跨物种赖氨酸乳酰化数据库 KlaDB 的构建与特征分析

《BMC Bioinformatics》：KlaDB: a multi?species database of protein Lysine Lactylation with benchmarking of prediction models

【字体：大中小】 时间：2026年11月08日 来源：BMC Bioinformatics 4.4

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　　摘要赖氨酸乳酰化（Kla）是一种由乳酸衍生的赖氨酸翻译后修饰（PTM），它已成为细胞代谢与基因调控之间的重要机制接口。Kla参与了多种生物学过程，包括肿瘤发生、免疫调节、炎症以及植物的生长发育。高分辨率质谱（MS）蛋白质组学的进步使得越来越多的Kla位点被识别出来。然而，目前仍缺

摘要

赖氨酸乳酰化（Kla）是一种由乳酸衍生的赖氨酸翻译后修饰（PTM），它已成为细胞代谢与基因调控之间的重要机制接口。Kla参与了多种生物学过程，包括肿瘤发生、免疫调节、炎症以及植物的生长发育。高分辨率质谱（MS）蛋白质组学的进步使得越来越多的Kla位点被识别出来。然而，目前仍缺乏一个专门且全面的赖氨酸乳酰化资源库。在此，我们推出了KlaDB——一个手工整理的赖氨酸乳酰化数据库，其中包含了来自九种物种的64,072个实验验证的Kla位点。KlaDB提供了一个用户友好且交互式的网页界面，用户可以直观地浏览、搜索并检索每个Kla事件的位点级信息。基于这些整理好的数据，我们进一步进行了跨物种基序分析和背景校正的富集分析，发现了富含赖氨酸的侧翼区域以及不同数据集之间的局部序列模式差异。此外，我们在一个标准化的基准测试框架下系统地比较了四种已发表的Kla位点预测模型。通过将实验验证的Kla位点与标准化模型进行整合，KlaDB为乳酰化研究社区提供了宝贵的资源，并将有助于未来对Kla的生物学功能及其调控机制的研究。该数据库可通过https://kladb.wuxl-group.com公开访问。