构和高危人群。
研究人员从亚美尼亚传染病国家中心获取2017–2024年1549例HIV感染者（PLWH）的HIV-1 pol基因序列（占全国PLWH的29.9%，覆盖全部十省及埃里温）；其中723条来自Sanger测序，826条来自大规模平行测序（NGS）。主要技术包括：COMET与REGA进行亚型分型；MicrobeTrace基于TN93模型和0.015替代/位点遗传距离阈值构建分子网络；多因素logistic回归分析成簇相关因素；BEAST v1.10.4以贝叶斯MCMC估计大簇的最近共同祖先时间（tMRCA）。
3.1 研究人群特征：共纳入1549条pol序列，占全国PLWH的29.9%。参与者中男性占72.3%，报告HET占77.7%、MSM占14.0%、注射吸毒（IDU）占7.8%；诊断时中位年龄38岁，97.2%为抗逆转录病毒治疗（ARV）初治。
3.2 HIV-1亚型分布：通过COMET/REGA和系统发育分析，共鉴定出13种基因型；A6亚亚型为主要流行株，占85.3%（1321/1549），其次为B型5.0%、CRF63_02A6 4.2%、CRF02_AG 2.0%、CRF03_A6B 1.2%。Sankey图显示，各基因型中HET均为最常见报告途径，但无严格的基因型-风险因素对应关系。
3.3 HIV-1分子网络特征：利用MicrobeTrace在1.5%遗传距离阈值下共鉴定出132个分子簇，包含449条序列，成簇率29.0%。多因素logistic回归显示，MSM（aOR=2.43）、CD4
+T细胞计数>200个/μL（aOR=1.85）、居住在埃里温（aOR=1.40）、有感染HIV的劳务移民性伴侣（aOR=1.56）是成簇的独立正相关因素；而在俄罗斯联邦暴露于病毒（aOR=0.47）和诊断年龄45–55岁（aOR=0.49）与成簇负相关。附加分析发现，45–55岁组中劳务移民和俄罗斯暴露比例更高，且MSM与劳务移民人群基本不重叠。
3.4 大分子簇研究：≥10人的大簇共4个（A6-1、A6-2、B-1、A6-3），包含115人，占网络序列的25.6%和所有连接的67.4%。贝叶斯时间标定系统发育分析估计其tMRCA在2011–2013年。与较小簇相比，大簇中MSM比例显著更高（53.9% vs 17.4%，p<0.001），参与者更年轻、更多居住在埃里温（p<0.001）。三个大簇为混合风险簇，其中A6-1还包含女性，提示存在MSM经双性性行为男性向一般人群传播的“桥梁”结构。
讨论部分指出，A6亚亚型优势与前苏联地区长期流行一致。大簇的近期起源与2010–2014年亚美尼亚诊断数快速增长期重叠。混合簇的存在可能反映MSM因污名和歧视未披露性行为，导致其真实贡献被低估。劳务移民可能通过其性伴侣将俄罗斯联邦相关毒株引入本地网络，形成跨境传播桥梁；PWID在成簇病例中几乎缺失，表明肠道外传播已非维持全国流行的主要途径。研究局限性包括未纳入未诊断者、序列覆盖不完整、风险因素依赖自我报告以及仅使用pol基因片段而非全基因组。结论：本研究基于相对较高的采样密度，提供了亚美尼亚共和国HIV流行的详细分子特征，并确定了需要优先预防干预的重点人群。
