建立基于 Robogut 的抗 CRE 活体生物治疗产品筛选框架

《Gut Pathogens》：Robogut-based ecosystem screening of live biotherapeutic candidates for intestinal CRE suppression

　　

摘要

碳青霉烯类耐药肠杆菌（CRE）能够在胃肠道中定植，并成为感染和传播的源头。活体生物治疗产品（LBPs）为抑制肠道内CRE的定植提供了一种潜在策略，但传统的平板检测方法可能无法可靠地识别出在类似肠道的微生物生态系统中仍具有活性的候选物质。这一局限性阻碍了对具有治疗价值的LBPs候选物质的优先排序，还可能导致错误合格的候选物质进入动物实验阶段。在此，我们建立了一个基于Robogut的筛选框架，用于在初次平板检测和体内验证之间评估抗CRE候选菌株。首先将人类粪便分离株与CRE挑战菌株Klebsiella pneumoniae PNUH40进行筛选，然后选定的候选菌株在Robogut模拟的体外CRE定植条件下进行评估。基于Robogut的筛选方法能够区分在类似肠道条件下仍保持活性的候选菌株与在平板检测中呈阳性但实际失去活性的菌株，其筛选结果与小鼠CRE定植模型中的疗效结果一致。微生物群落分析及靶向短链脂肪酸定量研究表明，Robogut培养建立了由粪便来源的微生物群落，并形成了以乙酸、丙酸和丁酸积累为特征的代谢环境。这些初步研究结果支持了基于Robogut的筛选方法作为在动物实验前优先筛选抗CRE LBPs候选物质的中间步骤的潜力。