摘要
卵巢发育是女性生殖功能的重要过程，需要多种卵巢细胞群之间的协调相互作用。在这项研究中，我们结合了Illumina短读长和Oxford Nanopore长读单细胞RNA测序技术，对1个月、3个月、5个月和8个月大的宝山猪卵巢组织进行了分析。我们对细胞聚类和注释、细胞间通讯、全长转录本鉴定以及可变剪接进行了综合分析，以表征卵巢发育过程中的细胞和转录组动态。共获得了24,646个高质量的单细胞样本，鉴定了10种主要的卵巢细胞类型，其空间分布模式通过免疫荧光染色得到了进一步验证。卵巢细胞组成在发育阶段发生了动态变化，不同细胞类型具有不同的功能状态和转录调控网络。细胞间通讯分析显示，主导信号传递的细胞类型从卵泡细胞（SC）转变为斯莱克细胞（SMC），而包括COLLAGEN和NOTCH在内的关键通路在整个卵巢发育过程中都表现出持续的活性。长读单细胞测序共鉴定出11,942个基因的71,352个非冗余转录本异构体，其中卵泡支持细胞（FSM）的异构体占主导地位，并且在各个发育阶段表现出较高的表达水平。M3阶段显示出了最高的阶段特异性异构体和可变剪接事件多样性，外显子跳跃是最主要的剪接方式。我们的研究建立了宝山猪卵巢发育的全面转录组图谱，为了解细胞动态、细胞间通讯以及转录本异构体多样性提供了重要信息。
图形摘要
本研究结合了短读长读单细胞RNA测序技术，分析了宝山猪四个发育阶段的卵巢发育情况，鉴定了10种主要的卵巢细胞类型及其细胞间通讯的阶段性变化，揭示了广泛的转录本异构体多样性和可变剪接现象，其中M3阶段在阶段特异性异构体和可变剪接事件方面表现出最大的多样性。这些发现为卵巢发育提供了细胞和转录组层面的见解。
利益冲突
作者声明没有利益冲突。
数据可用性声明
本研究生成的所有单细胞RNA测序数据已存入NCBI Sequence Read Archive（SRA），BioProject访问号为PRJNA1393272。
