基于模拟的微管与凝聚体结合模式预测及强相互作用子序列识别

《Biophysical Journal》：Molecular Grammar of Microtubule-Wetting Condensates

　　

摘要

微管-凝聚体的相互作用调控着细胞分裂、囊泡运输和细胞运动等细胞骨架过程。由于微管的尺寸较大以及凝聚体结构松弛的速率较慢，到目前为止尚未在分子层面系统地研究哪些结合模式（即“分子规则”）能够使凝聚体与微管结合。我们提供了一种模拟方案，可以预测任何给定的无序蛋白质序列是否能够与微管结合。该模拟方法适用于化合物的测试。通过模式分析，我们确定了两类能够与微管结合的强相互作用子序列：带正电的疏水团簇以及具有交替电荷的序列。我们对这两种子序列的平衡状态进行了分析，并通过已知的实验结果验证了它们在微管上的优先结合区域。

作者：Aswin Vinod Muthachikavil | Christoph Allolio | Ayush Seal | Thomas D. Kühne