BactFlow：集成多种测序策略的细菌基因组组装与分析开源平台

《BMC Bioinformatics》：BactFlow: a graphical workflow for bacterial genome assembly and annotation

摘要

背景

细菌基因组重建越来越多地采用短读长读和混合测序策略。然而，协调这些数据类型的读段处理、基因组组装、质量评估及后续分析需要相当深入的生物信息学知识。

结果

我们开发了 BactFlow（https://github.com/farhadm1990/bactflow），这是一个开源的交互式应用程序，用于细菌单分离株的基因组组装及后续分析。它支持 Nanopore 和 PacBio 的长读数据、Illumina 的短读数据，以及用于混合组装的 Nanopore-Illumina 数据。一个统一的本地浏览器界面整合了读段处理和质量评估、基因组组装及组装后分析，并提供运行状态监控功能。BactFlow 结合了基因组质量评估、分类鉴定、基因注释、质粒预测和交互式基因组可视化功能。我们使用公开的 Nanopore、Illumina 和 PacBio 数据集，以及 Nanopore-Illumina 混合数据集，展示了四种组装方法。

结论

在 Linux 上完成初始设置后，可以通过 Docker、Apptainer/Singularity 或 Conda 用单个命令行启动 BactFlow。用户可以通过用户界面（UI）配置和运行分析，而无需手动调用每个生物信息学工具。该集成界面支持多种测序策略下的细菌分离株基因组分析。