“Check My Sample Sheet"：Illumina 测序样本表验证与错误预防的 Web 工具

《BMC Bioinformatics》：Check my sample sheet: a web application for validating illumina sample sheets before demultiplexing

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摘要

背景

正确配置Illumina测序运行对于确保成功结果至关重要，样本表作为其中的关键组成部分，用于汇总样本元数据。准确的多路复用和下游分析在很大程度上依赖于样本表的正确性。为了解决这一需求，验证样本表就变得十分必要，以防止测序过程中出现错误。

结果

我们开发了一个基于浏览器的Web应用程序，使用Streamlit构建，并集成了Sequana Python库中的IEM Python模块，对Illumina样本表进行全面的完整性检查。该应用程序允许用户通过一个无需安装的简单界面上传或粘贴样本表文件，自动执行验证检查。这些检查会评估关键参数，如样本重复性、一致性和对Illumina格式标准的遵守情况。

结论

HierHGT-DTI提供了一个有效的多尺度关系感知框架，用于冷启动DTI预测。 “Check My Sample Sheet” Web应用程序使用户能够预先检测并解决样本表中的潜在问题，从而减少错误并提高测序结果。该应用程序支持传统的bcl2fastq（v1）和较新的bclconvert（v2，BCL Convert）样本表格式，并能自动识别版本。此外，该应用程序的开源特性支持扩展性，使其能够适应特定的工作流程需求。

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背景

正确配置Illumina测序运行对于确保成功结果至关重要，样本表作为其中的关键组成部分，用于汇总样本元数据。准确的多路复用和下游分析在很大程度上依赖于样本表的正确性。为了解决这一需求，验证样本表就变得十分必要，以防止测序过程中出现错误。

结果

我们开发了一个基于浏览器的Web应用程序，使用Streamlit构建，并集成了Sequana Python库中的IEM Python模块，对Illumina样本表进行全面的完整性检查。该应用程序允许用户通过一个无需安装的简单界面上传或粘贴样本表文件，自动执行验证检查。这些检查会评估关键参数，如样本重复性、一致性和对Illumina格式标准的遵守情况。

结论

HierHGT-DTI提供了一个有效的多尺度关系感知框架，用于冷启动DTI预测。 “Check My Sample Sheet” Web应用程序使用户能够预先检测并解决样本表中的潜在问题，从而减少错误并提高测序结果。该应用程序支持传统的bcl2fastq（v1）和较新的bclconvert（v2，BCL Convert）样本表格式，并能自动识别版本。此外，该应用程序的开源特性支持扩展性，使其能够适应特定的工作流程需求。

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