摘要
RNA结合蛋白（RBPs）是转录后基因表达的关键调控因子，它们协调诸如剪接、mRNA运输、翻译调控和mRNA降解等关键过程。RBPs的磷酸化对于调控机制至关重要，它介导了细胞外信号如何控制细胞内信号传导和细胞决策。在这项研究中，基于质谱的磷酸蛋白质组数据被系统地整合和协调，并应用了Fisher精确检验（p值 < 0.05）来量化一组选定的RNA结合蛋白（HNRNPM、SLU7和SRSF5）中磷酸化位点对之间的共差异磷酸化现象。对于每一对磷酸化位点，数据在超过800个磷酸化谱分析和200个差异磷酸化数据集中进行了对比，确定了占所有观察到的磷酸化事件75%以上的主要共差异磷酸化模式。在HNRNPM、SLU7和SRSF5 RNA结合蛋白中识别出了主要的磷酸化热点。高置信度的磷酸化位点对通过二级过滤器进行了进一步筛选，得出了与mRNA和可变剪接功能相关的一组关键关系。由于RNA结合活性是由RNA结合结构域（RBDs）介导的，因此将共差异调节的磷酸化位点映射到了RBDs上，并从实验、半实验和预测来源中鉴定出了调节这些磷酸化的上游激酶。总体分析证实了RBPs通过其RBDs被上游激酶磷酸化，进而通过一个保守的共差异磷酸化网络来调节mRNA和可变剪接。经过进一步验证，这些数据为识别研究mRNA剪接和RNA结合活性的相关靶点和标记物提供了一个平台，这对RNA加工至关重要。
