综述：将PCR技术与测序技术结合用于识别经福尔马林固定处理后的组织中的致病真菌：一项旨在寻找实用组织分子学解决方案的系统评价

《Virchows Archiv》：Integrating PCR and sequencing for the identification of pathogenic fungi on formalin-fixed tissues: a systematic review toward a pragmatic histomolecular solution

摘要

尽管组织病理学是诊断侵袭性真菌感染的黄金标准，但形态学分析无法提供准确的属和/或种鉴定结果。由于需要这种具体鉴定才能开具抗真菌治疗方案，因此在实际操作中，对于经福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）的组织进行真菌鉴定时实施分子技术至关重要，尤其是在标本未能同时送至真菌学实验室的情况下。然而，这些方法和程序仍然存在差异。本系统评价（PROSPERO: CRD420261420594）的目的是从文献中收集数据，以支持未来在FFPE组织真菌鉴定诊断实践方面的标准化工作。在MEDLINE-PubMed和Google Scholar上找到的1,550篇记录中，有57项研究被纳入分析。其中32项研究探讨了在FFPE组织上使用针对特定真菌的PCR技术（共检测了1,421个FFPE样本），27项研究使用了泛真菌PCR技术后结合Sanger测序（共检测了1,647个FFPE样本），10项研究采用了靶向下一代测序/大规模并行测序（NGS/MPS）或非靶向宏基因组学技术（共检测了408个FFPE样本；有些研究同时 report了几种技术）。根据分析前、组织病理学和分子标准，这些技术的敏感性和特异性得到了报告和讨论。每种技术的优势与局限性也被阐述。虽然针对特定真菌的PCR技术应用广泛且灵敏度高，但基于测序的技术具有更广泛的鉴定范围。最后，由于组织切片的污染以及样本中存在微生物群中的真菌，分子鉴定结果应始终与致病真菌的形态学特征相结合，以确保准确可靠的整合组织分子诊断。

尽管组织病理学是诊断侵袭性真菌感染的黄金标准，但形态学分析无法提供准确的属和/或种鉴定结果。由于需要这种具体鉴定才能开具抗真菌治疗方案，因此在实际操作中，对于经福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）的组织进行真菌鉴定时实施分子技术至关重要，尤其是在标本未能同时送至真菌学实验室的情况下。然而，这些方法和程序仍然存在差异。本系统评价（PROSPERO: CRD420261420594）的目的是从文献中收集数据，以支持未来在FFPE组织真菌鉴定诊断实践方面的标准化工作。在MEDLINE-PubMed和Google Scholar上找到的1,550篇记录中，有57项研究被纳入分析。其中32项研究探讨了在FFPE组织上使用针对特定真菌的PCR技术（共检测了1,421个FFPE样本），27项研究使用了泛真菌PCR技术后结合Sanger测序（共检测了1,647个FFPE样本），10项研究采用了靶向下一代测序/大规模并行测序（NGS/MPS）或非靶向宏基因组学技术（共检测了408个FFPE样本；有些研究同时报告了几种技术）。根据分析前、组织病理学和分子标准，这些技术的敏感性和特异性得到了报告和讨论。每种技术的优势与局限性也被阐述。虽然针对特定真菌的PCR技术应用广泛且灵敏度高，但基于测序的技术具有更广泛的鉴定范围。最后，由于组织切片的污染以及样本中存在微生物群中的真菌，分子鉴定结果应始终与致病真菌的形态学特征相结合，以确保准确可靠的整合组织分子诊断。