中非野生灵长类动物肠炎沙门氏菌检测与全基因组测序揭示的罕见血清型多样性

《BMC Microbiology》：Genomic characterization of rare Salmonella enterica serovars in free-ranging African primates from the Democratic Republic of the Congo

　　

摘要

肠炎沙门氏菌（Salmonella enterica）感染仍是全球性的公共卫生问题。在中非的热带生态系统中，野生动物、人类和环境之间的相互作用频繁发生，而非人类灵长类动物（NHPs）在沙门氏菌生态学中的作用仍缺乏充分记录。2023年12月至2025年7月期间，研究人员在刚果民主共和国的Mabali森林保护区对630份野生灵长类动物的粪便样本以及来自邻近地区的221份人类粪便样本进行了研究。研究采用了综合方法，包括qPCR筛查、细菌分离、表型鉴定、Vi荚膜抗原检测、抗菌药物敏感性测试和全基因组测序来检测和鉴定肠炎沙门氏菌。在排查的569份灵长类动物样本中，有17份（3%）检测出沙门氏菌阳性，共分离出7株属于三种罕见血清型的菌株：Abadina（最常见）、Ipeko和Hvittingfoss。抗菌药物敏感性测试未发现任何符合解释标准的耐药性。尽管narG qPCR检测对部分菌株呈阳性结果，但全基因组测序表明所有分离出的菌株都属于非伤寒血清型，这突显了在研究野生动物相关的沙门氏菌时使用基因组学方法验证分子筛查结果的重要性。在人类样本中未检测到肠炎沙门氏菌的DNA。这些发现扩展了关于非洲野生灵长类动物体内罕见肠炎沙门氏菌血清型多样性的现有认知，并为未来中非生态系统中的沙门氏菌生态学研究提供了基础数据。同时，这也证实了将基于培养的方法与全基因组测序相结合的“同一健康”（One Health）监测方法在研究野生动物相关沙门氏菌方面的价值。