基于增强子区域甲基化状态的胃癌分层及其对转录调控的影响

《International Journal of Cancer》：Stratification of Gastric Cancer Based on Methylation Status of Enhancer Regions and Effects on Transcriptional Regulation

摘要

EB病毒（EBV）阳性的胃癌（EBV(+) GC）在基因启动子区域表现出广泛的DNA甲基化。EBV感染诱导的DNA甲基化通过沉默肿瘤抑制基因来促进癌变。尽管增强子区域的异常DNA甲基化也可能促进癌变，但其影响尚未完全阐明。因此，我们使用Infinium MethylationEPIC BeadChip阵列对临床样本（包括胃癌和正常胃黏膜）进行了DNA甲基组分析，以评估增强子区域的表观基因组。我们根据增强子区域的甲基化状态将胃癌病例分为三个亚群；EBV(+)胃癌样本被归类为甲基化最严重的亚群。我们在EBV(+)胃癌中发现了启动子未甲基化但增强子异常甲基化的基因。这些甲基化基因包括肌醇多磷酸-5-磷酸酶A（INPP5A），该基因与磷脂酰肌醇3-激酶/Akt信号通路及细胞增殖和存活相关，在EBV(+)胃癌中的表达水平低于正常黏膜和其他胃癌样本。我们在体外用EBV感染了永生化胃上皮细胞系GES1，并证明了INPP5A增强子区域的异常DNA甲基化及其表达下调。这些发现表明，EBV(+)胃癌在增强子区域表现出特定的DNA甲基化特征，且EBV感染可能导致增强子区域的异常DNA甲基化，从而干扰癌症相关基因的表达。

图形摘要

利益冲突

作者声明没有利益冲突。

数据可用性声明

本研究使用的公开数据集的来源和处理方法在支持信息和方法部分（补充表S2）中有详细描述。本研究生成的ChIP-seq和Infinium MethylationEPIC BeadChip数据可在GEO数据库中以访问号GSE343237获取。如需更多关于本研究结果的信息，可联系相应作者。