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靶向蛋白质降解（TPD）专利检索策略研究，提出每周警报系统FAQS和简版框架TQS，解决术语差异、翻译障碍及专利复杂性带来的检索挑战，覆盖小分子UPS靶向专利，强调创新跟踪必要性。
朱莉娅·N·海因里希（Julia N. Heinrich）
Bristol Myers Squibb公司
地址：美国新泽西州普林斯顿市Route 206 & Province Line Road，邮编08543
摘要
本文提出了一种用于靶向蛋白质降解（TPD）领域的每周专利预警策略。这一任务具有挑战性，原因包括治疗手段的快速发展、专利文献数据的复杂性、专利数据库索引的细微差别、语言翻译问题，以及发明人和律师倾向于使用独特术语。TPD是一项新兴的多学科技术，旨在通过重新引导分子来利用自然的蛋白质降解途径，从而靶向那些原本“无法用药物处理”的蛋白质。与传统“占据式”药物不同，TPD药物采用“事件驱动”的药理学机制，触发特定的生物事件，如蛋白质降解或调节蛋白质-蛋白质相互作用（PPIs）。本文概述了TPD技术，介绍了一种用于识别靶向泛素-蛋白酶体系统（UPS）的小分子的专利搜索策略，并强调了在这一领域进行有效创新跟踪的必要性。
部分内容摘录
蛋白质降解
生理性的蛋白质降解机制是维持细胞稳态的关键过程，它们通过调节蛋白质水平并清除受损或不需要的蛋白质来实现这一目标。这些途径的功能障碍可能导致严重的疾病和发育畸形，例如20世纪50至60年代由于违禁使用沙利度胺而导致的出生缺陷。
生理性蛋白质降解涉及两个主要的调控系统：泛素-蛋白酶体系统（UPS）。
搜索请求
要求提供一个每周专利预警服务，以全面覆盖针对小分子的TPD化合物。搜索范围包括具有药物化学特性的物质组成专利、全球范围内的相关文献，以及能够确立新治疗原理（PF）的出版物。为此，客户提供了一份包含357个唯一专利编号的参考列表（称为Provider Reference Corpus，PRC），该列表由负责研究数据利用小组的内部同事提供并委托了此次搜索任务。
搜索结果
2024年12月30日进行的搜索中，限定查询条件为优先权日期（PRD）在1998年10月9日之后，共检索到320个属于PRC范围内的治疗原理（PF），总计334个PF（见表1底部行）；其中3023个PF被分配到1-5的排名范围内。按排名顺序分布如下：排名1-2005的PF占66%；排名2-41的PF占26.8%；排名3-11的PF占26.8%；排名4-156和排名5-810的PF也各占26.8%（或排名2-4的PF占6.9%）（见表3）。PF的排名分配涉及一些细微的界限和主观判断。
讨论
TPD领域为创新提供了众多机会。由于人类基因组中已鉴定出超过600种E3泛素连接酶，因此有巨大的潜力开发出针对特定组织或疾病的下一代化合物，从而提高治疗效果并减少副作用[43,50,51]。新兴技术有望彻底改变TPD领域的发展格局。
为兼顾保密性和透明度，本文介绍了TQS（Thematic Query Skeleton），该框架详细说明了搜索策略的具体内容。
结论
本研究表明，一种名为FAQS的全面多查询预警策略对于捕捉TPD领域的全部创新成果至关重要，可确保不会遗漏任何关键专利（即“珍稀发现”）。尽管TQS的篇幅较短，但它仍能有效概括专利领域的总体趋势和特征，为基准分析和战略规划提供了实用框架。然而，即使使用强大的查询集，也难免会有一些治疗原理被遗漏。
关于写作过程中使用生成式AI和AI辅助技术的声明
在原始手稿和修订后的手稿准备过程中均使用了生成式AI工具。公司内部使用的ChatGPT版本用于起草查询框架（Thematic Query Skeleton，TQS），并协助文本润色、图表标题的编写及一些简单计算；同时，还使用了Microsoft Copilot进行文本优化。对于修订后的手稿，还使用了ChatGPT和Microsoft的订阅账户。
利益冲突声明
无。
致谢
我要衷心感谢Bristol Myers Squibb公司的同事们，特别是来自知识科学研究的Iain Wallace博士，感谢他提出了此次搜索请求。同时，我也感谢医学化学部门的Thomas Cummins博士，感谢他分享的相关幻灯片内容以及对手稿提出的建议。此外，还要感谢PatBase团队对我众多咨询的迅速回应，并允许我使用他们的资源。
缩写词表
专有于手稿的缩写词
- CA-C：
- Clarivate Analytics-Cortellis
- FAQS
- 完整查询集（Full Alert Query Set）
- PRC
- 提供者参考库（Provider Reference Corpus）
- TQS
- 主题查询框架（Thematic Query Skeleton）
专有于专利的缩写词
- CPC
- 合作专利分类（Cooperative Patent Classification）
- DSC
- 描述（Description）
- FIRSTCL：
- 专利中的主要权利要求（First Claim）
- INDCL：
- 独立权利要求（Independent Claims，与专利文件中的具体权利要求相关）
- IN
- 发明人（Inventor）
- IPC
- 国际专利分类（International Patent Classification）
- PF
- 专利家族（Patent Family）
- PRD
| 优先权日期（Priority Date） |
- SPUB
| 相同出版物（Same Publication） |
- TAC
| 标题、摘要和权利要求（Title, Abstract, and Claims） |
标准领域缩写词
- AbTAC
| 基于抗体的PROTAC |
- AI
| 人工智能（Artificial Intelligence） |
- AUTAC
| 自噬靶向嵌合体（Autophagy-targeting chimera） |
朱莉娅·海因里希博士（Julia Heinrich, Ph.D.）是一位资深经理兼专利与文献搜索分析师，拥有超过45年的实验室生物技术研究和知识产权分析经验。她撰写并合著了20多篇同行评审的学术论文和行业报告，拥有两项专利，并在专利搜索方法、竞争情报和科学交流方面做出了贡献。海因里希博士拥有康奈尔大学颁发的分子生物学和病毒学博士学位。
