个体癌症中 miRNA-基因关联与细胞毒性活性的重复性及细胞成分敏感性研究

《Cancer Immunology, Immunotherapy》：Recurrent microRNA–gene associations with tumour cytolytic activity and their sensitivity to immune composition

摘要

背景

细胞毒性活性（CYT）来源于颗粒酶A和 perforin 1 的表达，反映了细胞的杀伤性免疫活性，但会受到组织成分的影响。

目的

识别与个体癌症中的细胞毒性活性（CYT）相关的重复出现的微小RNA（miRNA）-基因关联，并评估其依赖于细胞环境的程度及其重复性。

方法

分析了《癌症基因组图谱》（The Cancer Genome Atlas）中31种癌症类型共9,286个原发肿瘤的匹配表达数据和临床数据；在20种符合条件的癌症中，使用了共识纯度估计值（7,523个肿瘤的数据进行了纯度校正）。这些配对要求miRNA-CYT、miRNA-基因以及基因-CYT之间的关联在相同癌症中的|ρ|≥0.30且假发现率<0.05，并且在至少三种癌症中均满足这一条件。对确定的配对进行了细胞成分敏感性评估，并与相关匹配的非靶控组进行了对比，随后在一个独立的乳腺癌队列中进行了验证；生存分析、条件分析和聚类分析均为探索性研究。

结果

共有47个配对符合标准，涉及6种microRNA和40个基因。这些关联在不同癌症间的表现存在差异；在经过T细胞校正后，没有一个可评估的配对能够保持其相关性；经过校正后，也没有任何一个配对的表现优于相关匹配的非靶控组。通过细胞成分检查，保留了31个配对-癌症-群体组合，这些组合代表了19个真实的关联。所有47个配对在101个外部乳腺癌样本中均满足了三臂关联性和效应大小的标准；经过外显子纯度校正后，这一比例提高至96%。在47个配对中，方向性与未经校正的《癌症基因组图谱》乳腺癌数据一致；在46个配对中，方向性与纯度校正后的数据也一致。

结论

在其中一个外部乳腺癌队列中，重复出现的免疫相关表达模式具有可重复性。由于存在细胞成分的敏感性以及匹配控制组的存在，因此无法断定这些关联具有直接的靶向作用；其因果机制和临床应用价值仍有待进一步确定。

背景

细胞毒性活性（CYT）来源于颗粒酶A和perforin 1的表达，反映了细胞的杀伤性免疫活性，但会受到组织成分的影响。

目的

识别与个体癌症中的细胞毒性活性（CYT）相关的重复出现的微小RNA（miRNA）-基因关联，并评估其依赖于细胞环境的程度及其重复性。

方法

分析了《癌症基因组图谱》中31种癌症类型共9,286个原发肿瘤的匹配表达数据和临床数据；在20种符合条件的癌症中，使用了共识纯度估计值（7,523个肿瘤的数据进行了纯度校正）。这些配对要求miRNA-CYT、miRNA-基因以及基因-CYT之间的关联在相同癌症中的|ρ|≥0.30且假发现率<0.05，并且在至少三种癌症中均满足这一条件。对确定的配对进行了细胞成分敏感性评估，并与相关匹配的非靶控组进行了对比，随后在一个独立的乳腺癌队列中进行了验证；生存分析、条件分析和聚类分析均为探索性研究。

结果

共有47个配对符合标准，涉及6种microRNA和40个基因。这些关联在不同癌症间的表现存在差异；在经过T细胞校正后，没有一个可评估的配对能够保持其相关性；经过校正后，也没有任何一个配对的表现优于相关匹配的非靶控组。通过细胞成分检查，保留了31个配对-癌症-群体组合，这些组合代表了19个真实的关联。所有47个配对在101个外部乳腺癌样本中均满足了三臂关联性和效应大小的标准；经过外显子纯度校正后，这一比例提高至96%。在47个配对中，方向性与未经校正的《癌症基因组图谱》乳腺癌数据一致；在46个配对中，方向性与纯度校正后的数据也一致。

结论

在其中一个外部乳腺癌队列中，重复出现的免疫相关表达模式具有可重复性。由于存在细胞成分的敏感性以及匹配控制组的存在，因此无法断定这些关联具有直接的靶向作用；其因果机制和临床应用价值仍有待进一步确定。