《Poultry Science》：Epidemiology, co-infection and risk factors of major poultry respiratory pathogens in North Africa: a narrative review (2000-2025)
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家禽呼吸道疾病是北非地区粮食安全、养殖者生计和公共卫生的重大威胁。该区域包括摩洛哥、阿尔及利亚、突尼斯、埃及、利比亚和毛里塔尼亚，其商业化与庭院式家禽养殖系统均对呼吸道病原高度易感。疾病的出现与传播受主要候鸟迁徙路线、活禽市场、跨境家禽贸易以及多个国家监测与诊
家禽呼吸道疾病是北非地区粮食安全、养殖者生计和公共卫生的重大威胁。该区域包括摩洛哥、阿尔及利亚、突尼斯、埃及、利比亚和毛里塔尼亚，其商业化与庭院式家禽养殖系统均对呼吸道病原高度易感。疾病的出现与传播受主要候鸟迁徙路线、活禽市场、跨境家禽贸易以及多个国家监测与诊断能力有限等因素促进。研究人员通过PubMed、Scopus、Web of Science、Google Scholar和ScienceDirect对2000年1月至2025年12月发表的同行评议文献进行了叙述性综述。检索词包括"poultry respiratory disease""avian influenza""Newcastle disease""infectious bronchitis""avian metapneumovirus""Mycoplasma gallisepticum""co-infection""epidemiology"及六个北非国家的名称。纳入原始流行率、监测、分子和流行病学研究，排除灰色文献和会议摘要。FAO和WOAH报告补充了毛里塔尼亚和利比亚的数据。共识别561条记录，其中273篇符合纳入标准。新城疫病毒（NDV）和传染性支气管炎病毒（IBV）在整个北非呈地方性流行，阿尔及利亚报告的流行率最高（NDV：82.7%；IBV：78.2%），这些数值为单项研究的估计值而非全国代表性流行率估计。低致病性禽流感H9N2在全部六个国家呈地方性流行，高致病性H5N1已在埃及、利比亚、阿尔及利亚和毛里塔尼亚报告，H5N8在埃及和阿尔及利亚报告。禽偏肺病毒B亚型在摩洛哥、阿尔及利亚和突尼斯循环，未免疫摩洛哥肉鸡的血清阳性率达79.9%。鸡毒支原体和滑液囊支原体被广泛报告。多病原共感染常见，可增加疾病严重程度、死亡率和疫苗失败。监测仍不均衡，摩洛哥和埃及提供的证据最强，利比亚和毛里塔尼亚存在大量数据缺口。北非是家禽呼吸道病原出现和传播的高风险区域。亟需加强分子监测、基因型匹配疫苗接种、区域协调监测和基于One Health的控制策略，以减轻疾病负担并缓解与H5N1、H9N2及多重耐药禽致病性大肠杆菌相关的动物源性风险。
家禽产业是全球动物农业发展最快的部门之一，在提供可负担的肉蛋类优质动物蛋白方面发挥关键作用。在北非，家禽生产已成为粮食安全、减贫和农村生计的重要组成部分，对摩洛哥、阿尔及利亚、突尼斯、埃及、利比亚和毛里塔尼亚等国经济贡献显著。家禽部门面临的最大问题是家禽疾病，其中新城疫是非洲农村家禽生产严重问题的主要原因。呼吸道疾病仍是影响全球鸡生产的最大健康问题之一，由于高死亡率、体重增重减少、饲料转化率差、产蛋量下降、胴体淘汰及治疗和生物安全成本增加，这些疾病与重大经济损失相关。家禽呼吸道疾病具有复杂的多因素病因。主要病毒性病原包括新城疫病毒（NDV）、禽流感病毒（AIV），特别是H5N1和H9N2亚型、传染性支气管炎病毒（IBV）、传染性喉气管炎病毒（ILTV）和禽偏肺病毒（aMPV）。重要细菌性病原包括鸡毒支原体、滑液囊支原体、禽致病性大肠杆菌（APEC）、鼻气管鸟杆菌和副鸡禽杆菌。与单一感染相比，涉及两种或以上呼吸道病原的共感染常被记录，通常与更严重的临床表现和更高死亡率相关。例如，H9N2禽流感病毒可与鸡毒支原体、大肠杆菌或传染性支气管炎病毒协同作用，增强致病性并造成大量生产损失。此类相互作用使诊断、治疗和有效控制策略的实施复杂化。环境、管理及宿主相关因素均影响北非家禽呼吸道疾病的发病率。气候、季节性鸟类迁徙、高鸡密度、活禽市场、家禽流动、生物安全不足和不规则疫苗接种程序等因素影响该地区病原的循环和持续存在。此外，许多北非国家位于主要候鸟迁徙路线上，增加了禽流感病毒引入和传播的风险。多种呼吸道疾病，特别是禽流感病毒H5N1和H9N2，具有动物源性潜力，尽管具有经济重要性，仍是公共卫生问题。尽管许多研究表明北非各地家禽中普遍存在呼吸道感染，但现有知识在各国之间分布不均。此外，仅有少数评估特别汇编了该地区共感染模式和与呼吸道疾病流行率相关的主要风险因素数据。为识别研究缺口并提供支持更好监测、预防和控制规划的见解，本综述旨在总结北非家禽呼吸道疾病相关的流行病学、共感染和风险因素的当前知识。本叙述性综述采用选定的PRISMA 2020报告要素以确保透明度。在PubMed/MEDLINE、Scopus、Web of Science（核心合集）、ScienceDirect和Google Scholar中进行了结构化文献检索。纳入标准为：（1）以英文或法文发表的原创同行评议研究文章、综述或监测报告；（2）报告六个北非国家中至少一个国家的家禽中一种或多种家禽呼吸道病原数据的研究；（3）涵盖2000年1月至2025年12月期间的出版物。排除标准包括：未报告六个目标国家中任何国家数据的研究；无原始数据的会议摘要、社论或通讯；仅报告野生鸟类而未涉及家禽界面的研究；无法获取全文的研究。对于同行评议文献有限的国家（利比亚、毛里塔尼亚），额外查阅了世界动物卫生组织（WOAH/OIE）和联合国粮农组织（FAO）的官方疾病报告作为补充来源。共识别561条记录，去除80条重复后，481条记录进行标题和摘要筛选，其中192条被排除，剩余289篇全文文章进行资格评估，全文审查期间16篇因预设原因被排除，最终273篇研究纳入综述。由于研究设计、地理覆盖和诊断方法的异质性，未进行正式荟萃分析，而是按病原和国家进行结构化叙述综合。北非是非洲主要家禽生产区域之一，家禽在该地区的重要性主要在于支持粮食安全、动物蛋白供应和农村生计。在非洲范围内，北非贡献了约40%的鸡蛋产量和47%的鸡肉产量，是非洲领先的家禽生产区域。北非国家的家禽生产差异很大。埃及是该地区最大的家禽生产国，也是非洲第二大生产国，仅次于南非。摩洛哥拥有发达的商业化家禽产业，2023年生产约655,000吨禽肉和53亿枚鸡蛋。阿尔及利亚是主要家禽生产国，突尼斯家禽部门规模较小但发展完善。利比亚家禽部门文献较少，毛里塔尼亚与其他北非国家相比更依赖进口一日龄雏鸡和种蛋。北非家禽生产的特点是传统庭院式系统与集约化商业运营并存。庭院式鸡群通常在低投入条件下管理，生物安全有限，而商业农场以较高饲养密度运营并实施不同程度的疾病预防措施。庭院式家禽养殖者通常难以获得疫苗接种计划、兽医服务和生物安全培训，而商业农场的高禽密度增加了呼吸道病原引入后快速传播和大规模暴发的可能性。庭院式系统通常表现出较差的生物安全实践，包括鞋类卫生不足、鸟类来源不受控制、胴体处置不当以及与野生鸟类的频繁接触。这些条件促进了呼吸道病原的循环，研究表明野生鸟类接触与新城疫病毒（NDV）和鸡毒支原体（MG）血清阳性率增加相关，而从认证孵化场获得的禽类显示较低的NDV、MG和滑液囊支原体（MS）抗体流行率。庭院式条件也使全进全出管理和有效消毒难以实现。多品种和多年龄鸡群进一步阻碍了有效消毒和全进全出管理，使病原得以持续存在并可能传播至附近的商业农场。商业家禽农场生物安全是防止病原进入和传播的一系列措施，文献一致将其确定为集约化家禽生产中疾病控制的核心工具。大多数研究围绕隔离、交通控制和消毒组织生物安全。最常引用的组成部分是控制人员、车辆、设备、饲料和野生动物进入的外部屏障，以及一旦病原存在时限制农场内传播的内部屏障。生物安全是商业家禽农场对抗禽流感的主要保护因素，系统综述证据将其确定为集约化系统中最显著的保护因素。当家禽运营与野生鸟类和湿地交界时，商业农场风险上升，因为不受限制的野生鸟类进入和水相关景观增加了暴露机会。因此，在水禽高密度地区规划家禽生产是公认的缓解目标。新城疫（ND）由强毒禽副黏病毒1型（APMV-1）引起，归类于Avulavirus/Avian avulavirus 1，可影响200多种鸟类。潜伏期为2至15天，传播主要通过直接接触病禽或间接通过感染粪便、呼吸道分泌物、饲料、水、设备、衣物和其他污染物发生。临床表现可能因致病型、宿主物种、年龄、并发感染和免疫力而有很大差异，但通常表现为呼吸道症状（喘息、咳嗽、打喷嚏）、神经症状（震颤、瘫痪、斜颈）、腹泻、抑郁和产蛋量急剧下降。强毒株在未保护鸡群中可导致高达100%的死亡率。在整个非洲，包括埃及和利比亚等北非国家，ND在商业、庭院式和乡村家禽以及鸽子和其他野生或半野生鸟类中呈地方性流行，多种强毒基因型（特别是VI和VII）在家禽种群中维持，另有局限于该大陆的谱系。社会经济影响显著：ND经常被列为全球最重要的家禽疾病之一，造成大规模死亡和生长迟缓的直接损失以及产蛋量和生长下降、控制费用和贸易限制的间接损失，对中低收入环境的影响尤为严重。尽管接种疫苗数十年，ND控制仍是一个持续存在的问题：常用的基于基因I/II株的活疫苗和灭活疫苗通常对临床疾病提供良好保护，但不能完全防止感染、排毒或传播，特别是对遗传距离较远的田间基因型以及在覆盖不良、冷链中断、母源抗体干扰和庭院式及乡村鸡群难以获得疫苗的系统中。这些因素以及NDV的持续进化和基因型多样性，突出了在北非和更广泛非洲地区加强生物安全、改进疫苗接种策略（包括基因型匹配疫苗）和持续监测的必要性。传染性支气管炎病毒（IBV）是一种禽冠状病毒（γ冠状病毒），具有约27 kb的正链RNA基因组，引起鸡的传染性支气管炎（IB），一种急性且极具传染性的疾病。该病毒具有嗜上皮性，主要在呼吸道上皮复制，但也在肾脏和生殖组织中复制，通过呼吸道分泌物和粪便排出，通过气溶胶、直接接触和受污染的水、设备及人员实现快速传播。临床上，IB引起呼吸道症状（打喷嚏、咳嗽、气管啰音、喘息），根据毒株嗜性，还可引起肾炎伴肾脏病变和生殖障碍，表现为产蛋量急剧下降、蛋壳质量差、畸形蛋和孵化率降低。发病率通常较高，死亡率从低到超过20–30%，继发感染如大肠杆菌和支原体时进一步升高。自1950年代以来，IBV已遍布中东和北非，已鉴定出多种基因型，包括GI-1（Massachusetts）、GI-13（4/91，793B）、GI-16、GI-19（QX样），特别是埃及及周边地区的GI-23（"Variant 2"）。在摩洛哥，Mass型株与本地变异株（"G"型、Italy 02、D181）长期共存，而QX样和其他基因型在非洲更南部循环。这些病毒通过死亡率、生长减缓、淘汰、产蛋量急剧且有时永久性下降、鸡蛋降级和屠宰时淘汰增加造成重大经济损失。控制受到极大遗传和抗原多样性的阻碍，这是由刺突S1基因的高突变和重组率驱动的，导致众多基因型/谱系之间交叉保护差。在北非和埃及，田间株（GI-16、GI-23、D181、Italy 02）与常用的Mass和4/91为基础疫苗的S1同一性通常仅约75–85%，且经常检测到重组变异株。因此，尽管密集接种疫苗，IB暴发仍持续发生，疫苗-田间不匹配、新谱系出现以及与其他呼吸道病原的共感染均削弱保护，使IB成为北非和整个非洲家禽生产的持续挑战。IBV呈全球分布，至少有九个基因型（GI–GIX）和超过40个谱系。GI在全球占主导地位；其他基因型和谱系显示大陆限制性。需要进行分子监测以追踪传播和进化。禽流感病毒（AIV）是A型流感病毒（正黏病毒科），具有八个负义RNA片段，编码结构和调节蛋白，包括表面糖蛋白血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA），它们定义病毒亚型（≥18种HA，11种NA）。AIV根据对鸡的致死性和HA裂解位点的分子特征分为低致病性（LPAI）或高致病性（HPAI）；迄今为止HPAI仅限于某些H5和H7谱系。野生水禽是主要储存宿主，通常表现为亚临床LPAI感染并通过粪便和分泌物排毒，实现有效的口-粪和环境传播至家禽。在家禽中，LPAI通常引起轻度至中度呼吸道疾病、生长和产蛋量下降，偶尔出现肾脏或生殖病变，而HPAI可突破呼吸道和肠道屏障，全身播散，产生超急性高死亡率暴发伴多系统坏死。北非和更广泛的中东北非地区自1990年代末以来经历了H9N2 LPAI的长期地方性流行，同时一些国家如毛里塔尼亚出现H5N1 HPAI的反复侵入和地方性流行。G1样谱系的H9N2在毛里塔尼亚、埃及、利比亚、突尼斯、阿尔及利亚和摩洛哥的家禽中广泛存在，显示长期循环、遗传多样化为不同系统群以及频繁重配，为人畜共患H5N1、H7N9和其他人类致死性AIV提供了内部基因。来自北非H9N2株的田间和实验数据表明主要为呼吸道嗜性、可变肾嗜性以及密切 related分离株之间毒力的显著变异，一些摩洛哥和埃及株在田间或实验条件下产生高致病性指数和全身病变，特别是在共感染存在时。H9N2在家禽中广泛且通常亚临床的循环及散发人类感染，与共循环的H5N1/H5Nx HPAI和持续抗原漂移一起，对该地区构成持续的动物源性和大流行风险。经济上，AIV通过死亡率和扑杀造成直接损失，通过生产下降、贸易限制和高控制成本造成间接损失，仅HPAI H5流行病就在全球造成数亿只禽鸟损失和家禽价值链严重中断。控制依赖于严格生物安全、快速检测和扑杀，以及在若干地方性流行环境（特别是埃及和其他H5N1受影响国家）大规模使用针对H5或H9的灭活和重组疫苗。然而，疫苗接种面临重大挑战：抗原漂移和重配不断增加疫苗株与田间病毒之间的抗原距离；灭活疫苗通常预防临床疾病和死亡但不能完全阻断感染、排毒或进化；在不同生产系统中实现高覆盖率困难。尽管如此，荟萃分析证据表明，在实验条件下，HPAI疫苗对同源攻击可降低死亡率约90–97%，对异源攻击约78–90%，特别是使用活或灭活重组制剂，支持其作为综合AIV控制和根除规划的一部分的战略使用。埃及自2006年以来H5活动持续，到2017年被列为H5N1、H5N8和H9N2地方性流行。利比亚于2014年记录了首例H5N1暴发，该病毒被报告为与埃及株相同谱系，与邻国跨境传播一致。早期非洲H5N1传播由多次引入驱动，而非单一扩张事件。系统地理学工作鉴定了埃及的一个分支2.2 H5N1谱系和非洲总体至少五次H5N1引入，东欧是这些非洲分支2.2侵入的最可能来源。近期阿尔及利亚家禽暴发包括H5N8和H5N1，77例阳性病例包含13例H5N8、8例H5N1和10例未分型H5Nx检测，表明两种亚型现已在阿尔及利亚生产系统中确立。更广泛地，综述将北非置于2017年以来反复全大陆H5Nx波次之内，并指出H9N2继续在北非循环，包括埃及与H5Nx的重配株。禽偏肺病毒是一种有囊膜负义RNA病毒，属偏肺病毒属，引起火鸡、鸡和其他鸟类的上呼吸道和生殖道疾病。已确认四种主要亚型（A、B、C、D）和至少两种额外/未分类亚型，主要通过G（附着）糖蛋白基因的变异和相关抗原差异区分。肉用型和蛋用型家禽均易感。aMPV高度传染，通过气溶胶、直接接触、污染设备和人员在集约化鸡群中快速传播；垂直传播也有描述。该病毒现已在大多数大陆、几乎所有主要鸡和火鸡生产国报告。B亚型在欧洲和大部分中东北非地区占主导，火鸡和鸡株之间无明确遗传分离。针对欧洲-中东-北非的详细区域综述强调若干北非国家报告不足，并强调监测薄弱地区可能存在隐性循环。摩洛哥近期工作确认B亚型在肉鸡和火鸡中循环，并提示这些物种之间的双向传播，田间株与疫苗病毒密切相关。沙特阿拉伯庭院式鸡的血清学调查显示近期aMPV暴露，该地区野生鸟类数据再次有限。欧洲B亚型的系统动力学分析表明约1980年代中期引入，随后通过西欧和地中海欧洲快速传播，随后东西部国家之间混合，产生可能影响疫苗效力的国家特异性遗传簇。在火鸡中，aMPV引起火鸡鼻气管炎，一种急性上呼吸道疾病，发病率高，常并发细菌共感染可大幅提高死亡率。在鸡中，它产生肿头综合征，以窦炎、眶周水肿、鼻/眼分泌物为特征，当并发大肠杆菌和其他细菌时有时出现神经症状。在种鸡和蛋鸡中，感染导致产蛋量下降和蛋壳质量差；在肉禽中，引起生长迟缓、饲料转化受损和因气囊炎导致的胴体淘汰。与禽致病性大肠杆菌和鼻气管鸟杆菌的共感染频繁，显著加重病变和经济损失。总体而言，aMPV被公认为禽呼吸道综合征的主要贡献者和集约化家禽系统中"全球经济损失"的来源。由于临床体征与其他呼吸道病原（IBV、NDV、ILTV）重叠，实验室确认至关重要。常规工具包括ELISA血清学、病毒分离和针对保守基因的RT-PCR/RT-qPCR或原位杂交以检测和定位病毒RNA。控制依赖于严格生物安全加上活 attenuated和灭活疫苗，有时结合重组或DNA疫苗。然而，亚型多样性、高进化率（特别是G基因）以及疫苗衍生或疫苗样株的循环使控制复杂化，并可驱动病毒选择压力和免疫逃逸。监测研究反复显示大量aMPV循环，包括在未免疫或免疫不足的鸡群中，并强调需要更新的基因型匹配疫苗、更系统的诊断和综合呼吸道疾病控制规划。传染性喉气管炎（ILT）是一种高度传染性的病毒性呼吸道疾病，影响鸡，对家禽部门造成严重经济损失。自1925年在美国首次描述以来，该病已在世界各地报告。鸡疱疹病毒1型（ILTV）是病因，属于Iltovirus属、Alphaherpesvirinae亚科、Herpesviridae科。该病毒是一种线性双链DNA病毒，有囊膜且不分节段。ILT呈全球分布，在美洲、欧洲、亚洲、澳大利亚和许多其他地区报告；特定论文记录了埃塞俄比亚的存在，血清阳性率约19–27%并经PCR确认病例，强调非洲家禽中的发生和北非类似地区的风险。气管和喉上皮经常受ILT影响，主要影响呼吸系统。其他组织如鼻黏膜、窦、气囊和肺也可能受影响，取决于感染途径、病毒剂量和继发因素的存在。临床上，ILT表现出一系列呼吸道症状，包括鼻分泌物、结膜炎、咳嗽、喘息和产蛋量下降。严重病例中，禽鸟可能表现出咳出带血黏液、严重呼吸困难和可导致窒息的呼吸窘迫体征。该病有两种主要类型：中度地方性流行型和严重流行型。急性呼吸窘迫、出血性气管炎和可接近100%的显著死亡率（取决于病毒毒力和鸡群免疫力）是严重型的特征。另一方面，轻度地方性流行型常见于成熟家禽企业，临床症状较轻，如窦炎、结膜炎、黏液性气管炎、性能下降和较低死亡率。由于与其他呼吸道疾病如禽流感（AI）、传染性支气管炎（IB）和新城疫（ND）的相似性，仅基于临床体征和肉眼病变诊断ILT困难，因此实验室确认至关重要。特征性病变如核内包涵体和合胞体细胞形成通常在组织病理学检查中可见。对于确定性诊断，常采用分子方法如核苷酸测序和聚合酶链反应（PCR）。其他诊断方法包括病毒中和试验（VNT）、琼脂凝胶免疫扩散试验（AGIDT）和致病性评估如气管内致病性指数（ITPI）和鸡胚死亡率指数（MICE）。尽管ILT病毒株在毒力上显示显著异质性，但通常在抗原上同质。一些株毒力低，可能引起中度或亚临床感染，而另一些株毒力很强，引起严重疾病和显著死亡。流行病学研究中记录了高血清阳性率，如孟加拉国商业蛋鸡场81.47%，表明病毒在鸡群中广泛循环和暴露。通过呼吸道分泌物直接接触感染禽鸟是ILTV传播的主要方式。此外，受感染的工人、设备和环境物品可间接传播感染。关键的是，ILTV可引起潜伏感染，通过持续患病禽鸟作为感染源和脆弱鸡群的储库导致反复暴发。生物安全和免疫是ILT控制的关键组成部分。改良活 attenuated疫苗可通过鼻内或眶下窦注射，经常使用，特别是在蛋鸡群中。即使接种疫苗后，暴发仍可能发生，原因是田间株传播或疫苗株返强，特别是在生物安全差或疫苗接种率低的地区。摩洛哥的家禽养殖历史上受到ILT的严重阻碍。在2003年拉巴特、Témara和Salé等地区暴发后，受影响地区批准使用ILT疫苗。在传播至卡萨布兰卡附近农场后，全国范围内的疫苗使用限制被解除。根据最新发现，ILT仍造成经济损失，受影响鸡群死亡率范围为5%至20%且产蛋量下降。禽支原体病是由支原体细菌引起的严重传染病，影响全球家禽。由于这些微生物高度传染并可导致急性和慢性疾病，它们对鸡的健康和生产构成重大威胁。商业上最重要的物种是鸡毒支原体（MG）、滑液囊支原体（MS）、火鸡支原体（MM）和衣阿华支原体（MI）。MG被认为是最具危害性的，引起火鸡传染性窦炎和鸡慢性呼吸道疾病（CRD）。该病的特征是呼吸道啰音、咳嗽、鼻分泌物、结膜炎和气囊炎；眶下窦增大经常出现，特别是在火鸡中。尽管MS曾被认为危害较小，但已成为与生产损失、滑膜炎、呼吸道疾病和蛋壳顶端异常相关的主要病原。由于生产力下降（10–20%）、胚胎死亡率增加（5–10%）、饲料转化差和胴体淘汰，禽支原体病对家禽部门具有重大经济影响。与其他呼吸道病原的共感染可损害临床结果并使疾病管理更加困难。禽支原体可水平和垂直传播。疾病持续很大程度上取决于感染种鸡群向后代的垂直传播，而水平传播通过直接接触、气溶胶和污染设备发生。庭院式家禽种群已被确定为重要储库，有助于疾病向商业鸡群传播。临床症状受病原、宿主物种、年龄和环境因素影响。除呼吸道症状外，MS感染可导致关节炎、火鸡胸疱和蛋鸡蛋壳缺陷，均对蛋的品质和市场性产生重大影响。共感染频繁；支原体病和肿头综合征（SHS）已显示55%血清阳性率，并与传染性喉气管炎（ILT）显著相关。禽支原体病诊断采用分子、细菌学和血清学方法组合。由于简便快速，血清学试验如快速血清凝集（RSA）试验常用于筛查。然而，确定性诊断需要病原分离或分子鉴定。与常规培养技术相比，聚合酶链反应（PCR）已成为快速、灵敏和经济的诊断工具。尽管耗时，培养仍是确认感染的金标准。流行病学研究显示许多地区禽支原体病流行率高。例如，蛋鸡群中记录了MS血清阳性率28.6%和MG 52.4%。RSA检测显示阿尔及利亚感染率69.9%，MG多于MS。同样，西班牙研究显示显著流行率，蛋鸡血清阳性率高达95%，肉种鸡35%。MG和MS均已被证明在摩洛哥庭院式家禽中循环，多种疾病经常共感染这些群体，强调其作为储库的功能。年龄、季节和管理方法等多种风险因素影响支原体感染的发病率。成年禽鸟感染率高于年轻禽鸟，季节性变化显示冬季流行率较高（高达90%）而夏季较低（73%）。通风不足、生物安全差和高饲养密度均在疾病的持续和传播中起主要作用。禽支原体病控制采用免疫、抗生素治疗、根除计划和生物安全的组合。为防止垂直传播，必须消除污染种禽。疫苗接种计划可降低临床疾病和传播，特别是在种鸡和蛋鸡群中。临床暴发常用抗菌治疗管理；然而，新抗生素耐药性，特别是MS，构成日益严重的问题。尽管有对多种抗生素敏感性降低的报告，特别是MS，近期研究表明泰乐菌素仍是MG和MS的有效治疗。传染性鼻炎（IC）是一种急性、高度传染性的细菌性疾病，攻击鸡的上呼吸道，在全球造成重大经济损失。副鸡禽杆菌，以前称为副鸡嗜血杆菌，是一种革兰氏阴性、有荚膜的球杆菌，无运动性且不产生孢子。它属于Pasteurellaceae科。副鸡禽杆菌通过附着于上皮表面感染鸡的上呼吸道黏膜，在那里繁殖并引发传染性鼻炎的典型炎症病变。根据血凝素（HA）抗原性，副鸡禽杆菌株分为三个主要血清群（A、B和C）和九个血清型（A-1至A-4、B-1和C-1至C-4）。这三个血清群使用流行的Page分类方法识别，这很有用，因为疫苗诱导的保护通常是血清型特异性的。所有年龄的母鸡均易感传染性鼻炎，但老年禽鸟通常显示更严重的临床症状。快速传播、显著发病率和相对低死亡率是该病的定义特征。通过呼吸道分泌物直接接触感染或携带者禽鸟是主要传播方式。通过污染饮用水、气溶胶、设备和污染物的间接传播也是疾病传播的重要因素。感染后约三天出现峰值临床症状，病程通常短暂，持续约七天。淘汰率增加、增重减少和产蛋量显著下降（可达10%至40%）是传染性鼻炎严重经济影响的主要原因。细菌粘附于鼻黏膜是发病机制的第一步，随后在上呼吸道定植和快速生长。血凝素和细菌荚膜是支持致病性和免疫逃逸的毒力因子。尽管是非侵入性感染，副鸡禽杆菌由于引起的炎症导致显著局部组织损伤和临床疾病。抗菌药物敏感性试验显示副鸡禽杆菌通常对多种抗生素如红霉素、庆大霉素、壮观霉素和新霉素敏感；但建议谨慎使用以防止耐药性形成。流行病学研究显示传染性鼻炎在许多地区呈地方性流行，常见于庭院式和商业鸡群。亚临床携带者对感染在鸡群内和鸡群间的持续和传播至关重要。在某些地区，使用当地循环株制造的疫苗已被证明可提高保护效力。禽致病性大肠杆菌（APEC）是大肠杆菌的肠外致病型，一种革兰氏阴性、兼性厌氧细菌，属于Enterobacteriaceae科。虽然大多数大肠杆菌株是生活在禽类消化道中的良性共生菌，但一些株发展出毒力和适应因子，使其能够引起称为大肠杆菌病的全身感染。APEC影响肉鸡、蛋鸡和种鸡群，引起高发病率、死亡率、胴体淘汰和蛋肉产量下降，是全球家禽中最常见和经济上最重要的细菌感染之一。大肠杆菌病有多种临床表现，包括急性败血症、纤维素性心包炎、肝炎周炎、输卵管炎、脐炎（卵黄囊感染）、蜂窝织炎、骨髓炎和肿头综合征。尽管该病可作为原发感染发生，但更常与促进从共生定植向致病感染转变的易感因素相关，如并发病毒或支原体感染、通风不良、高饲养密度、免疫抑制和管理不善。流行病学上，APEC在家禽生产系统中普遍存在，已在多个大陆的商业和庭院式鸡群中报告。粪便样本、病禽内脏器官和农场环境中记录了高流行率，表明粪便和灰尘是主要储库和传播源。感染主要通过呼吸道途径发生，通过吸入污染气溶胶和灰尘，导致下呼吸道定植和随后菌血症。实验研究表明，仅气溶胶暴露即可诱导典型大肠杆菌病病变而无需额外易感因素。大肠杆菌病诊断采用试验确认、死后发现和临床病史的组合。使用选定培养基从气囊、肺、肝、心血和其他受影响组织进行细菌分离，随后进行生化鉴定。为鉴定循环株、追踪强毒谱系出现和评估与人肠外致病性大肠杆菌（ExPEC）的可能动物源性联系，越来越频繁地使用血清分型和全基因组测序等先进分子技术。大肠杆菌对公共卫生有重大影响。某些株如产志贺毒素大肠杆菌（STEC）可引起人类严重食源性疾病，包括出血性结肠炎和溶血性尿毒综合征（HUS），可导致肾衰竭。大肠杆菌常从零售禽肉中分离，禽产品可通过粪-口途径作为传播媒介。研究表明摩洛哥肉制品污染率高达62.33%，对常用抗生素具有显著耐药水平。有充分证据表明对多种抗生素类别耐药，如四环素类、磺胺类、β-内酰胺类（包括产ESBL株）、氟喹诺酮类和黏菌素。田间分离株常携带耐药基因如tetA、blaTEM、blaCTX-M、sul1、sul2和int1。不适当抗生素使用、卫生差、污染水源和高密度养殖系统均与AMR的建立显著相关。因此，世界卫生组织（WHO）已将大肠杆菌指定为全球关注的优先疾病，并将其视为追踪抗生素耐药的哨兵微生物。由于大肠杆菌如此普遍且疾病表现多因素，控制和预防大肠杆菌病困难。历史上，抗生素是主要控制措施；然而，其疗效因耐药性增长而降低。当前努力强调综合技术，包括改善生物安全、理想住房和通风、管理并发感染和降低环境污染。由于APEC株的巨大遗传多样性，使用灭活或活 attenuated疫苗接种可减轻临床症状但通常提供较差保护。摩洛哥家禽中呼吸道疾病以涉及传染性支气管炎病毒（IBV）、低致病性禽流感H9N2、新城疫病毒（NDV）、支原体和其他细菌的多因素病毒-细菌复合体为主，在商业和庭院式系统中造成高发病率、死亡率和生产损失。监测主要依赖血清学（HI、ELISA）和实时RT-PCR panel，辅以测序进行系统发育和分子流行病学。自至少1985年在摩洛哥首次分离以来，IBV一直呈地方性流行，在肉鸡、蛋鸡和种鸡中反复暴发。2010年至2014年间，360个疑似鸡群中51.7%为RT-PCR阳性，Massachusetts和Italy 02基因型占主导，残留793B疫苗样株。在2021–2023年肉鸡呼吸道暴发中33.3%鉴定出IBV，主要为793B基因型和最近引入的D181，后者最初在摩洛哥和非洲报告于混合蛋鸡和肉鸡群中伴有呼吸道和生殖疾病。庭院式和农村市场母鸡在无免疫情况下显示非常高的IBV暴露（82.2%血清阳性率；63.9% RT-PCR阳性），表明人-家禽界面存在强隐性循环。摩洛哥所有工作涉及鸡（肉鸡和蛋鸡）。IBV共感染常与H9N2、鸡毒支原体、滑液囊支原体和ILT同时发生，双重/三重感染频繁且呼吸道病变负担高。除非洲GI-26谱系2外，北非（特别是阿尔及利亚）是多种输入GI谱系的所在地，包括GI-1、GI-13、GI-19和GI-23。阿尔及利亚已被确定为IBV谱系GI-13和GI-19的来源。LPAI H9N2属于G1谱系，最可能起源于中东，于2016年初在摩洛哥重大多部门暴发中首次正式记录，肉鸡和种鸡死亡率显著且产蛋量下降。2018–2019年和2021–2023年205个农场中35.6%为RT-PCR阳性，所有测序株形成进化的G1样簇，HA突变积累，包括193、226和227位点变化，提示抗原漂移和可能改变的受体结合。近期肉鸡监测（2021–2023）中，H9N2在35.0%的呼吸道暴发中检测到，是超额死亡率的主要驱动因素，单独或与IBV共感染。农村市场庭院式鸡也显示高H9N2血清阳性率（63.5%）和RNA检测（62.8%），表明非商业部门可能作为重要储库和放大器。摩洛哥家鸡中NDV循环显著，未免疫农村市场禽鸟血清阳性率52.1%，混合RT-PCR阳性2.3%，提示自然暴露和可能向商业农场溢出的风险。然而，与邻国更充分表征的情况相比，摩洛哥关于NDV基因型、工业部门发病率和活禽市场作用的分子数据主要缺乏。摩洛哥家禽流行病学以混合呼吸道疾病为特征。IBV、H9N2、传染性喉气管炎病毒（ILT；疫苗株和野生株）、鸡毒支原体（MG）、滑液囊支原体（MS）和大肠杆菌是肉鸡呼吸道疾病的常见共感染；在IBV阳性农场中，MG、MS、ILTv和ILTw分别发现于26%、30%、4%和18%，双重、三重和四重感染分别达42%、18%和4%。检查的庭院式母鸡池中分别高达15.1%和8.5%有H9N2–IBV–MG和H9N2–IBV–MS联合感染。根据近期回顾性数据，鼻气管鸟杆菌诊断在2019年至2023年间显著增加，常与病毒性呼吸道感染同时发生，进一步复杂化呼吸道疾病复合体的细菌组分。摩洛哥研究中IBV、H9N2、NDV、ILTV和支原体常使用实时RT-PCR在气管/泄殖腔拭子和器官样本上检测。此外，IBV S1和H9N2 HA基因被测序用于基因分型和进化追踪。庭院式调查常用血清学方法量化暴露（NDV和H9N2的HI、IBV和IBDV的ELISA、MG/MS的快速凝集）。这些方法表明IBV和H9N2在肉鸡、蛋鸡、种鸡、火鸡和庭院式鸡群中持续高水平循环；新IBV（Italy 02、D181）出现且H9N2在G1样谱系内持续多样化；以及显著依赖常与循环田间基因型不匹配的疫苗。ILT是一种全球性上呼吸道疾病，影响母鸡，发病率高且死亡率可变。在全球分子流行病学中，疫苗样株常引起田间暴发，常与实际野生株一起，因为活 attenuated ILT疫苗（CEO、TCO）可返强和传播。许多国家报告ILTV在混合呼吸道暴发中与IBV、禽流感H9N2、鸡毒支原体/滑液囊支原体等一起出现，增加严重程度并使控制复杂化。2021–2023年对183个患有呼吸道疾病的摩洛哥肉鸡农场进行了调查。使用实时RT-PCR筛选50个IBV阳性农场的其他感染包括ILTV。ILTV在这些农场中4%发现为疫苗株（ILTv），18%为野生株（ILTw），表明摩洛哥肉鸡已同时携带疫苗相关和田间病毒。与国际ILT诊断进展一致，摩洛哥工作已使用实时RT-PCR在气管/泄殖腔拭子和组织上检测。国际上监测使用PCR/qPCR、ICP4、TK、gG、gD和gJ等基因测序、血清学以及偶尔在鸡蛋中病毒分离来区分疫苗样与野生株、追踪重组和进化变异以及评估区域传播和持续存在。2020年12月至2021年6月进行的试点调查揭示了摩洛哥肉鸡中禽偏肺病毒（aMPV）的首个血清学证据。来自不同生物气候区的48个未免疫肉鸡群总体血清阳性率为79.9%（912/1142份血清），表明摩洛哥广泛循环和马格里布地区肉鸡中aMPV的首个血清学证据。摩洛哥肉鸡农场的首次分子检测和基因分型显示A和B亚型循环。在三个未免疫肉鸡群中伴有肿头综合征或先前血清阳性， pooled拭子qRT-PCR在所有鸡群中检测到aMPV：87.5%样本aMPV-B阳性，16.7%同时aMPV-A和aMPV-B阳性，确认B亚型优势但A和B共存。血清调查表明鸡群暴露非常高（79.9%），随区域强烈变化：干旱区冬季达94.2%、春季84.8%，生物气候和季节与血清阳性相关。农场级风险分析显示高饲养密度和差卫生评分显著增加aMPV血清阳性几率，指出管理和环境是病毒循环的关键驱动因素。摩洛哥家禽中，间接ELISA已用于aMPV A和B亚型抗体的大规模血清学筛查，而针对A和B亚型的qRT-PCR/三重RT-PCR已应用于拭子池用于肉鸡直接病毒检测和亚型分型。NGS和Sanger测序越来越多用于基因分型株、检测突变和区分田间与疫苗衍生病毒，对理解流行病学和指导疫苗接种政策至关重要。2014年，肉种鸡中滑液囊支原体感染与年龄显著相关（P<0.001）。流行率秋季最高（50%），冬季（40%），春季最低（25%）。诊断检测显示高流行率：通过快速血清凝集（RSA）抗体检测表明58%鸡MG阳性、74.8% MS阳性。此外，使用RT-PCR的分子分析确认这些病原在40.7%和29.1%的检测池中分别存在。在卡萨布兰卡-塞塔特地区（摩洛哥），肉鸡肠道样本中83.5%发现大肠杆菌（2017和2019年），约10%分离株产ESBL，多重耐药（MDR）在2019年升至93%分离株。在来自许多摩洛哥城市的154份禽产品（肉块、碎肉、香肠）中，β-葡萄糖醛酸酶阳性大肠杆菌频繁分离；许多显示高抗生素耐药性。诊断使用标准培养基培养和NM ISO 16649:2018鉴定，Kirby–Bauer纸片扩散法进行敏感性试验和PCR检测ESBL基因。毛里塔尼亚家禽呼吸道疾病流行病学特征是病原特异性同行评议研究数量非常有限，目前仅有新城疫病毒（NDV）、家禽中禽流感H9N2和野生鸟类中H5N1的可靠数据。迄今为止唯一一次乡村家禽系统调查（1990年）显示NDV在传统鸡群中低但明显循环。分离出6株NDV，其中4株来自与塞内加尔河接壤的特拉扎地区，三个地区采样的240只乡村鸡中4.8%血清阳性。这些发现表明NDV在庭院式家禽系统中长期地方性流行，尽管未报告病毒基因型或季节性模式信息。三十多年后，2024年10月，努瓦克肖特以南一个商业肉鸡农场报告呼吸道症状、腹泻和10%死亡率。对4,500只肉鸡的混合器官样本进行实时RT-PCR仅检测到H9（H5、NDV、IBV和ILTV阴性）。全基因组测序揭示H9N2 G5.5谱系，非重配，与塞内加尔H9N2密切相关，携带多个哺乳动物适应标记。这是毛里塔尼亚首例H9N2报告。2022年在Diawling国家公园死亡的大白鹈鹕中通过RT-PCR和全基因组测序发现H5N1分支2.3.4.4b病毒，与高致病性禽流感现代欧洲株>99.5%相同。这是该国野生鸟类中首例确认H5N1事件，通过候鸟迁徙路线将毛里塔尼亚与更广泛的欧亚-非洲H5N1泛流行病联系起来。对于IBV、ILTV、aMPV、支原体属、传染性鼻炎和大肠杆菌病，现有文献中未鉴定，这些病原的流行率、生产部门分布（肉鸡、蛋鸡、种鸡、活禽市场）、时间模式和分子谱系仍完全未知。根据Bell等（1990），目前大多数研究涉及使用HI血清学和病毒分离用于NDV的单时间点研究，以及全基因组测序用于H9N2和H5N1结合靶向实时RT-PCR。这些发现引起对庭院式鸡中地方性但了解不足的NDV、商业肉鸡中具有动物源性潜力的H9N2新出现以及分支2.3.4.4b H5N1在野生水鸟中侵入的关注。然而，它们也突出显著知识缺口，如缺乏常规分子或血清学监测、缺乏集约化和城郊部门数据、大多数呼吸道病原缺乏基因型/血清型信息以及缺乏季节性趋势或共感染信息。目前有限证据表明毛里塔尼亚家禽呼吸道疾病流行病学仍很大程度上未被充分探索，需要全面分子和流行病学调查。2009年全国调查发现H5N1存在于11.4%的市场和10.5%的庭院，但仅0.1%的商业农场。最高流行率发现于销售水禽和鸡与水禽混合的市场。活禽市场作为连接商业农场和庭院式鸡群的枢纽。冬季、城市市场和政治动荡与较高H5N1风险相关，根据后来基于市场的监测（2009–2014），还揭示生物安全不足和高禽周转地区（庭院、LBM）显著影响病毒动态。NDV、IBV、H5N1、H5N8、H9N2和鸡毒支原体主要在埃及家禽业的商业肉鸡中共循环，较少在蛋鸡和其他物种中。ILTV、aMPV、传染性鼻炎和大肠杆菌病的数据稀缺或不存在。NDV、IBV、H5/H5N8和H9N2在多个省份的不健康肉鸡群中频繁检测到（2012–2022）。这些感染通常以组合形式发现，NDV或IBV最常见，H9N2是主要共感染伙伴。尽管广泛免疫，新城疫（ND）自1948年首次鉴定以来在埃及一直流行，仍在商业和庭院式家禽中造成重大损失。ND在埃及被归类为地方性流行/地方性，肉鸡、蛋鸡、种鸡和其他鸟类持续暴发。一个6年集约化鸡和火鸡群队列发现强毒NDV全年各月循环，无季节性模式，确认全年传播。NDV于1947–1948年首次在埃及报告，此后尽管"巨大"疫苗接种努力持续存在。6年队列中842个集约化鸡和火鸡群中52.4%（443/842）通过PCR检测为强毒NDV阳性。2019–2021年家禽拭子中1.45%（7省，6,268份拭子）有NDV；阳性中69.2%仅NDV，30.8%有AIV共感染。传染性支气管炎病毒（IBV）在肉鸡和蛋鸡部门均高度地方性流行，继续是埃及家禽业的持续和普遍问题。2021–2023年六个省使用RT-PCR的监测显示病鸡群中IBV流行率54.7%。这一数字与历史数据一致，表明长期循环，研究记录2012年IBV阳性率64%，2014–2016年间41%。该病毒频繁参与严重呼吸道疾病进一步复杂化其流行病学。IBV在大型呼吸道病毒调查中常作为混合疾病的主要原因，特别是与新城疫病毒和H9N2禽流感共循环时。值得注意的是，这些暴发影响免疫和未免疫个体 regardless of免疫状态，突出在田间实现成功疾病控制的持续挑战。IBV在埃及的遗传流行病学特征是多种基因型共循环，包括GI-1、GI-13、GI-16、GI-19和GI-23，其中GI-23仍是临床最重要的。病毒已发展为GI-23谱系内多个亚分支，通常称为"埃及变异株"，以大量重组和关键中和表位的固定突变为标志；这些遗传变化强烈暗示免疫群体内广泛抗原逃逸。此外，上埃及近期分子监测显示新QX样（GI-19）和其他GI-23谱系出现。这些谱系显示显著遗传多样性和持续重组过程，使区域控制努力更具挑战性。ILTV于1982–1983年末在开罗和吉萨的蛋鸡中首次在埃及鉴定；随后2011年Sharqia暴发，之后在多个省发生。2018年至2020年间在8–9个省的30–42个农场确认ILT，影响多种品种和年龄，常 despite免疫。2020和2021年有未免疫鸡群肉鸡暴发报告。临床症状包括呼吸困难、喘息、带血黏液、结膜炎和产蛋量下降；尸检通常显示出血性气管炎伴纤维蛋白出血性或干酪样管型。根据ICP4、gG、gD、gJ和TK基因测序，大多数埃及ILTV为疫苗样株。TCO（组织培养源）和CEO（鸡胚源）病毒均常见。禽偏肺病毒（aMPV）是家禽重要的呼吸道和生殖病原，引起鸡肿头综合征和火鸡鼻气管炎。其影响范围从呼吸道症状和神经症状到产蛋量下降、生长迟缓和与其他感染结合时偶尔高死亡率。该病毒是负义RNA偏肺病毒，分为A、B、C和D亚型，通过气溶胶、直接和机械接触及垂直传播，使控制严重依赖生物安全和疫苗接种（活、灭活、重组/DNA）。在埃及六个省（Ash Sharqiyah、Ismailia、Qalyubia、Menufia、Sohaq、North Sinai）进行的鸡群级血清调查显示未免疫、看似健康鸡群中暴露：5/23肉鸡、6/17蛋鸡、1/6北京鸭和1/2番鸭鸡群ELISA阳性；感染鸡群净利显著降低。这些结果反映埃及北京鸭和番鸭中抗体的首次鉴定，并表明田间aMPV株在鸡和鸭中均循环。在基因型方面，埃及2013年报告了aMPV A亚型暴发，在三周龄火鸡中伴有鼻肿胀和呼吸道疾病，位于Fayoum一个自由放养、多代经销商农场。部分F和G基因测序揭示与商业疫苗或疫苗衍生株的明显差异，提示田间来源，与尼日利亚、意大利和英国aMPV A田间株最接近（约96–97%同一性）。滑液囊支原体（MS）和鸡毒支原体（MG）在埃及家禽中呈地方性流行，经常被称为该部门高影响、破坏性感染。它们在肉鸡、蛋鸡、种鸡和火鸡中引起呼吸道疾病、关节病变和显著生产损失。在细菌学调查的肉鸡、蛋鸡、火鸡和垫料农场样本中62%发现MG；火鸡发病率最高（83%），其次是肉鸡（70%）、蛋鸡（40%）和垫料（40%）。在15个省调查中发现160株支原体分离株；86株MG和39株MS来自病禽和看似健康禽鸟经PCR确认，表明广泛循环。在一些省份，MS引起肉鸡和蛋鸡群44%的关节炎病例，突出其在意跛和胴体降级中的重要性。病肉鸡MG回收率总体45.3%，62.9%分离株分类为MG。78周蛋鸡MG流行率33.3%，死亡率12%且产蛋量显著降低；MS在某些情况下与高达33%鸡死亡率相关；MG/MS降低产蛋量、孵化率、增加胚胎死亡率和淘汰；MG与生长差、低饲料转化和胴体品质降级相关。根据多项埃及研究，MG和MS流行率冬秋季较高，夏春季较低，提示气候变化相关风险。一日龄雏鸡中MG感染（SPA 37%）多于MS感染（11%），提示早期垂直传播和长期鸡群影响。根据培养和PCR调查及血清学，埃及MG/MS发生率很高。这与荟萃分析发现一致，将埃及置于MS检测较高国家之列。商业蛋鸡群MG感染导致产蛋后期生产下降和高死亡率；消毒和加强生物安全（如喷雾）降低MG负荷但未完全预防影响。抗菌药物敏感性研究揭示多重耐药MG株，包括来自baladi雏鸡和火鸡的分离株，威胁治疗效果并可能延长暴发和损失。本地疫苗接种努力（灭活二价MG/MS疫苗）达到80–90%保护，被提议作为减少蛋鸡和种鸡经济损失的关键工具。尽管确切初始诊断年份不清楚，传染性鼻炎（IC）由副鸡禽杆菌引起，是埃及本地和商业鸡中公认且经济显著的疾病。从上埃及约33%呼吸道疾病鸡中回收副鸡禽杆菌，鉴定出多个血清型（A、B和C），表明早期多样循环。1990年代和2000年代在Dakahlia省和上埃及的多项埃及调查显示IC在肉鸡、蛋鸡、种鸡和本地品种中广泛存在。Sharkia省较新工作确认50例疑似病例中24% PCR阳性IC，72% ELISA和48%培养阳性，不同地区鸡群级PCR流行率2–6%，表明埃及商业鸡群中持续循环。多个地区的分子和血清分型研究显示所有三个Page血清型（A、B、C）存在，1995年至2015年间多次蛋鸡、肉鸡、种鸡和本地鸡调查中血清型A和C最常见。埃及分离株常对多种药物耐药，但仍对某些抗生素、氨基糖苷类和含当地血清型的多价灭活疫苗敏感。疫苗接种是高危生产系统的关键控制措施，如A和C的80–90%保护和实验攻击中减少排毒所示。埃及仍缺乏全国发病率数据、量化的农场级风险因素（生物安全、饲养密度、环境应激、活禽营销）、系统共感染分析和所有家禽部门的结构化监测。这些是未来研究的关键领域。禽致病性大肠杆菌（APEC）是埃及家禽大肠杆菌病的主要原因和日益严重的公共卫生问题。研究揭示高发病率、普遍多重耐药以及肉鸡农场、孵化场、屠宰场和零售场所禽肉和环境的频繁污染。从五个省病肉鸡/种鸡67.5%内脏器官分离APEC，表明商业鸡群广泛全身感染。多个埃及省孵化场监测在36.3%样本中检测到大肠杆菌，手工"传统"孵化场流行率最高（57.1%），家禽品种间差异显著。最近在开罗/吉萨/Qalyubia的一项One Health研究在51.4%病鸡和64.7%农场工人尿液样本中检测到大肠杆菌，具有相似毒力基因和96.5%多重耐药，突出人-鸡传播风险。阿尔及利亚1980年代和2000年代国家驱动的现代化催生了现代家禽产业，为城市和低收入消费者提供可负担的白肉。该行业特点是众多中小型"原子化"肉鸡和火鸡农场，规模经济有限且协调差，导致价格不稳定和危机。阿尔及利亚位于重要古北界迁徙路线上和气候区，气候变化预计将增加禽流感危险，特别是在北非4月至6月间。模型显示H5N1暴发与迁徙路线上特定温度、压力和湿度范围相关，随着气候变化风险向北非转移。非洲概览数据强调由野生鸟类运动引起的反复H5Nx HPAI波次，因监测不足而报告不足。高致病性H5N8和H5N1流行病最近在阿尔及利亚本身造成"巨大损失"，包括严重呼吸道和全身性疾病及大量家禽死亡。2015年报告病鸡和火鸡群中B亚型，始终作为混合呼吸道疾病的一部分，使阿尔及利亚家禽中aMPV在文献中可见。它表明aMPV不是单一孤立病原而是多病原呼吸道复合体的组成部分，导致死亡。感染模式始终与MG共感染。阿尔及利亚家禽业仍受传染性支气管炎病毒（IBV）严重阻碍，在蛋鸡和肉鸡中引起肾炎和呼吸道疾病。尽管一些鸡群免疫，来自阿尔及利亚西部和中部所有14个有呼吸道症状和肾脏病变的商业肉鸡群中检测到IBV。通过血凝抑制（HI）试验，在肾病鸡群中分别100%和60%发现QX和4/91血清型，表明肾致病性IBV变异株循环。传染性支气管炎病毒是全球鸡的主要呼吸道和肾脏病原。在阿尔及利亚东部Batna未免疫肉鸡农场进行的血清学调查显示78.25%采样禽鸟IBV抗体阳性，表明无疫苗接种情况下高自然感染压力。对阿尔及利亚北部肉鸡主要病毒病的更大评估确认IBV是阿尔及利亚家禽主要地方性流行呼吸道病毒之一，40%鸡群IB血清阳性。阿尔及利亚IBV株主要对应GI-19（QX样）和GI-13（793B/4-91样）谱系，同时有新发现未鉴定的北非谱系证据。早期研究揭示一种Mass样肾致病性株，与常见H120（GI-1）和4/91（GI-13）疫苗遗传不同，表明与区域非洲变异株重组。在阿尔及利亚西部和中部免疫和未保护鸡群中，伴有严重肾脏病变和显著死亡的肉鸡中发现一种新的肾致病性基因型称为"IBDZ13a"，与4/91相似但不同。在阿尔及利亚，暴发特征是呼吸道症状、肾脏损伤、性能不佳和某些鸡群高达50%死亡率。 divergent田间株和未免疫鸡群高血清阳性率有助于解释持续循环和频繁疫苗失败。新城疫（ND）是全球家禽最重要的病毒性疾病之一，仍在北非构成问题，由禽副黏病毒1型引起。阿尔及利亚肉鸡群近期田间工作显示ND常见、临床明显且受疫苗接种和管理技术严重影响，反映更广泛非洲趋势。根据Messa?等（2019）在阿尔及利亚对52个肉鸡群（1,248只禽鸟）进行的横断面血清学调查，间接ELISA显示82.7%鸡群血清阳性率，确认ND是商业肉鸡中的优势感染。临床上，受影响鸡群显示典型体征如打喷嚏、呼吸道啰音、绿色腹泻、斜颈和运动不协调。阿尔及利亚肉鸡中报告的新城疫病毒（82.7%）和传染性支气管炎病毒（78.2%）血清阳性率反映特定地区选定农场的ELISA抗体检测，而非全国疾病流行率。由于NDV鸡群已接种疫苗，抗体可能来自感染或疫苗接种，只有未免疫Batna IBV农场允许血清阳性更直接解读为当地病毒循环证据。这些数字表明显著暴露或免疫，但确认真实流行率需要代表性全国采样和病毒学确认。对阿尔及利亚东北部265名兽医的调查显示呼吸道相关感染主导家禽健康问题：大肠杆菌病和支原体占细菌病例的45–49%，新城疫和传染性支气管炎占大多数病毒病例。传染性鼻气管炎和禽流感均存在，但该地区较少见。2014年新城疫大流行导致全国约276,000例死亡和418,700例病例。鸡毒支原体（MG）、滑液囊支原体、禽流感病毒（AIV）、传染性支气管炎病毒（IBV）和禽偏肺病毒（aMPV）在表现呼吸道症状的鸡和火鸡中频繁发现多重感染。所有病毒病原仅在与MG共感染中发现，肾致病性IBV株与邻国不同，提示新的北非基因型。蛋鸡也感染传染性喉气管炎病毒（ILTV），鸡群级血清阳性率56.25%，引起典型出血性气管炎和产蛋下降。卫生不足与ILT血清阳性率高68%（OR 1.68）和蛋鸡群抗体滴度升高相关，强调卫生差增加病毒循环。传播和疫苗株返强由类似问题（农场混合品种/年龄、生产类型间分离不足）促进。全球和非洲综述表明密集集约化系统增加NDV、AIV和其他呼吸道疾病的气溶胶传播，与阿尔及利亚日益集约化的行业一致。ILT中未免疫鸡群比免疫鸡群更常血清阳性，提示免疫不足地区存在不受控的田间暴露。共感染研究表明支原体控制缺口，并证明MG感染使鸡群易患更严重IBV、AIV和aMPV疾病。在评估地区仅7%实验室支持，阿尔及利亚呼吸道疾病常规诊断主要依靠临床（57%）和死后（36%），许多病原未诊断。实时RT-PCR在鉴定AIV亚型（H5N1、H5N8）、IBV基因型、aMPV和支原体时显示显著隐藏复杂性。ILT监测通过ELISA加风险因素分析评估卫生和疫苗接种违规影响并确认病毒循环。在Batna（阿尔及利亚东部）21.7%鸡样本中鉴定MG（蛋鸡2.1%，肉鸡19.6%），表明卫生和免疫不良的严重问题。同地区27个肉鸡和蛋鸡群血清学显示极高鸡群级暴露：MG 69.9%和MS 66.3%。MG和MS共感染与禽流感、传染性支气管炎和偏肺病毒一起循环；所有病毒病原在与MG共感染中检测到，此类混合感染与阿尔及利亚鸡和火鸡群高死亡率相关。研究人员使用微生物学和血清学技术组合确定Batna地区鸡毒支原体（MG）和滑液囊支原体（MS）存在。血清平板凝集（SPA）显示广泛鸡群暴露，但不能区分过去和现在疾病，仅确认鸡群级暴露。此外，采用生长抑制试验和培养分离直接检测。研究表明，与分离结果相比，血清学筛查方法保持83.1%敏感性。对于直接MG/MS检测和株分型，PCR和实时PCR目前在突尼斯和埃及常用，因其速度和灵敏度优于培养和血清学。在阿尔及利亚家禽中，大肠杆菌是禽大肠杆菌病的主要原因，影响肉鸡和火鸡，因胴体淘汰、生长差和死亡造成重大经济损失。在阿尔及利亚东部产生肠道病变，特别是十二指肠、腹泻、脱水和显著死亡率。在中央和东部地区大量病禽中发现大肠杆菌，肠道、肝、脾、肺和心脏有特征性病变。农场调查中30–80%临床样本发现大肠杆菌，死亡率2–3.7%，极年轻雏鸡和高密度鸡群风险最高。O1、O2、O78以及某些肉鸡研究中O157是常见APEC血清群。利比亚家禽业目前受禽流感H9N2和H5病毒威胁。地方性H9N2在肉鸡中的高死亡率和重大经济损失，以及高致病性H5N1的散发引入，常与其他呼吸道疾病一起。2014年庭院流行病包括高致病性H5N1分支2.2.1，与埃及株密切相关；2013年利比亚田间分离株对应G1谱系，HA 226位有亮氨酸，人样受体特征。H5N1流行病极高致死性，而利比亚H9N2鸡群通常显示呼吸道疾病和显著死亡率，特别是与新城镇疫病毒（NDV）共感染时。H9N2单独引起轻度呼吸道症状和生产下降。在的黎波里西南肉鸡中，高死亡率（Twisha）农场95.2%发现A型流感抗体，其他农场76.7%（未接种AI疫苗）；H9N2抗体在53.4%农场发现，其他46.8%。多个地区气管拭子显示H9N2抗原存在，表明地方性循环。Twisha农场死亡率62.2%，其他地区11%，提示H9N2以外因素导致高死亡率。根据区域分析，利比亚经历两次H9N2波次（2005–2006，然后2013年广泛），全国快速传播和并发NDV共感染，导致呼吸道症状和显著死亡率。根据SALHI等（2018），H9N2在利比亚肉鸡中普遍，年龄相关血清转化38天时增至72%。虽然实验H9N2感染单独通常导致相对轻至中度呼吸道症状，与NDV和其他呼吸道病原共感染常与严重疾病和显著死亡率相关。控制差是并发感染、可能抗原漂移以及尽管疫苗可用但缺乏田间H9N2疫苗接种的结果。区域系统地理研究表明H9N2在突尼斯、利比亚和阿尔及利亚间迁移，提示持续跨境引入和传播。新城疫（ND）是威胁利比亚鸡农业的最重要传染病之一。尽管接种疫苗，它导致极高死亡率、严重临床症状和重大经济损失。尸检显示腺胃、肠道和盲肠扁桃体广泛出血；利比亚西部（Alzintan、Alrayaina、Nalut、Surman）近期暴发显示免疫鸡群50–100%死亡率，伴有呼吸窘迫、腹泻、面部水肿和鼻分泌物。所有采样禽鸟感染禽正黏病毒1型（AOAV-1）基因型VII.2，一种强毒株。2023年利比亚基因型VII.2病毒与欧洲/亚洲/非洲VII.2分离株86–91%同一性，与2013和2016年利比亚株97%同一性，提示持续循环。在的黎波里地区庭院未免疫鸡中rRT-PCR总体NDV流行率45%；ELISA血清阳性率53%。一个地点（Qasr Ben Ghashier）显示82% NDV抗体流行率，表明广泛循环，夏季流行率高于冬季。尽管免疫，利比亚暴发发生，提示疫苗与基因型不匹配和/或针对基因型VII.2的田间疫苗接种程序不足。未免疫庭院鸡群高发病率、季节性高峰和缺乏控制增加病毒向商业农场溢出的可能性。IBV是一种高度传染性γ冠状病毒，可引起急性呼吸道疾病，偶尔损害肾脏和生殖系统。肉鸡和蛋鸡临床症状包括咳嗽、打喷嚏、鼻分泌物、气管啰音、抑郁、采食量下降、产蛋量下降、蛋壳质量差和假母鸡；某些株诱导肾炎和死亡，特别是年轻禽鸟。尽管这些工作中尚未报告，由于该国大量鸡贸易和共享生态系统，类似GI谱系（Mass、4/91、GI-23、D181/Italy02样）在利比亚流行病学上可能。传染性喉气管炎（ILT）是一种急性病毒性呼吸道疾病，可在母鸡中引起严重病变、死亡和经济损失。利比亚商业肉鸡和蛋鸡群中存在ILT病毒（ILTV）证据。ILT由鸡疱疹病毒1型引起。利比亚的黎波里附近一个肉鸡和三个蛋鸡群发现ILTV可能暴发。采集气管组织，在鸡胚中分离病毒，通过PCR和组织病理学确认绒毛尿囊膜（CAM）病变。接种后五天，CAM显示充血、出血和痘斑病变，组织病理学显示水肿、充血、出血、异嗜性和单核细胞浸润、合胞体细胞伴核内包涵体；气管显示严重黏膜坏死和脱落。虽然论文未提供数字血清阳性率数据，对6个农场（3个肉鸡、3个蛋鸡）290份样本的血清学（ELISA）追踪肉鸡群起始和屠宰年龄及蛋鸡产前。利比亚关于暴发期间鸡蛋和家禽损失数量、流行率及与其他细菌和病毒共感染的信息缺乏。在Al Jabal Al Gharbi（利比亚西部），调查103个活跃肉鸡/种鸡农场；支原体血清阳性率28%（29/103农场ELISA阳性，使用MG/MS联合抗原）。感染高度聚集在Garian市，约50%（23/47）农场感染，鉴定出一个显著空间簇。44%未涂层墙壁和63%脏地板阻碍有效清洁和消毒。几乎全部缺乏野生鸟类管理，使农场暴露于支原体、禽流感和新城疫引入。交通控制存在显著缺口，尽管81%有某种进入限制，仅20%入口有消毒剂。全球评估将MG/MS描述为引起慢性呼吸道疾病、气囊炎、增重减少、产蛋下降、孵化率损失和胴体降级，造成重大经济后果；然而利比亚调查未指定鸡群级临床症状。支原体感染与其他呼吸道病原和不利环境条件结合时常影响性能和死亡率。在突尼斯肉鸡中，呼吸道疾病是显著限制。2018年至2020年在突尼斯东北部进行的近期田间调查显示低致病性禽流感H9N2高流行率，通常与其他病毒如禽偏肺病毒和传染性支气管炎病毒共感染，强调新病毒谱系出现和复杂多因素呼吸道综合征。2010–2011年全国调查中800个商业鸡和火鸡群28.7%显示流感A抗体（cELISA）；感染在沿海地区、秋冬季以及蛋鸡和种鸡中比肉鸡更常见H9N2。2018年至2020年东北部肉鸡农场39个病鸡群中发现H9N2是最常见病原；16个鸡群H9N2阳性，15个有共感染（主要为H9N2+IBV或H9N2+aMPV）。此外，2014至2018年从泻湖水体和野生鸟类中发现H9N2。它与北/西非G1样株和突尼斯家禽遗传相关，表明环境和野生鸟类参与。诊断方法基于靶向NP抗原的cELISA用于鸡群级监测（AIV A型）和血凝抑制（HI）确认阳性血清H9亚型。此外，分子检测和病毒表征，实时RT-PCR（rRT-PCR）用于AIV M基因（A型筛查），然后亚型特异性H9和N2检测。rRT-PCR检测M和H9比抗原ELISA或培养检测更多阳性。HA和NA基因测序用于系统发育和追踪突变、糖基化变化和与疫苗株的漂移；突尼斯H9N2与中东G1病毒和一种候鸟株密切相关。突尼斯研究显示肉鸡（289份样本）中发现21份aMPV阳性样本，确认该国aMPV循环并鉴定两个测序分离株（2015和2019），均为B亚型。一个2015分离株与疫苗株相关，而2019分离株是可能约2016年从西班牙引入的田间株。2018年至2020年间是突尼斯肉鸡中aMPV B亚型首次检测，该研究发现H9N2+aMPV共感染发生在8/39鸡群。RT-PCR/RT-qPCR、病毒分离、ELISA和血清中和是aMPV诊断和监测的主要工具。2013年6月至2016年6月，对48个商业鸡群（蛋鸡和肉鸡，3至80周龄）进行了类似ILT的严重呼吸道疾病调查。25个鸡群观察到提示ILT的组织病理学发现，31个检测鸡群中12个PCR确认ILTV DNA（gB基因）存在，标志着突尼斯商业家禽农场中ILT病毒的首个记录发生。所有确认病例均在鸡中（肉鸡和蛋鸡）；未报告其他家禽宿主。使用靶向gB基因的常规PCR在呼吸道组织上诊断。早期突尼斯分离株（TN20/00、TN200/01、TN335/01）形成与欧洲CR88121和D274变异株相关的新基因型/血清型，但与Massachusetts H12无关。后来田间分离株（TN295/07、TN556/07）再次是新基因型，仍与H120距离远，仅与早期突尼斯株和Italy 02中度相关。2016分离株TN1011/16和TN1012/16是基因型I中非重组独特变异株，与阿尔及利亚株聚类，与较早突尼斯TN20/00株不同。IBV很少是唯一病原：大多数IBV阳性鸡群共感染，常与H9N2禽流感或禽偏肺病毒。沿迁徙路线的温度、压力和湿度范围，随着气候变化风险向北非转移。鸡呼吸道疾病很少由单一感染引起。相反，多种细菌、病毒、支原体、宿主因素和环境因素结合形成多因素疾病复合体，难以管理并促进高死亡率、共感染和控制失败。阿尔及利亚鸡和火鸡中多重感染常所有病毒加MG，与显著更高死亡率相关。阿尔及利亚一个IBD+IB+大肠杆菌鸡群组织病理学显示气管、肠道和法氏囊严重损伤，免疫抑制使继发感染更可能。在突尼斯和摩洛哥，H9N2与IBV、aMPV或细菌感染组合导致严重临床症状和显著死亡率。H9N2单独通常中度。超过80%的埃及呼吸道疾病鸡群至少有两种病毒，某些养殖场致死率高达100%。共感染通过改变细胞因子谱、增加巨噬细胞浸润、凋亡途径和损害黏膜屏障加重病理生理并促进继发感染。当IBV或H9N2参与混合感染时，即使免疫鸡群也经历显著死亡率（IBV单独死亡率高达约19%；IBV+H9N2或IBV+H9N2+其他≥30–40%）。疫苗接种失败与抗原漂移（新IBV/H9N2基因型）、给药不足和共感染降低或抵消疫苗诱导保护相关。抗生素仍常用于控制，特别是在病毒-细菌组合（包括APEC、葡萄球菌和支原体）流行的地区。抗生素耐药与过度使用和不适当药物组合相关，使未来治疗更加困难。综述强调需要更好的生物安全、基于分子监测的靶向疫苗接种和替代 indiscriminate抗生素使用的选择如草药。呼吸道暴发以混合感染为主，占突尼斯和埃及病例的61–66%；摩洛哥和阿尔及利亚同样有显著多病原率。在北非，MG/MS非常常见且常覆盖病毒感染，特别是在种鸡和蛋鸡中。IBV-H9N2作为肉鸡常见混合感染，多项攻击研究显示比任一病原单独更严重的疾病。多病毒呼吸道感染明显常见，但证据更支持同时检测而非普遍协同。控制建议包括商业和庭院式部门高生物安全，以及对所有关键病毒和MG/MS的监测、IBV和AI亚型的基因型匹配疫苗。毛里塔尼亚和利比亚家禽呼吸道病原共感染的已发表证据仍然稀少，不应解释为呼吸道病原不存在，而是监测和研究能力有限的证据。这些研究还报告共感染鸡群常显示严重体征、病变或更高死亡率，但仍为观察性，因此更适合关联陈述而非因果关系。不匹配的NDV疫苗仍可对死亡率和排毒提供显著保护，表明疫苗不匹配不是田间疫苗接种失败的唯一驱动因素。共感染在家禽呼吸道疾病复合体中似乎常见，但其影响因病原组合和研究设计而异。IBV-H9N2的更大严重性在实验中得到充分支持，但其他组合的证据通常是观察性或间接的。改变的细胞因子反应或免疫失调等机制在某些模型中得到支持，并非在所有家禽呼吸道共感染中一致。基因型匹配疫苗可改善结果，但明显疫苗失败也反映田间交付、时机、覆盖、宿主状态和株多样性。北非位于主要欧亚-非洲迁徙路线汇聚处。这些路线被携带呼吸道病毒（包括禽流感）的迁徙鸭使用，可将新株传播给该地区家禽和野生鸟类，特别是在农场靠近湿地且生物安全受损的地区。埃及是连接非洲和欧亚的重要栖息地，位于黑海、地中海和东非、西亚迁徙路线的交汇点。密集的鸭和其他水鸟越冬和停歇增加了与家禽的接触。北非和中东被确定为关键越冬和停歇区，野生鸟类暴发簇和家禽感染共同发生。迁徙路线上的湿地、沿海地区和其他潮湿栖息地为鸟类提供休息、聚集和将病毒排入水和沉积物的重要停歇点，实现环境传播和持续存在。迁徙水禽（特别是雁形目：鸭、鹅、天鹅）是多种低和高致病性禽流感病毒的主要储库，随着株沿迁徙路线混合驱动抗原漂移/转变。西非作为生态汇和引入热点，多条路径汇聚的地区显示增加遗传重组和重配，产生可在整个非洲传播的新H5Nx变异株。其他呼吸道病毒如aMPV也可由野生鸟类携带；鸭、鹅和鸥已被确定为可能携带者或储库。北非家禽呼吸道疾病复杂，地方性H9N2、IBV、aMPV和NDV以及不良管理和环境因素（灰尘、潮湿、高密度）导致严重暴发和频繁共感染。埃及是主要野生鸟类和家禽界面及全球连接H5N1谱系来源。它位于黑海-地中海和东非-西亚迁徙路线交汇处。卫星追踪鸭显示冬季-早春与家禽强烈重叠。埃及湿地中发现新重配H6N2和许多H5N8/H5N1通过迁徙鸟类侵入。利比亚近期监测显示东部重要迁徙路线上湿地存在流感。在看似健康的欧亚水鸭中，证明持续野生鸟类监测必要性和AIV隐性循环存在。摩洛哥HPAI风险制图中沿迁徙路线的大型沿海和内陆湿地被确定为高风险引入区；邻国阿尔及利亚、毛里塔尼亚和埃及已报告H5循环。根据Larbi等（2024），突尼斯H9N2系统地理学揭示与利比亚、阿尔及利亚和摩洛哥的活跃病毒相互作用，将其嵌入北/西非和中东之间的共同网络。病原很少是家禽呼吸道问题的唯一原因。饲养密度、空气质量、垫料、季节和建筑设计均对禽病发生频率和严重程度有显著影响。高饲养密度、空间限制和大舍负荷对禽鸟生存、生产力和呼吸道疾病均有负面影响。与笼养或丰富集落相比，带垫料的棚式和地面系统通常空气质量更差（更多灰尘和氨）。塞内加尔农场靠近住宅、活禽市场和其他农场、建筑类型、不洁垫料和灌溉系统与较高呼吸道问题相关。禽舍空气是生物气溶胶，含有大量灰尘、细菌和有害气体（CO2、氨和H2S），常超出允许水平并引起呼吸道炎症。高浓度颗粒物（PM2.5/PM10）含细菌、真菌、内毒素和氨，通过刺激、免疫抑制、氧化应激和微生物群改变引起支气管炎、气道炎症和其他呼吸道疾病。粪便产生的氨引起呼吸道病变和角膜结膜炎，使禽鸟易患继发呼吸道感染；冬季和垫料系统中粪便清除不良和通风减少时水平最高。冬春季呼吸道暴发报告更频繁，封闭禽舍、温湿度波动和通风减少促进气体和微生物积累。卫生差、不频繁或不充分消毒和垫料处理以及弱进入控制与更多呼吸道问题相关。关键病毒和细菌在垫料、灰尘和表面的高环境存活使消毒和通风对限制间接传播至关重要。长期暴露于灰尘、氨和其他应激改变禽鸟免疫系统，降低自然抵抗力并增加对病原的易感性。根据H. Liu等（2025），年轻禽鸟（0–2周）显示更高发病率、死亡率和呼吸道问题病死率，提示年龄相关脆弱性增加。家禽管理架构决定基线病原压力和鸡群脆弱性。现代商业设施以高饲养密度运营，显著加速封闭队列中气溶胶化疾病传播。相反，非集约化或庭院式养殖显示最小生物安全屏障，促进跨物种接触和非正式贸易联系，维持地方性储库。集约化封闭当高种群密度在禽舍内循环感染性生物气溶胶时放大空气传播。严格车辆去污、垫料处理和专用胴体处置显著降低病毒进入风险。除动物健康和生产损失外，北非家禽呼吸道感染流行病学对人类健康、环境健康和抗微生物药物管理有重大影响。在许多生产系统中，家禽、人类、野生动物和环境之间的密切相互作用为病原出现、传播和持续存在创造机会。这强调One Health方法对疾病预防和管理的重要性。禽流感病毒可感染人类和鸟类，使其不仅是家禽疾病也是公共卫生问题。家禽，特别是鸡和鸭，已被确定为与人传播相关暴发的来源。接触活或死感染禽鸟和污染禽市场是人畜共患传播广泛报告的风险因素。人类感染最常与饲养、屠宰、加工期间接触感染家禽或在活禽市场暴露相关。虽然H5N1仍是北非最重要的人畜共患禽流感病毒，H9N2已成为额外公共卫生问题，因其在家禽种群中广泛循环及其在产生新重配流感病毒中的作用。其更广泛重要性在于H9N2反复作为人类感染禽流感亚型（包括H7N9、H10N8、H3N8和一些H5谱系重配株）的内部基因供体。禽流感A(H9N2)是新兴公共卫生问题，因其在家禽中广泛循环、人畜共患潜力和实验室确认人类感染数量增加，包括摩洛哥和埃及报告病例及撒哈拉以南非洲（塞内加尔）首例记录病例。H5N1目前引起更罕见但通常更严重的人类疾病，尚未观察到持续人传人。然而，H5N1哺乳动物宿主范围扩大和猪的混合容器作用意味着H9N2衍生基因组合与其他禽或季节性流感病毒之间的重配仍是显著更高人畜共患风险的合理途径。在埃及，报告的H5N1感染集中在有家禽暴露的人群，报告病死率在主要为庭院式家禽养殖者中为36%。更广泛地，近期综述指出全球大多数人类禽流感病例仍由H5N1、H5N6、H7N9和H9N2引起，H5N1是主要贡献者之一。埃及因自2006年以来持续H5活动于2017年被列为H5N1、H5N8和H9N2地方性流行。近期阿尔及利亚家禽暴发中发现H5N8和H5N1，77例阳性病例包含13例H5N8、8例H5N1和10例未分型H5Nx检测。2016年，候鸟将H5N8带到埃及；从普通骨顶鸡中回收与欧洲病毒遗传相似的H5N8分支2.3.4.4病毒。一项前瞻性埃及研究发现H9N2在家禽中出现后人类血清阳性率5.6%–7.5%，后来埃及队列工作报告2015年3月至2016年4月间报告4例实验室确认人类病例。与禽致病性大肠杆菌（APEC）相关的抗微生物药物耐药（AMR）代表另一个重要One Health问题。呼吸道疾病暴发常与抗微生物药物使用相关，特别是在继发细菌感染常见的集约化家禽系统中。禽致病性大肠杆菌（APEC）是家禽大肠杆菌病的主要原因，证据表明抗生素耐药常见、常多重且在全球肉鸡、蛋鸡、种鸡和鸭中分布。人畜共患关注可信，因为APEC与人ExPEC共享毒力背景，可作为毒力和耐药基因储库。通过禽垫料、粪便、废水和农场径流的环境污染可能促进抗微生物耐药细菌和耐药基因超越家禽生产系统传播。因此活禽市场被简要描述为疾病传播和人畜共患溢出重要枢纽，特别是禽流感，因为它们集中易感禽鸟、污染环境和密切人类暴露。为减轻家禽呼吸道病原负担及其对公共卫生的更广泛影响，One Health策略必须包括加强生物安全、增加实验室诊断能力、增强跨部门监测规划和改善抗微生物药物管理。诊断检测在监测规划中起关键作用，因为诊断检测旨在准确确定个体动物的感染或疾病状态。AIV诊断检测可分为四大类：检测病毒、其抗原、其基因组物质和针对病毒的抗体。病毒表征几乎总是跟随病毒检测，北非国家用于检测主要家禽呼吸道病原的诊断方法见表4。本综述提供了所有六个北非国家主要家禽呼吸道病原分布、流行率、共感染动态和风险因素的首次全面综合。来自摩洛哥、阿尔及利亚、突尼斯、埃及、利比亚和毛里塔尼亚的证据汇聚于一致的流行病学图景：NDV和IBV在整个地区呈地方性流行，H9N2 LPAI现已广泛且持续多样化，HPAI H5N1在埃及、利比亚、阿尔及利亚和毛里塔尼亚仍是活跃威胁。禽偏肺病毒B亚型广泛循环但数据缺乏，鸡毒支原体、滑液囊支原体和禽致病性大肠杆菌是呼吸道疾病负担的广泛贡献者。区域流行病学的定义特征是病原共感染频率非常高，摩洛哥、阿尔及利亚、突尼斯和埃及记录了双重、三重甚至四重并发感染。这些共感染导致比单一病原感染更大的临床严重性、更高鸡群死亡率和更频繁疫苗失败，由协同病理相互作用包括黏膜屏障破坏、免疫抑制和改变细胞因子谱驱动。本综述还揭示区域监测数据深度和质量的显著不对称。摩洛哥和埃及拥有最广泛的已发表数据集，具有主要病原的稳健分子流行病学、系统发育追踪和风险因素分析。相比之下，利比亚和毛里塔尼亚仍严重表征不足：对于NDV、H9N2和H5N1以外大多数呼吸道病原，毛里塔尼亚无数据，利比亚数据仅限于少数集中于禽流感和NDV的研究。这两个国家ILTV、aMPV、传染性鼻炎（副鸡禽杆菌）和支原体属数据缺失或极少。这些缺口可能反映监测和发表有限而非真正缺失。这种不对称不仅反映学术投资不足，还反映真实监测缺陷，鉴于这些国家作为撒哈拉以南非洲和地中海盆地之间沿活跃迁徙路线界面的作用，具有真实公共卫生后果。此外，在一些国家临床和死后诊断占主导，阿尔及利亚一些调查实验室确认率低至7%，意味着整个地区呼吸道疾病的真实负担仍被严重低估。为弥补这些缺口并减轻北非呼吸道疾病负担，亟需若干协调行动。第一，利比亚和毛里塔尼亚国家监测规划必须加强，为分子诊断能力、训练有素的兽医实验室人员和包括商业和庭院式部门的结构化采样框架提供专用资金。第二，整个地区疫苗接种策略需要紧急重新评估：IBV（GI-23、D181、Italy 02谱系）和H9N2（G1样进化簇）疫苗株与循环田间基因型之间持续不匹配是疫苗接种失败的主要驱动因素。应优先考虑基因型匹配、区域来源的疫苗，其性能应通过结构化临床试验在田间条件下评估。第三，高共感染频率要求家禽健康管理超越单一病原控制规划，转向能够在单次诊断运行中检测全谱病原的综合多病原诊断 panel。第四，活禽市场和跨境家禽贸易作为地方性病原和输入株的关键扩增和混合点需要特定监管关注。加强这些界面的生物安全要求以及移动可追溯系统将大幅降低国家间病原传播风险。本综述记录的流行病学情况具有超越家禽部门的重要影响。综述的几种病原构成直接人畜共患威胁：H5N1和H9N2禽流感病毒已在全球引起确认人类感染，H9N2反复向高致病性重配病毒提供内部基因片段。H9N2在北非家禽中持续且常亚临床循环，处于庭院式系统、活禽市场和迁徙路线界面，代表重配机会和人畜共患暴露风险的持续来源，值得大流行防范规划。同时，整个地区多重耐药禽致病性大肠杆菌高流行率，包括产ESBL株和携带黏菌素耐药基因的分离株，构成显著抗微生物耐药储库，在人-动物-环境界面具有已证明的传播潜力。应对这些风险需要采用真正的One Health框架，将家禽健康监测与人类流行病学、野生鸟类监测、抗微生物药物管理和环境采样相结合，特别是在活禽市场和沿迁徙路线的湿地地点。北非独特的生态位置使其成为对兽医和公共卫生意义重大的新出现呼吸道病原全球监测和早期预警具有特殊重要性的地区。
