福建省九城市临床碳青霉烯类耐药铜绿假单胞菌基因组监测与耐药机制研究

《Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials》：Genomic epidemiology and resistance mechanisms of carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa in Fujian Province, China: a multicenter study

　　

摘要

背景

碳青霉烯类耐药的铜绿假单胞菌（CRPA）是全球主要的医院内病原体，而难治性耐药（DTR-PA）的出现进一步限制了治疗方案的选择。在中国，福建省始终报告较高的CRPA感染率，但大规模的多中心基因组监测数据仍然有限。

方法

2022年6月至12月期间，从九个城市共收集了215份非重复临床CRPA分离株。通过抗菌药物敏感性测试（AST）、全基因组测序（WGS）和系统发育分析，评估了耐药谱型、克隆分布和分子机制。

结果

在215份分离株中，有32.6%（n=70）被归类为DTR-PA。AST结果显示，头孢哌酮-齐德巴坦在体外具有良好的活性，所有分离株均符合推荐的药代动力学/药效学（PK/PD）临界值（≤32 mg/L）标准，表现为敏感；多粘菌素B和阿米卡星是其次最有效的抗菌药物。与碳青霉烯类耐药但非难治性的铜绿假单胞菌（非DTR-PA）分离株相比，DTR-PA菌株对头孢他啶-阿维巴坦（52.9% vs 7.6%）和头孢哌酮-他唑巴坦（62.9% vs 6.2%）的耐药率显著增加，而对头孢洛沙宗-他唑巴坦的耐药率升高相对温和（37.1% vs 15.6%）。WGS鉴定出82种不同的序列类型，其中高风险克隆主要包括ST235、ST277和ST244。系统发育分析显示出了区域聚集性和城市间的传播现象。主要的染色体耐药标记包括OprD相关标记（69.3%）、MexAB-OprM相关标记（47.4%）和AmpC相关标记（41.4%），而只有8.8%的分离株检测到碳青霉烯酶基因。在DTR-PA分离株中，几种获得性耐药基因（包括blaVIM-1、blaCARB-4、blaCARB-2和qnrVC1）较为常见。

结论

福建省的CRPA在遗传上具有多样性，耐药机制主要以非酶促方式为主。高风险克隆的传播以及DTR-PA分离株中金属β-内酰胺酶（MBLs）的富集给治疗带来了巨大挑战。头孢哌酮-齐德巴坦和多粘菌素B在体外表现出良好的活性。值得注意的是，虽然DTR-PA分离株对头孢洛沙宗-他唑巴坦的耐药率高于非DTR-PA分离株，但仍低于50%，这表明其可能仍是对某些DTR-PA感染的潜在治疗选择。

背景

碳青霉烯类耐药的铜绿假单胞菌（CRPA）是全球主要的医院内病原体，而难治性耐药（DTR-PA）的出现进一步限制了治疗方案的选择。在中国，福建省始终报告较高的CRPA感染率，但大规模的多中心基因组监测数据仍然有限。

方法

2022年6月至12月期间，从九个城市共收集了215份非重复临床CRPA分离株。通过抗菌药物敏感性测试（AST）、全基因组测序（WGS）和系统发育分析，评估了耐药谱型、克隆分布和分子机制。

结果

在215份分离株中，有32.6%（n=70）被归类为DTR-PA。AST结果显示，头孢哌酮-齐德巴坦在体外具有良好的活性，所有分离株均符合推荐的药代动力学/药效学（PK/PD）临界值（≤32 mg/L）标准，表现为敏感；多粘菌素B和阿米卡星是其次最有效的抗菌药物。与碳青霉烯类耐药但非难治性的铜绿假单胞菌（非DTR-PA）分离株相比，DTR-PA菌株对头孢他啶-阿维巴坦（52.9% vs 7.6%）和头孢哌酮-他唑巴坦（62.9% vs 6.2%）的耐药率显著增加，而对头孢洛沙宗-他唑巴坦的耐药率升高相对温和（37.1% vs 15.6%）。WGS鉴定出82种不同的序列类型，其中高风险克隆主要包括ST235、ST277和ST244。系统发育分析显示出了区域聚集性和城市间的传播现象。主要的染色体耐药标记包括OprD相关标记（69.3%）、MexAB-OprM相关标记（47.4%）和AmpC相关标记（41.4%），而只有8.8%的分离株检测到碳青霉烯酶基因。在DTR-PA分离株中，几种获得性耐药基因（包括blaVIM-1、blaCARB-4、blaCARB-2和qnrVC1）较为常见。

结论

福建省的CRPA在遗传上具有多样性，耐药机制主要以非酶促方式为主。高风险克隆的传播以及DTR-PA分离株中金属β-内酰胺酶（MBLs）的富集给治疗带来了巨大挑战。头孢哌酮-齐德巴坦和多粘菌素B在体外表现出良好的活性。值得注意的是，虽然DTR-PA分离株对头孢洛沙宗-他唑巴坦的耐药率高于非DTR-PA分离株，但仍低于50%，这表明其可能仍是对某些DTR-PA感染的潜在治疗选择。