综合的大规模转录组分析和单细胞转录组分析确定了与类风湿性关节炎滑膜中的溶酶体和铁死亡（ferroptosis）相关的候选基因

《Clinical Rheumatology》：Integrated bulk and single-cell transcriptomic analyses prioritize candidate genes associated with lysosomes and ferroptosis in rheumatoid arthritis synovium

　　

摘要

目的

在类风湿性关节炎（RA）的滑膜中，确定与溶酶体相关和铁死亡相关注释相关的候选基因，并对其在各种滑膜细胞群体中的表达情况进行研究。

方法

整合了来自RA和骨关节炎（OA）患者的公开可用的大规模和单细胞转录组数据，并与精心整理的溶酶体相关基因（LRGs）和铁死亡相关基因（FRGs）进行了结合。识别出这两个基因集中共表达的差异基因（DEGs）。通过基因集表达评分和高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）来表征细胞表达模式并确定候选基因。并在外部数据集中以及通过探索性定量实时PCR（qRT-PCR）评估了候选基因的表达情况。

结果

髓系细胞和类似成纤维细胞的滑膜细胞（FLS）群体对共享基因集表现出相对较高的表达评分。通过对共享的DEGs和选定的共表达模块基因进行交集分析，确定了四个候选基因：VAMP2、HRAS、GRN和BGN。外部数据集表明，在RA中VAMP2的表达水平低于在OA中。对4名RA患者和4名OA患者的滑膜样本进行的探索性qRT-PCR分析显示了表达差异的一致性。

结论

综合转录组分析将VAMP2确定为与RA滑膜中溶酶体相关和铁死亡相关注释相关的候选基因。外部数据集和探索性qRT-PCR结果支持其在RA中的表达较低。这些发现只是提出了假设，并未确立VAMP2在溶酶体调节或铁死亡中的因果作用。

关键点 • 综合的大规模和单细胞转录组分析确定了四个与溶酶体相关和铁死亡相关注释相关的候选基因。 • 髓系细胞和FLS群体对共享基因集表现出相对较高的表达评分。 • 外部数据集和探索性qRT-PCR支持RA中VAMP2的表达较低，这有助于进一步的功能研究。

图形摘要

目的

在类风湿性关节炎（RA）的滑膜中，确定与溶酶体相关和铁死亡相关注释相关的候选基因，并对其在各种滑膜细胞群体中的表达情况进行研究。

方法

整合了来自RA和骨关节炎（OA）患者的公开可用的大规模和单细胞转录组数据，并与精心整理的溶酶体相关基因（LRGs）和铁死亡相关基因（FRGs）进行了结合。识别出这两个基因集中共表达的差异基因（DEGs）。通过基因集表达评分和高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）来表征细胞表达模式并确定候选基因。并在外部数据集中以及通过探索性定量实时PCR（qRT-PCR）评估了候选基因的表达情况。

结果

髓系细胞和类似成纤维细胞的滑膜细胞（FLS）群体对共享基因集表现出相对较高的表达评分。通过对共享的DEGs和选定的共表达模块基因进行交集分析，确定了四个候选基因：VAMP2、HRAS、GRN和BGN。外部数据集表明，在RA中VAMP2的表达水平低于在OA中。对4名RA患者和4名OA患者的滑膜样本进行的探索性qRT-PCR分析显示了表达差异的一致性。

结论

综合转录组分析将VAMP2确定为与RA滑膜中溶酶体相关和铁死亡相关注释相关的候选基因。外部数据集和探索性qRT-PCR结果支持其在RA中的表达较低。这些发现只是提出了假设，并未确立VAMP2在溶酶体调节或铁死亡中的因果作用。

关键点 • 综合的大规模和单细胞转录组分析确定了四个与溶酶体相关和铁死亡相关注释相关的候选基因。 • 髓系细胞和FLS群体对共享基因集表现出相对较高的表达评分。 • 外部数据集和探索性qRT-PCR支持RA中VAMP2的表达较低，这有助于进一步的功能研究。

图形摘要

目的

在类风湿性关节炎（RA）的滑膜中，确定与溶酶体相关和铁死亡相关注释相关的候选基因，并对其在各种滑膜细胞群体中的表达情况进行研究。

方法

整合了来自RA和骨关节炎（OA）患者的公开可用的大规模和单细胞转录组数据，并与精心整理的溶酶体相关基因（LRGs）和铁死亡相关基因（FRGs）进行了结合。识别出这两个基因集中共表达的差异基因（DEGs）。通过基因集表达评分和高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）来表征细胞表达模式并确定候选基因。并在外部数据集中以及通过探索性定量实时PCR（qRT-PCR）评估了候选基因的表达情况。

结果

髓系细胞和类似成纤维细胞的滑膜细胞（FLS）群体对共享基因集表现出相对较高的表达评分。通过对共享的DEGs和选定的共表达模块基因进行交集分析，确定了四个候选基因：VAMP2、HRAS、GRN和BGN。外部数据集表明，在RA中VAMP2的表达水平低于在OA中。对4名RA患者和4名OA患者的滑膜样本进行的探索性qRT-PCR分析显示了表达差异的一致性。

结论

综合转录组分析将VAMP2确定为与RA滑膜中溶酶体相关和铁死亡相关注释相关的候选基因。外部数据集和探索性qRT-PCR结果支持其在RA中的表达较低。这些发现只是提出了假设，并未确立VAMP2在溶酶体调节或铁死亡中的因果作用。

关键点 • 综合的大规模和单细胞转录组分析确定了四个与溶酶体相关和铁死亡相关注释相关的候选基因。 • 髓系细胞和FLS群体对共享基因集表现出相对较高的表达评分。 • 外部数据集和探索性qRT-PCR支持RA中VAMP2的表达较低，这有助于进一步的功能研究。

图形摘要

目的

在类风湿性关节炎（RA）的滑膜中，确定与溶酶体相关和铁死亡相关注释相关的候选基因，并对其在各种滑膜细胞群体中的表达情况进行研究。

方法

整合了来自RA和骨关节炎（OA）患者的公开可用的大规模和单细胞转录组数据，并与精心整理的溶酶体相关基因（LRGs）和铁死亡相关基因（FRGs）进行了结合。识别出这两个基因集中共表达的差异基因（DEGs）。通过基因集表达评分和高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）来表征细胞表达模式并确定候选基因。并在外部数据集中以及通过探索性定量实时PCR（qRT-PCR）评估了候选基因的表达情况。

结果

髓系细胞和类似成纤维细胞的滑膜细胞（FLS）群体对共享基因集表现出相对较高的表达评分。通过对共享的DEGs和选定的共表达模块基因进行交集分析，确定了四个候选基因：VAMP2、HRAS、GRN和BGN。外部数据集表明，在RA中VAMP2的表达水平低于在OA中。对4名RA患者和4名OA患者的滑膜样本进行的探索性qRT-PCR分析显示了表达差异的一致性。

结论

综合转录组分析将VAMP2确定为与RA滑膜中溶酶体相关和铁死亡相关注释相关的候选基因。外部数据集和探索性qRT-PCR结果支持其在RA中的表达较低。这些发现只是提出了假设，并未确立VAMP2在溶酶体调节或铁死亡中的因果作用。

关键点 • 综合的大规模和单细胞转录组分析确定了四个与溶酶体相关和铁死亡相关注释相关的候选基因。 • 髓系细胞和FLS群体对共享基因集表现出相对较高的表达评分。 • 外部数据集和探索性qRT-PCR支持RA中VAMP2的表达较低，这有助于进一步的功能研究。

图形摘要

目的

在类风湿性关节炎（RA）的滑膜中，确定与溶酶体相关和铁死亡相关注释相关的候选基因，并对其在各种滑膜细胞群体中的表达情况进行研究。

方法

整合了来自RA和骨关节炎（OA）患者的公开可用的大规模和单细胞转录组数据，并与精心整理的溶酶体相关基因（LRGs）和铁死亡相关基因（FRGs）进行了结合。识别出这两个基因集中共表达的差异基因（DEGs）。通过基因集表达评分和高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）来表征细胞表达模式并确定候选基因。并在外部数据集中以及通过探索性定量实时PCR（qRT-PCR）评估了候选基因的表达情况。

结果

髓系细胞和类似成纤维细胞的滑膜细胞（FLS）群体对共享基因集表现出相对较高的表达评分。通过对共享的DEGs和选定的共表达模块基因进行交集分析，确定了四个候选基因：VAMP2、HRAS、GRN和BGN。外部数据集表明，在RA中VAMP