整合网络药理学和转录组学分析认为CCR1和C5AR1是关?三七皂苷与缺血性中风相关药物共同作用的潜在血栓炎症靶点

《Journal of Molecular Neuroscience》：Integrative Network Pharmacology and Transcriptomic Analysis Prioritizes CCR1 and C5AR1 as Candidate Thromboinflammatory Targets Shared by Panax notoginseng Saponins and Stroke-Relevant Drugs in Ischemic Stroke

摘要

血栓炎症是缺血性中风（IS）后继发性脑损伤的核心病理过程。人参皂苷（PNS）具有多效的抗炎、抗血栓和血管保护作用，但PNS相关药理作用与中风相关传统药物之间的分子机制联系尚未完全阐明。我们整合了网络药理学、大规模转录组数据集、单细胞RNA测序、调控网络分析及基于结构的分子对接技术，以筛选出PNS与16种中风相关药物共有的潜在靶点。将预测的药物和PNS靶点与缺血性中风相关的差异表达基因（DEGs）进行交叉分析，随后进行网络分析、独立数据集表达评估、基因集富集分析（GSEA）、转录因子（TF）预测及共表达分析、髓系细胞亚群分型，并利用GNINA对接技术进行研究。最终确定了79个共同的预测药理靶点和10个与疾病相关的候选基因：ITK、CDK2、C5AR1、VDR、S1PR2、KIF11、CCR1、FAP、PRKCD和MAOA。CCR1和C5AR1因其在多个数据集中具有较高的网络连通性，并且与血栓炎症途径存在强关联而被优先考虑。在GSE56267研究中，BATF2和SPI1的表达与CCR1和C5AR1呈正相关。髓系细胞亚群分析显示，C5ar1广泛存在于与中风相关的小胶质细胞及单核/巨噬细胞中，而CCR1则主要分布于激活的炎症细胞和浸润性髓系细胞中。对所有14个网络定义的受体-配体系统进行的GNINA对接分析发现，有5个复合物的对接亲和力得分在-8.06至-10.94 kcal/mol之间（其中人参皂苷Rd和Re与CCR1结合；人参皂苷R1、Rg1和Rd分别与C5AR1结合）。综合这些分析结果，CCR1和C5AR1被确定为PNS相关药理作用与中风相关药理作用共有的关键节点。这些发现仅为假设提供依据，并未证实两者之间存在药理协同作用、直接受体耦合或因果治疗机制。

血栓炎症是缺血性中风（IS）后继发性脑损伤的核心病理过程。人参皂苷（PNS）具有多效的抗炎、抗血栓和血管保护作用，但PNS相关药理作用与中风相关传统药物之间的分子机制联系尚未完全阐明。我们整合了网络药理学、大规模转录组数据集、单细胞RNA测序、调控网络分析及基于结构的分子对接技术，以筛选出PNS与16种中风相关药物共有的潜在靶点。将预测的药物和PNS靶点与缺血性中风相关的差异表达基因（DEGs）进行交叉分析，随后进行网络分析、独立数据集表达评估、基因集富集分析（GSEA）、转录因子（TF）预测及共表达分析、髓系细胞亚群分型，并利用GNINA对接技术进行研究。最终确定了79个共同的预测药理靶点和10个与疾病相关的候选基因：ITK、CDK2、C5AR1、VDR、S1PR2、KIF11、CCR1、FAP、PRKCD和MAOA。CCR1和C5AR1因其在多个数据集中具有较高的网络连通性，并且与血栓炎症途径存在强关联而被优先考虑。在GSE56267研究中，BATF2和SPI1的表达与CCR1和C5AR1呈正相关。髓系细胞亚群分析显示，C5ar1广泛存在于与中风相关的小胶质细胞及单核/巨噬细胞中，而CCR1主要分布于激活的炎症细胞和浸润性髓系细胞中。对所有14个网络定义的受体-配体系统进行的GNINA对接分析发现，有5个复合物的对接亲和力得分在-8.06至-10.94 kcal/mol之间（其中人参皂苷Rd和Re与CCR1结合；人参皂苷R1、Rg1和Rd分别与C5AR1结合）。综合这些分析结果，CCR1和C5AR1被确定为PNS相关药理作用与中风相关药理作用共有的关键节点。这些发现仅为假设提供依据，并未证实两者之间存在药理协同作用、直接受体耦合或因果治疗机制。