云南省商品杂交猪与藏猪芽囊原虫（Blastocystis sp.）流行率及ST1/ST3/ST5分子亚型分布：2023—2024年横断面研究

《Microorganisms》：Prevalence and Molecular Subtype Distribution of Blastocystis sp. in Commercial Crossbred Pigs and Tibetan Pigs in Yunnan Province, China: A Cross-Sectional Study

　　

芽囊原虫（Blastocystis sp.）是一种常见肠道原虫，可定植于人类及多种动物，猪被认为是数个具有潜在人兽共患意义亚型的重要动物宿主。尽管云南既往已开展猪芽囊原虫调查，但其地理与季节变异及区域亚型组成的当代信息仍有限。本横断面研究于2023年4月至2024年12月在云南省六个地区采集商品杂交猪与藏猪粪便样本946份，采用聚合酶链反应（PCR）和测序揭示其流行率与遗传亚型。芽囊原虫总流行率为39.43%（373/946，95% CI：36.31–42.55%）。Pearson卡方检验显示，地理区域（χ² = 107.18，p < 0.001）、季节（χ² = 51.85，p < 0.001）和年龄组（χ² = 14.81，p < 0.001）间差异显著。就地区而言，普洱、红河、昭通、迪庆、楚雄和保山的流行率分别为68.75%（66/96；95% CI：59.31–78.19%）、63.43%（85/134；95% CI：55.17–71.69%）、35.98%（127/353；95% CI：30.95–41.01%）、35.17%（51/145；95% CI：27.31–43.04%）、23.53%（40/170；95% CI：17.09–29.97%）和8.33%（4/48；95% CI：0.22–16.44%）。就年龄而言，>6月龄猪的流行率显著高于≤6月龄猪，分别为42.65%（316/741；95% CI：39.08–46.21%）和27.80%（57/205；95% CI：21.62–33.99%）。四季中，春、夏、秋、冬流行率分别为17.91%（36/201；95% CI：12.56–23.26%）、43.42%（208/479；95% CI：38.97–47.88%）、52.94%（27/51；95% CI：38.76–67.12%）和47.44%（102/215；95% CI：40.71–54.17%）。按品种，商品杂交猪流行率为40.21%（322/801；95% CI：36.80–43.60%），藏猪为35.17%（51/145；95% CI：27.21–43.04%）。共鉴定出ST1、ST3和ST5三种亚型（ST），以ST5为优势（69.17%，258/373），其次为ST3（21.45%，80/373）和ST1（9.38%，35/373）。ST1和ST5在所有调查地区均检出，而ST3的地理分布较局限。ST1、ST3和ST5亦曾见于人类，提示潜在人兽共患意义；然而，本研究结果未证实猪与人之间存在直接传播。据研究人员所知，这是中国藏猪中首次检测到ST1和ST5。芽囊原虫在云南省猪中常见，其流行率与地理位置、季节和年龄显著相关，ST5为优势循环亚型。这些发现揭示了地理与季节异质性及区域亚型变异，支持人—动物—环境界面的靶向监测和同一健康（One Health）调查。

芽囊原虫（Blastocystis sp.）是一种主要定植于人和动物胃肠道的单细胞厌氧微真核生物，具有广泛宿主范围，猪为其重要动物宿主之一。既往全球系统综述估计猪群总体流行率约50.9%，国内不同地区猪群流行率差异明显，ST5与猪的关联较强；云南2016年和2018年调查均报告猪芽囊原虫阳性率为50.0%，且均检出ST5，但数据已数年，对当前空间、季节变异及区域亚型组成的信息有限。为此，研究人员在云南省六个地区开展横断面研究，以明确商品杂交猪与藏猪中芽囊原虫的PCR阳性率、分子亚型分布及其与地理区域、采样季节和年龄的关联。研究共采集946份猪粪便样本，结果显示总流行率为39.43%（373/946），地理区域、季节和年龄组间差异显著；鉴定出ST1、ST3和ST5三种亚型，ST5为优势亚型（69.17%，258/373），ST3为21.45%（80/373），ST1为9.38%（35/373）。据原文，ST1和ST5在藏猪中首次检测到；ST1、ST3和ST5亦见于人，提示潜在人兽共患意义，但未建立猪与人直接传播。该研究提供了云南猪芽囊原虫流行病学更新信息，揭示地理与季节异质性及区域亚型变异，支持靶向监测和同一健康（One Health）框架下的人—动物—环境界面调查。
开展本研究的关键技术方法可概括为：2023年4月至2024年12月在云南昭通（n = 353）、楚雄（n = 170）、迪庆（n = 145）、红河（n = 134）、普洱（n = 96）和保山（n = 48）采集商品杂交猪与藏猪粪便样本946份，覆盖四季及约700–4000 m海拔；提取基因组DNA后，以聚合酶链反应（PCR）扩增芽囊原虫小亚基核糖体RNA（SSU rRNA）基因约600 bp片段，阳性产物行Sanger测序，经BLAST及PubMLST数据库鉴定亚型（ST），用MEGA 11.0以邻接法（neighbor-joining）构建系统发育树；采用SPSS 26.0进行卡方检验，并计算优势比（OR）及95%置信区间（CI）。
研究结果如下。3.1 Occurrence of Blastocystis sp. in Pigs in Yunnan（云南猪芽囊原虫感染情况）：通过946份粪便样本PCR检测，总阳性373份，总流行率39.43%；地区间差异显著（χ² = 107.18，p < 0.001），普洱最高（68.75%，66/96），保山最低（8.33%，4/48），其余为红河63.43%（85/134）、昭通35.98%（127/353）、迪庆35.17%（51/145）、楚雄23.53%（40/170）；季节间差异显著（χ² = 51.85，p < 0.001），秋季最高（52.94%，27/51），春季最低（17.91%，36/201），冬季47.44%（102/215）、夏季43.42%（208/479）；年龄间差异显著（χ² = 14.81，p < 0.001），>6月龄猪（42.65%，316/741）高于≤6月龄猪（27.80%，57/205）；品种间杂交猪40.21%（322/801）与藏猪35.17%（51/145）差异不显著（χ² = 1.30，p = 0.254）。3.2 Identification of Blastocystis sp. Subtype（芽囊原虫亚型鉴定）：通过测序及序列比对，373份阳性样本中鉴定出ST1、ST3和ST5，ST5占69.17%（258/373）、ST3占21.45%（80/373）、ST1占9.38%（35/373）；ST1和ST5在六个地区均检出，ST3仅见于普洱、昭通、楚雄和红河；春夏冬三季均检出三型，秋季仅检出ST1和ST5；两个年龄组均检出三型；ST1和ST5在藏猪与商品杂交猪中均检出，ST3仅见于商品杂交猪。系统发育分析显示，本研究ST1序列与GenBank参考序列ON062437和OP942289 100%一致，ST3与AB107963和AB107965 100%一致，ST5与MT373876和OP615144 100%一致；各亚型序列与相应参考序列聚于同一分支，支持亚型鉴定可靠性。
讨论部分总结：本研究报告的39.43%低于全球猪群估计约47.9%及云南2016年和2018年调查的50.0%，但仍表明芽囊原虫在云南猪中常见；国际和国内研究间差异可能反映宿主种类、样本量及构成、采样地点、饲养管理、季节和诊断策略等差异，2018年研究采用巢式PCR而本研究采用常规PCR亦可能影响结果。地理上，普洱和红河流行率超过60%，保山仅8.33%，但未呈现清晰海拔或气候梯度；年龄上>6月龄猪流行率较高，原文认为可能与较长时间接触污染圈舍、水源和农场环境及转群混群等管理因素有关；季节上秋季最高、春季最低，但秋季样本量最小，应谨慎解释。亚型方面，ST5在各地、年龄组和猪群中广泛分布并为优势亚型，与猪的强关联与既往报道一致；ST3地理聚集，原文指出普洱66份阳性中45份为ST3，可能反映局部传播模式；ST1分布较广。ST1、ST3和ST5亦见于人，提示潜在人兽共患意义，但未同步采集人及环境样本，不能确定传播来源和方向；系统发育显示与人和动物参考序列遗传相关，亦不能证明直接跨种传播。原文指出ST5在年轻猪中占优而ST1和ST3在老年猪中更常见，可能与生产周期中饮食和饲养环境变化有关。局限性包括横断面设计不能建立时间或因果关系、地区样本量和季节分布不完全平衡、藏猪仅在迪庆采样而商品杂交猪来自其他五地区导致品种与地理完全混杂、缺乏农场层面信息、单时点粪便采样和PCR–Sanger测序可能漏检间歇排虫、低丰度亚型和混合感染，且未同步调查农场工人和环境样本。未来需平衡纵向采样、多变量分析、下一代测序（NGS）及人—猪—环境同步调查。
研究结论部分翻译：本研究表明，芽囊原虫（Blastocystis sp.）在云南省猪中常见，总流行率为39.43%（373/946）。不同地理区域、季节和年龄组间流行率存在显著差异。分子鉴定识别出ST1、ST3和ST5三种亚型，其中ST5为优势亚型。这些发现提供了猪芽囊原虫流行病学的更新信息，并支持进一步研究其分布和潜在人兽共患意义。未来需要纳入平衡采样、农场层面风险因素评估以及人/环境同步采样的研究，以进一步阐明该地区芽囊原虫的流行病学和潜在人兽共患意义。