OmicsBridge：多组学数据集整合与可视化平台的开发与案例研究

《Bioinformatics Advances》：OmicsBridge: A Shiny-based Interface for Bridging Omics Datasets and Exploring Clinical Relevance

　　

摘要

背景

如今，在各种生物学条件下都会常规生成全面的组学数据集，包括在没有专门生物信息学支持的实验室中。当这些数据集被整合并一起进行分析时，可以揭示具有生物学意义的关系和潜在临床相关性的分子靶点。然而，高效整合和探索这些数据集通常需要先进的计算工作流程。许多现有工具都是针对单一组学分析进行优化的，或者要求用户为每次分析重新上传数据集，随着数据集的不断增加，这变得越来越耗时且效率低下。

结果

我们开发了OmicsBridge，这是一个直观且用户友好的平台，可用于整合和可视化不同的组学数据集。OmicsBridge支持超过50种可视化和分析模块，帮助研究人员识别具有功能和临床相关性的基因，并生成假设。它还充当一个中央数据库，实现高效的数据存储和检索，减少了重复的数据上传，提高了数据可访问性和工作流程效率。作为一个案例研究，我们使用OmicsBridge来识别T细胞趋化因子CXCL10表达的病理生理相关分子决定因素，探索其潜在机制，并通过多组学整合来评估它们与癌症患者预后的关联。

可用性和实施

OmicsBridge是免费提供的，并且与平台无关。可以在https://omicsbridge.dkfz.de访问演示网页界面，用于本地部署的R/Shiny源代码可以在https://github.com/htsmto/OmicsBridge获取。