基于血浆全基因组 5hmC 谱分析自身免疫性疾病与阑尾肿瘤的表观遗传学关联

《Scientific Reports》：Prevalence of autoimmune disease and associated 5-hydroxymethylcytosine cell-free DNA patterns in appendiceal neoplasms

摘要

自身免疫性疾病（AID）与患胃肠道癌症的风险增加有关，但其与阑尾肿瘤（AENs）之间的关联尚未得到充分研究。我们对179名AEN患者进行了多机构回顾性分析，发现其中44人（24.6%）有自身免疫性疾病史，最常见的是桥本甲状腺炎（14.0%）。5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）是一种参与基因调控和免疫功能的表观遗传标记物，在研究肿瘤生物学方面具有很大潜力。我们使用Nano-hmC-Seal技术分析了68名患者的血浆样本，从 cfDNA 中生成了全基因组的5hmC谱型。基于名义p值和效应大小阈值，分析确定了AID患者与非AID患者之间58个差异性羟甲基化区域（DhMRs）和80个差异性羟甲基化基因（DhMGs）。这些基因包括多个原癌基因、抑癌基因，如MNT、FYN、ERG和KAT6B。通过对差异性羟甲基化区域或基因的功能途径分析，发现自身免疫性疾病患者存在免疫相关途径和癌基因途径的显著羟甲基化现象，其中包括IgA产生的肠道免疫网络、高亲和力IgE受体FcεRI以及MAPK和ErbB信号通路。这些发现表明，自身免疫状况可能导致阑尾癌具有独特的表观遗传特征，为进一步探讨肿瘤发生的免疫介导机制提供了依据。