从印度锡金地区一名食用发酵食品的健康男性的粪便样本中分离出的Staphylococcus equorum P30菌株的基因组序列草图

《Microbiology Resource Announcements》：Draft genome sequence of Staphylococcus equorum strain P30 isolated from a fecal specimen of a fermented food-consuming healthy male in Sikkim, India

该研究完成印度锡克姆邦健康志愿者粪便中肠膜金氏菌P30菌株的基因组测序，揭示其具有57条contig、2,728,812bp基因组，G+C含量33%，携带多重抗生素耐药基因（如dfrG、mph(C)等）但未检测到毒力因子。

　　

摘要

我们在此报告了从印度锡金地区一名食用发酵食品的健康志愿者的粪便中分离出的Staphylococcus equorum P30菌株的基因组序列草图。该基因组包含2,728,812个碱基对（bp），分布在57个连续片段（contigs）中，G+C含量为33%，并含有多种抗菌素耐药基因。

公告

Staphylococcus equorum最初是从健康马匹中分离出来的，是高盐发酵食品（包括奶酪和发酵肉制品）中常见的微生物成分。据报道，这种细菌能够水解食品中的蛋白质和脂质，从而产生风味化合物，赋予食品特有的感官特性（1）。然而，越来越多的证据表明该菌株获得了抗菌素耐药性（AMR），这引起了食品行业的严重关注，因此需要对其菌株进行彻底检测（2）。2023年6月，在锡金甘托克市的STNM医院，从一名食用发酵食品的健康男性的粪便样本中分离出一种S. equorum菌株。该菌株在添加了10 μg/mL万古霉素、10 μg/mL制霉菌素、5 μg/mL头孢磺啶、5 μg/mL甲氧苄啶、8 μg/mL两性霉素B和2.5 U/mL多粘菌素B的Brain Heart Infusion（BHI）琼脂培养基上生长。培养条件为厌氧环境，温度为37°C，培养时间为4-5天。随后，使用Promega公司的Wizard Genomic DNA Purification Kit提取了基因组DNA，并通过Thermo Fisher Scientific公司的Nanodrop 1000仪器测量了DNA含量。基因文库的制备采用了Illumina公司的Nextera XT DNA Library Preparation Kit和相应引物，定量分析则使用Promega公司的QuantiFluor dsDNA System（目录号E2670）。最终得到的基因组文库通过Illumina公司的Sample Purification Beads（[M] Tagmentation [96 samples, IPB], 20060059）进行双SPRI尺寸筛选，筛选范围为0.5×至0.7×，然后用Qubit 3.0软件进行分析，并在Illumina公司的Agilent Tapestation 4200平台上使用2 × 150配对末端测序协议进行测序，共获得1,409,908条读取序列（3）。读取序列分别在Fastp（版本0.23.4，--length_required 36）和FastQC（版本0.12.1，http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc）软件中进行了剪切和质量检测。基因组组装使用SPAdes（版本3.15.5）完成（5），其质量通过QUAST（版本5.0.2）进行评估（6）。基因组注释采用了NCBI的Prokaryotic Genome Annotation工具链（7）。除非另有说明，所有生物信息学分析均使用预设参数进行。基因的分类基于最相似的参考序列Staphylococcus equorum PA231（NCTC 12414），通过Type (Strain) Genome Server工具完成（8）。抗菌素耐药基因和毒力因子的预测使用了AMRprofiler（9）和VFDB 2025（10）软件。该基因组全长2,728,812 bp，包含57个连续片段，基因组覆盖率为52.2381×，G+C含量为33%，N₅₀为293,084 bp，L₅₀为4。基因组完整性估计为99.03%，包含2,691个基因，其中2,589个为蛋白质编码基因，54个tRNA基因，5个rRNA基因（5S、16S、23S：2个，2个，1个），以及多个抗菌素耐药基因（表1）；然而，未检测到任何毒力因子。

表1

表1 使用AMRprofiler预测的S. equorum P30基因组中的抗菌素耐药基因

ATP结合盒型抗生素外排泵；主要促进剂超家族（MFS）抗生素外排泵MFS抗生素外排泵消毒剂和防腐剂；氟喹诺酮类抗生素甲氧苄啶耐受性二氢叶酸还原酶dfr主要促进剂超家族抗生素外排泵消毒剂和防腐剂；氟喹诺酮类抗生素

耐药基因	耐药基因产物	抗生素类别
dfrG	甲氧苄啶耐受性二氢叶酸还原酶DfrG	甲氧苄啶
mph(C)	Mph(C)家族大环内酯类2′-磷酸转移酶	大环内酯类
msr(A)	ABC-F型核糖体保护蛋白Msr(A)	大环内酯类/链霉素
mgrA	头孢菌素类；消毒剂和防腐剂；氟喹诺酮类抗生素；青霉素类；肽类抗生素；四环素类抗生素
arlR
dfrC	二氨基嘧啶类抗生素
norA

致谢

作者感谢印度政府的DBT研究基金（MK Bhan青年研究员奖学金，编号BT/HRD/MK-YRFP/50/16/2021）以及位于印度莫哈利的BRIC-NABI PARAMSMRITI超级计算设施为这项研究提供的计算资源。