靶向 panel 深度测序在 375 例节段性过度生长与血管畸形患者中的诊断率及变异谱:对 panel 设计与分子检测策略的启示

《International Journal of Molecular Sciences》:Diagnostic Yield and Variant Spectrum in 375 Patients with Segmental Overgrowth and Vascular Malformations: Implications for Panel Design and Molecular Testing Strategies

【字体: 大 中 小 】 时间:2026年11月13日 来源:International Journal of Molecular Sciences 5.6

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  节段性过度生长与血管畸形构成一组由调控细胞生长、增殖及血管生成的基因发生受精后(postzygotic)变异所致的疾病。其中特征最为明确的是 PIK3CA 相关过度生长谱(PIK3CA-related overgrowth spectrum, PROS),该谱

节段性过度生长与血管畸形构成一组由调控细胞生长、增殖及血管生成的基因发生受精后(postzygotic)变异所致的疾病。其中特征最为明确的是 PIK3CA 相关过度生长谱(PIK3CA-related overgrowth spectrum, PROS),该谱系包含共享 PIK3CA 基因变异的多种综合征。除 PIK3CA 外,所涉基因在机制上分为功能获得型(GNAQ、GNA11、TEK、AKT1、AKT3、MTOR、PIK3R1)与功能缺失型(RASA1、GLMN、PTEN)致病变异两组。目前尚不明确的是,在常规实践中分子诊断的实际达成效率如何,以及该效率如何取决于转诊时的临床诊断。通过对节段性过度生长和/或血管畸形患者进行靶向 panel 深度测序,研究人员在 375 例成功检测的患者中的 266 例中鉴定出至少一个致病/可能致病(pathogenic/likely pathogenic, P/LP)遗传变异,总体诊断率为 70.9%。孤立性过度生长患者的诊断率为 63.5%(148 例中 94 例),孤立性血管畸形患者为 75.0%(148 例中 111 例),合并性或综合征性表型患者为 77.2%(79 例中 61 例)。所鉴定的 277 个 P/LP 变异分布于 17 个基因;PIK3CA 占 141 个变异(50.9%),GNAQ 占 44 个(15.9%),TEK 占 31 个(11.2%),RASA1 占 15 个(5.4%),GNA11 占 11 个(4.0%);上述五个基因合计占全部变异的 87.4%。变异谱高度集中:最常见的十个变异占 P/LP 变异的 57.0%,其中 GNAQ 变异 p.Arg183Gln 占 15.2%,PIK3CA 热点变异 p.Glu542Lys 占 8.7%、p.Glu545Lys 占 6.9%、p.His1047Arg 占 7.6%。在若干基因中,变异局限于特定区域:GNAQ 与 GNA11 的变异局限于第 183 与第 209 两个密码子(占全部检出变异的 98.2%),TEK 的变异则局限于 3′端。结合转诊诊断综合考量,变异的分布、其等位基因分数及其致病机制提示了相应的分子检测策略。
研究背景方面,节段性过度生长与血管畸形是一组罕见的先天性疾患,以某一特定身体部位的组织过度生长、血管或淋巴管发育异常或二者并存为特征,其表型范围从单一病灶或小面积毛细血管斑到累及皮肤、软组织及内脏的多部位病变不等,这种变异性由体细胞嵌合(somatic mosaicism)所致,即由单一受精卵衍生出两个或以上遗传学上不同的细胞群体;多数情况下致病变异并非遗传而来,而是发生于受精后胚胎发育的某一单细胞中,仅存在于该细胞的后代中,变异发生的时间、突变细胞的分布及其比例共同决定受累器官与表型严重程度。所涉基因多属于 PI3K–AKT–mTOR、RAS–MAPK 及 Gαq/11 信号通路,多数变异增强上述通路信号传导。其中特征最明确者为 PROS,涵盖既往多个独立综合征,临床表现从孤立性血管畸形或局限性过度生长病灶到 CLOVES 综合征、MCAP 综合征、Klippel–Trenaunay 综合征及纤维脂肪性血管异常等严重且常致残的疾病。除 PIK3CA 外,所涉基因在机制上分为两组:功能获得型变异(如 GNAQ、GNA11 致毛细血管畸形与 Sturge–Weber 综合征,TEK 致静脉畸形,以及 AKT1、AKT3、MTOR、PIK3R1 等 PI3K–AKT–mTOR 通路组分所致过度生长表型)多发生于受精后、局限于病灶且等位基因分数常较低;功能缺失型(RASA1 致毛细血管畸形–动静脉畸形综合征、GLMN 致血管球静脉畸形、PTEN 致错构瘤综合征)则通常首个变异为生殖系杂合变异,随后在受累组织发生第二次体细胞事件。嵌合性疾病的分子诊断在临床与技术层面均较生殖系疾病更为困难:临床上单凭体格检查常不足以确定病灶性质,需影像学乃至组织学检查;实验室层面则面临三重问题,即变异主要存在于受累组织、血液中通常检测不到而需病灶活检,受累组织中变异等位基因频率(variant allele frequency, VAF)常低于 10% 而要求检测方法足够灵敏,以及用于变异解读的 ACMG/AMP 标准系针对生殖系变异制定、群体频率与共分离数据无法同样适用,而针对体细胞变异的规范目前仅覆盖有限基因与表型。近年来靶向治疗的引入改变了这一局面:选择性 PI3Kα 抑制剂 Alpelisib 于 2022 年加速获批用于需全身治疗的严重 PROS 表现且年龄≥2 岁患者,MEK 抑制剂在 RAS–MAPK 通路变异所致动静脉畸形治疗中显示良好前景,因此所涉基因决定是否存在靶向治疗机会;分子检测对遗传咨询亦很重要,因少数患者携带生殖系而非纯体细胞变异,其亲属亦可能面临风险。目前尚不明确的是常规实践中分子诊断的实际达成效率及其与转诊临床诊断的关系,故研究人员对 375 例因节段性过度生长和/或血管畸形转诊的患者开展靶向 panel 深度测序,目的在于确定致病(P)与可能致病(LP)变异的检出率(总体及按转诊诊断分层),并刻画所检出变异在基因分布、类型与推定机制及等位基因分数方面的特征。研究结果显示,靶向 24 基因 panel 测序在 375 例成功检测患者中的 266 例建立了分子诊断(70.9%,95% CI 66.1–75.3),在全部 381 例转诊患者中为 69.8%,该估计值处于既往报道的 41%–75% 区间上部;诊断率在孤立性过度生长组为 63.5%、孤立性血管畸形组为 75.0%、合并性或综合征性表型组为 77.2%,在患者数≥10 的 14 种转诊诊断中范围为 25.0%–84.6%,以毛细血管–静脉畸形、淋巴管畸形、Sturge–Weber 综合征及动静脉畸形最高,而以孤立性偏侧过度生长、局限性过度生长及未分类血管畸形这三类以描述性而非疾病学方式定义的类别最低。所鉴定的 277 个 P/LP 变异分布于 panel 24 个基因中的 17 个,PIK3CA 占 141 个(50.9%)、GNAQ 44 个(15.9%)、TEK 31 个(11.2%)、RASA1 15 个(5.4%)、GNA11 11 个(4.0%),五者合计 87.4%;其余 12 个基因各含 1–7 个变异。14 例患者各携带两个变异,其中 11 例两个变异位于同一基因(TEK、RASA1、PIK3CA、GLMN 与 PTEN),另 3 例位于不同基因,分别为 PIK3CA p.Glu545Ala 合并 GNA11 p.Gln209His、GNAQ p.Arg183Gln 合并 BRAF p.Val600Glu、GNAQ p.Gln209Arg 合并 KRAS p.Gln61His,各例两个变异很可能为独立的受精后事件。277 个 P/LP 变异对应 92 个独特变异,变异谱高度集中,最常见的十个变异占 57.0%,单一变异 GNAQ c.548G>A p.Arg183Gln 即占 15.2%;错义变异占多数(235 个,84.8%),其后为无义变异(20 个,7.2%)、框内插入缺失(10 个,3.6%)、移码变异(8 个,2.9%)及影响剪接位点的变异(4 个,1.4%),这一分布源于其内在机制,即 277 个变异中的 253 个(91.3%)位于功能获得致病的基因中,此类疾病仅特定位置的特定置换才具激活作用;全部截短变异均局限于 RASA1、PTEN、GLMN 及 TEK 的 3′羧基端区域。在基因内定位方面,占比最高的四个基因其变异沿编码序列的分布差异显著:144 个 PIK3CA 变异(141 个 P/LP 与 3 个意义不明变异(variant of uncertain significance, VUS))累及 27 个不同密码子,热点变异(第 542、545 或 1047 密码子)占 74 例(51.4%),约半数变异位于热点密码子之外,变异分布于 p110α(UniProt P42336)各蛋白结构域,以螺旋结构域(53 个,36.8%)、激酶结构域(42 个,29.2%)与 C2 结构域(29 个,20.1%)为主,Ras 结合结构域未见变异,且含≥5 个变异的各结构域间以及热点与非热点密码子间的 VAF 中位数无差异(分别为 7% 与 9%)。与之相反,GNAQ 与 GNA11 的变异几乎完全局限于两个密码子,55 个变异中 54 个(98.2%)累及第 183 或第 209 密码子,其中 GNAQ c.548G>A p.Arg183Gln 占 44 例 GNAQ 中的 42 例,GNA11 c.547C>T p.Arg183Cys 占 11 例 GNA11 中的 10 例。31 个 TEK 变异对应 13 个独特变异并形成两个截然分开的簇:第一簇 21 个(67.7%)位于激酶结构域第 849、897、914 与 918 密码子,均为错义置换,单一变异 c.2740C>T p.Leu914Phe 即占 13 例(41.9%);第二簇 10 个(32.3%)位于基因 3′端第 1105 至 1116 密码子之间,包含 TEK 中全部截短变异;截短变异局限于末个外显子这一现象本身具有提示意义,因功能缺失变异本应沿基因分布,而所观察到的聚集与羧基端抑制区丢失进而导致受体功能获得相一致,这也是对这些变异应用 PS_Reg 标准的依据;4 例患者各携带两个 TEK 变异,其中 2 例的两个变异可被单条测序读长跨越并经比对读长检视证实为顺式(in cis),另 2 例相位无法确定,这些观察与散发性静脉畸形的已发表数据一致。在等位基因分数与推定变异来源方面,两类机制基因的 VAF 存在本质差异:253 个功能获得型基因变异的中位 VAF 为 6.0%(IQR 4.0–11.5;范围 2–50%),其中 175 个(69.2%)低于 10%,仅 4 个(1.6%)≥40%,且各基因间分布不同(Kruskal–Wallis,p = 3.5 × 10?9),以 GNA11(3%,IQR 3–5)与 GNAQ(4%,IQR 3–5)最低,TEK(5%,IQR 4–8)与 KRAS(4%,IQR 3–8)居中,PIK3CA(8%,IQR 5–19)最高,这些发现与多数病例的受精后体细胞来源相一致;该组中 4 个 VAF≥40% 的变异需单独考量,其中 TEK p.Arg849Trp(43%,静脉畸形患者,即家族性皮肤黏膜静脉畸形中最初描述的变异)与 PIK3R2 p.Gly373Arg(50%,巨脑–多小脑回–多指–脑积水综合征患者,其激活变异常以生殖系嵌合形式出现)被视为推定生殖系变异,另 2 例为同一 PIK3CA p.Glu453Lys 变异(VAF 分别为 45% 与 40%,PROS 患者),因激活型 PIK3CA 变异的体质性来源少见,这两项发现同样可能代表高水平体细胞嵌合,由于未行外周血配对分析,上述 4 个变异的来源均为推定。RASA1、PTEN 与 GLMN 变异在 21 例患者中被鉴定(含 1 例仅检出 RASA1 p.Ile821Lys 且分类为 VUS 者),按 VAF 可分为四种模式:9 例为单一变异且等位基因频率约 50%,符合体质性变异,受累组织中未检出第二个变异;4 例为约 50% 的变异伴同基因内另一低频变异,符合体质性首个变异继以体细胞二次事件;另 2 例为同基因内两个低频变异(RASA1 4% 与 6%;PTEN 13% 与 12%),符合受累组织内两次体细胞事件,其中 1 例两个 PTEN 变异可被单条读长跨越并证实为反式(in trans),确认双等位基因体细胞失活;其余 6 例均为 RASA1 单一低频变异(4–14%)且未检出第二个变异;由于未平行分析外周血,约 50% 的等位基因频率仅为体质性来源的间接指标而非直接证据,1 例单一 PTEN 变异(50%)者唯一可用样本即为外周血,支持其体质性来源;另有 1 个家系中母女二人均因 Klippel–Trenaunay 综合征转诊并均携带 RASA1 p.Ser122Ter(等位基因频率 50%),其体质性来源经传递得以确立,女儿活检样本中另携带 3% 的第二个 RASA1 VUS。在低水平变异的独立验证方面,33 例患者的样本接受了重复检测,其中 27 份样本在两个平台上测序(含 19 例变异 VAF≤5% 者与 8 例无变异者),全部结果在第二平台上重现;另 6 例患者在 DNA 重新提取后新建文库,全部变异均获重现;其余低水平变异依据方法部分所述标准予以接受而未行独立验证。在 VUS 方面,284 个变异中 7 个(2.5%)分类为意义不明,各见于单一患者,其中 4 例该变异为唯一发现(PIK3CA c.320A>T p.Asn107Ile、PIK3CA c.374T>A p.Val125Glu、RASA1 c.2462T>A p.Ile821Lys、MTOR c.3554G>T p.Gly1185Val),另 3 例 VUS 与同基因 P/LP 变异并存(GLMN c.735+5G>A、RASA1 c.2858T>A p.Met953Lys、PIK3CA c.1261_1262delinsAG p.Pro421Arg),末例中该改变与致病变异 c.1252G>A p.Glu418Lys 的 VAF 相同(各 11%)且证实为顺式,二者共同构成一个等位基因上的单一突变事件,记作 c.[1252G>A;1261_1262delinsAG] p.[Glu418Lys;Pro421Arg],由于前者本身即为致病,后者分类不明不影响分子检测结果的解读。技术方法方面,研究纳入 2022 年 9 月至 2026 年 6 月转诊至医学遗传学研究中心实验室、符合纳入标准的 381 例患者,排除 6 例 DNA 质量不足以建库的 FFPE 标本后分析 375 例;纳入标准为符合 PROS 临床诊断标准,或存在按 ISSVA 命名法分类的血管畸形(毛细血管、静脉、淋巴管、动静脉或混合型),且为先天起病或生后最初数年显现,血管瘤不纳入研究谱系;按检测时年龄分为儿童(<18 岁)与成人(≥18 岁),转诊诊断归为孤立性过度生长、孤立性血管畸形及合并性或综合征性表型三组。检测材料为病灶新鲜活检或 FFPE 蜡块,4 例无法取得病灶活检者改检外周血;外周血与新鲜活检 DNA 采用酚–氯仿法提取,FFPE DNA 采用 GeneRead DNA FFPE Kit(Qiagen)提取并含尿嘧啶–N–糖基化酶处理以去除胞嘧啶脱氨产生的尿嘧啶。全部患者均以靶向 panel 检测 24 个与过度生长综合征及血管畸形相关基因的编码区及相邻内含子区(AKT1、AKT2、AKT3、BRAF、CCND2、CDKN1C、GLMN、GNA11、GNA14、GNAQ、HRAS、IDH1、IDH2、KRAS、MAP2K1、MAP3K3、MTOR、NRAS、PIK3CA、PIK3R1、PIK3R2、PTEN、RASA1 与 TEK),测序文库采用 Prep&Seq U-target DNA kit(Parseq Lab)制备;因样本跨数年收集,测序在两个平台上完成,平均覆盖深度不低于 1000×,2025 年 8 月前接收的样本使用 Ion S5(Thermo Fisher Scientific),此后使用 NextSeq(Illumina),27 份样本(含 19 例 VAF≤5% 者与 8 例无变异者)在两个平台上测序且全部结果在第二平台重现。数据分析使用自建 NGSData 流程,读长比对至 GRCh37/hg19 参考基因组;Ion S5 平台采用 Torrent Variant Caller v5.0-3 并采用适配低水平变异的阈值,NextSeq 平台则并行采用 FreeBayes v1.3.2(默认参数,最小替代等位基因分数 5%,可捕获较高分数变异包括推定体质性变异)与 GATK v4.2.6.1 中的 Mutect2(针对低水平变异)并合并两者调用结果,最终最低深度、替代读长计数与链支持在人工审阅阶段确定。每个候选变异均经人工审阅,其接受所需的最低深度与最低替代读长数依据测序误差二项模型、以 1% 误差率与 0.1% 假阳性概率按观察深度推算;变异须获双链读长支持、在同批次其他样本同一位置不高于背景、且经 IGV 2.3.91 目视检查无读长末端与同聚物伪影;FFPE 样本中另以 IGV 目视评估靶区域低水平 C>T/G>A 替换背景,背景升高定义为与候选变异频率相当的多处散在 C>T/G>A 错配,仅在无背景升高的样本中考虑低水平 C>T/G>A 变异。变异按 HGVS 命名法描述,依 ACMG/AMP 2015 标准并尽可能采用 ClinGen 规范分类,辅以 ClinVar 与已发表文献,群体等位基因频率参照 gnomAD v.2.1.1(GRCh37);此外对位于 TEK 3′羧基端的截短变异应用 Zazueta Leon-Quintero 等提出的 PS_Reg(调控)标准,按原提案仅在未预测发生无义介导衰变且同一结构域内既往已独立报告至少 3 个 P/LP 无效变异时以强级别应用。统计学方面,分类变量以计数与百分比报告,比例以 Wilson 法计算 95% 置信区间;连续变量以中位数与四分位距(IQR)报告;比例比较采用 χ2 检验或 2×2 表的 Fisher 精确检验,VAF 比较两组采用 Mann–Whitney 检验、三组及以上采用 Kruskal–Wallis 检验;双侧 p<0.05 视为具有统计学意义;鉴于若干亚组样本量小,全部亚组比较均视为探索性且未行多重检验校正。
在讨论部分,研究人员指出,采用 24 基因 panel 的靶向测序在 375 例成功检测患者中的 266 例(70.9%,95% CI 66.1–75.3)建立了分子诊断,在全部 381 例转诊患者中为 69.8%;7 个变异分类为意义不明(PIK3CA 3 个、RASA1 2 个、GLMN 1 个、MTOR 1 个);已发表系列报道的诊断率介于 41%–75%,本估计值处于该区间上部;本队列规模足以对总体诊断率给出精确估计,并按患者数≥10 的 14 种转诊诊断分别报告诊断率,但这些按诊断分层的诊断率应视为描述性,因转诊诊断反映常规临床实践、其中部分标签描述临床发现而另一些对应已确立的综合征,且若干组样本量小、置信区间宽,无法可靠估计其诊断率。诊断信息性变异可自存档 FFPE 标本成功获得:成功检测的 FFPE 样本诊断率为 80.3%(95% CI 68.7–88.4),计入 6 例质控失败 FFPE 标本后为 73.1%,新鲜活检标本为 69.0%(63.7–73.9),二者 VAF 中位数无差异(7% 与 6%,p = 0.22);既往亦有类似报道,McNulty 等自福尔马林固定材料获得的诊断率最高(71.4%,新鲜组织为 62.4%),但由于各标本类型的转诊诊断分布不同,这些诊断率不可直接比较;此途需两项防范,即分析前须确认 DNA 完整性(降解材料模板过少会产生假阴性结果,本研究中 6 例 FFPE 标本即因此被排除,占接收 FFPE 标本的 9.0%),且低等位基因分数变异须格外谨慎解读,因固定过程中的胞嘧啶脱氨可在恰为关注水平的等位基因分数处产生 C>T 与 G>A 伪影。对 4 例无法取得病灶活检的患者分析了外周血;PIK3CA 变异在血液中较受累组织检出更少且等位基因分数更低,但其中 2 例仍检出低水平 PIK3CA 变异,即 1 例 PROS 婴儿的 p.Glu970Lys(5%)与 1 例孤立性偏侧过度生长患儿的 p.Glu453del(3%),二者既往均曾在 PIK3CA 相关疾病患者血液中被检出,其中 p.Glu453del 见于 1 例 MCAP 患者,p.Glu970Lys 见于 1 例 MCAP 患者并以 3.6% 的等位基因分数见于 1 例 PROS 婴儿。PIK3CA 变异约占本队列全部检出变异的一半(143 例患者中 144 个变异,含 3 个 VUS;50.7%),其中仅 74 个(51.4%)累及第 542、545 或 1047 密码子,此发现与已考察 PIK3CA 突变谱的发表系列一致;围绕少数 PIK3CA 位点设计的检测将漏检本队列中约半数 PIK3CA 阳性患者,因此需要显著宽于常规热点检测的基因覆盖;本队列 PIK3CA 变异的中位 VAF 为 8%(IQR 5–19%),58.3% 低于 10%,此等位基因分数超出 Sanger 测序与标准深度 NGS 的分辨能力,因此高覆盖深度与基因编码区全面覆盖同样必要。GNAQ 与 GNA11 的表现与 PIK3CA 相反:两基因 55 个变异中的 54 个(98.2%)累及第 183 或第 209 密码子,实践中变异谱缩减为两种置换,即 42 例患者的 GNAQ p.Arg183Gln 与 10 例患者的 GNA11 p.Arg183Cys;这些变异集中于因孤立性毛细血管畸形或 Sturge–Weber 综合征转诊的患者,该类 65 例中 48 例(73.8%;95% CI 62.0–83.0)携带 GNAQ 或 GNA11 变异;GNAQ 与 GNA11 的中位 VAF 为 4%,其中 70.9% 低于 5%,因此低等位基因负荷是该表型组的主要技术障碍;综合上述两点观察提示一种可能的表型导向策略,即对因孤立性毛细血管畸形或 Sturge–Weber 综合征转诊的患者,可先以检测下限约 0.1%–1% 的靶向方法(如微滴数字 PCR(droplet digital PCR))检测 GNAQ p.Arg183Gln 与 GNA11 p.Arg183Cys,阴性者再行 panel 测序,如此在这两个位点上可能较 panel 测序更快速、经济且灵敏。TEK 变异形成两个清晰分离的簇:第一簇占据激酶结构域第 849 至 918 密码子,含错义变异,单一置换 p.Leu914Phe 占该基因 31 个变异中的 13 个(41.9%),与其作为散发性静脉畸形中最常报道变异的地位相符;第二簇位于羧基端第 1105 至 1116 密码子之间,含截短变异;实验已证明羧基端缺失可增强自磷酸化、激酶活性及下游信号传导,确立尾部结构的负调控作用,因此尾部截短增强而非消除受体活性,这也是这些变异以 PS_Reg 标准分类的原因;4 例患者各携带两个 TEK 变异,其中 2 例变异距离足够近可被单条测序读长覆盖并证实为顺式,此构型再现了已发表的双 TEK 变异架构,Soblet 等在 29% 的突变阳性病灶中检出顺式双变异。本队列变异等位基因分数的分布界定了诊断检测须达到的灵敏度:277 个 P/LP 变异的中位等位基因分数为 6%(IQR 4–13%),181 个(65.3%)低于 10%,87 个(31.4%)低于 5%;因此仅报告 10% 以上变异的检测将漏检本队列约三分之二的分子诊断,而仅报告 5% 以上者将漏检近三分之一。14 例患者变异等位基因分数约 50%,符合体质性变异,其中 13 例涉及功能缺失基因 RASA1、PTEN 与 GLMN,1 例为见于遗传性皮肤黏膜静脉畸形的 TEK p.Arg849Trp 变异;这些病例的转诊诊断并未提示家族性疾病,尽管其亲属处于风险之中且应行遗传咨询;这些患者中就二次打击模型观察到不同模式,4 例的体质性变异伴同基因低频第二个变异(符合模型预期),其余 9 例未检出体细胞二次打击,另 2 例携带的两个变异均为低频,提示无体质性成分的两次体细胞事件,其中 1 例两个 PTEN 变异证实为反式;因此对多数此类患者仅分析血液并不充分,会漏检存在的体细胞二次打击,且在 2 例变异均为体细胞的患者中会完全阴性;但这些变异的体质性来源仍属推定,其依据为 1 例患者血液分析的支持及 1 对母女家系中经传递的确立,其余患者仅分析病灶组织,且等位基因分数还取决于样本中病灶细胞的比例而该比例未标准化;这些发现对家系成员具有意义,但在估计遗传咨询中的再发风险之前,应在未受累组织(如血液或口腔黏膜上皮)中确认体质性来源,并尽可能行父母检测。本研究存在若干局限:为回顾性单中心分析,存在转诊偏倚,转诊诊断异质,若干组样本量不足以精确估计;样本中病灶细胞比例未标准化,VAF 因而同时反映嵌合水平与样本细胞构成;多数患者未分析配对未受累组织,体质性来源仍属推定;分析性能方面,检测下限未经实验确立,仅部分低水平变异经独立方法确认;拷贝数与结构变异未作分析,这对 PTEN、RASA1 与 GLMN 尤为重要,与深内含子及调控变异、低于检测限的嵌合及 panel 外基因一道可能解释部分阴性结果,故阴性结果并不排除分子病因;所提出的检测策略源自本队列,未与全外显子或全基因组测序等更广方法比较,尚需在独立队列中验证。研究结论部分译述如下:研究人员采用靶向下一代测序 panel 检测一组与该类疾病相关基因,分析了 375 例因节段性过度生长和/或血管畸形转诊的患者,并在 375 例成功检测者中的 266 例(70.9%)建立了分子诊断;因此,对受累组织 DNA 行聚焦基因 panel 的深度测序是该组患者有效的首选方法,而对 panel 结果阴性者更广或替代性检测仍有意义;检测与解读两方面仍具挑战,近三分之一变异 VAF 低于 5%,样本中受累细胞比例无法控制,且近 30% 患者仍未获分子诊断;同时 ACMG/AMP 标准系针对体质性变异制定,无法直接适用于受精后变异,而针对体细胞嵌合现有的规范零散且系为狭窄表型范围制定;因此需要针对体细胞嵌合疾病的共识标准,而积累特征明确的队列是制定此类标准的前提;为此,全部 375 例患者的临床特征及所检出的每一变异均已提供于补充表 S1 与 S2,为嵌合疾病的共享数据体系贡献了一个大型队列的分子图谱。

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