主要肿瘤驱动基因的突变率可以预测浅表扩散型或结节性原发性黑色素瘤患者的预后：这是意大利黑色素瘤研究组（IMI）开展的CARAMEL研究的结果

《Experimental Hematology & Oncology》：Mutation rates in main tumour driver genes predict prognosis in patients with superficial spreading or nodular primary melanoma: results from the CARAMEL study by the Italian Melanoma Intergroup (IMI)

黑素瘤亚型SSM和NM的驱动基因突变分析显示两者均存在较高突变率，但无显著差异，且多基因突变与预后不良相关。

　　

摘要

表浅扩散性黑色素瘤（SSM）和结节性黑色素瘤（NM）是两种最常见的皮肤原发性黑色素瘤组织类型。我们评估了来自不同意大利地区的SSM和NM样本中与黑色素瘤发生相关的基因的突变状态。研究发现，这两种组织类型中都存在大量突变的黑色素瘤驱动基因，且没有特定的突变模式区分SSM和NM病变；这些突变与较短的无进展生存期和较差的总体生存率显著相关。

致编辑：

皮肤黑色素瘤被分为四种主要的组织类型：表浅扩散性黑色素瘤（SSM）、结节性黑色素瘤（NM）、恶性雀斑样黑色素瘤（LMM）和肢端雀斑样黑色素瘤（ALM）[1]。SSM和NM占所有恶性黑色素瘤的90%[1, 2]。NM亚型的生长速度通常比SSM快，更常伴有NRAS突变[3, 4），并且具有许多预后较差的肿瘤特征，如较高的Breslow厚度和有丝分裂率，以及更容易发生溃疡和出现卫星病灶[5, 6]。因此，NM的5年总体生存率明显低于SSM（分别为46%和75%）[7

在这项研究中，我们在意大利黑色素瘤研究组（IMI）的多个中心进行了一项回顾性病例对照研究，以评估黑色素瘤驱动基因的突变状态是否有助于进一步区分SSM和NM亚型患者的预后差异。共识别出83例原发性皮肤黑色素瘤患者并进行了组织学检查。其中一例具有结节状外观的患者根据细胞学和结构特征被重新分类为痣样黑色素瘤。由于提取的DNA质量较低，有9例SSM病例被排除在外。最终，74例原发性皮肤黑色素瘤（32例SSM、41例NM和1例痣样黑色素瘤）接受了下一代测序（NGS）分析，分析了多个与黑色素瘤发病机制相关的基因（详见“患者和方法”部分，见补充数据）。病例在性别、诊断时年龄、肿瘤大小和溃疡状态等关键特征上分布均匀（见补充表S1）。

共检测到236个基因变异（见补充图1）；其中157个为可能致病的突变（见补充表S2和S3）。近一半的突变发生在BRAF基因（34/74；46%）；其他突变基因包括TP53（18；24%）、NRAS（17；23%）、ARID2（10；14%）、CDKN2A（9；12%）和PIK3CA（5；7%）（见补充表S3）。SSM的突变平均和中位率为1.2，NM为2.8和2.0。与NM相比，SSM病灶中BRAF和NRAS基因的野生型比例显著更高（SSM为17/32；53%，NM为7/41；17%）。BRAF、NRAS和非BRAF/非NRAS基因的突变分布见补充图2。

主要驱动基因（BRAF，46%；NRAS，23%）的突变频率与文献报道的结果相似。NM中NRAS突变的频率显著高于SSM（37% vs 3%，p<0.001），PI3K/AKT通路的突变频率也较高（22% vs 3%，p=0.04）。然而，SSM和NM在BRAF（p=0.81）和细胞周期通路基因（p=0.14）的突变频率上没有显著差异（见补充表4）。与NM相比，SSM病例中未检测到任何分析的黑色素瘤相关基因的致病突变（SSM为31%，NM为7%，p=0.02）；相反，NM病例中通常携带两个或多个致病突变（SSM为66%，NM为28%，p<0.01）（见补充表4）。

我们还评估了BRAF-V600突变的等位基因频率（VAF）——即携带突变序列的比例除以该位点的总覆盖度（最近，我们的团队定义了该突变在BRAF突变患者中的临床作用[8）。尽管NM中的BRAF突变中位VAF率高于SSM（分别为29.3%和9.4%），但未发现显著关联（见补充图S3）；同样，在较厚的黑色素瘤中观察到BRAF突变的VAF率也较高，但同样没有显著关联（见补充图S4）。

根据组织病理学和人口统计学特征（表1），在Breslow厚度较低（pT₁ 37% vs pT_2–4 6%；p=0.05）、Clark分级较低（II 64% vs III-V 9%；p<0.01）、无溃疡（无溃疡 31% vs 有溃疡 3%；p<0.01）以及有丝分裂率较低（≤1/mm² 38% vs ≥2/mm² 5%；p<0.01）的黑色素瘤中未检测到突变。

表1 根据人口统计学和临床特征的突变状态

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携带三个或更多黑色素瘤驱动基因突变的患者无进展生存期显著缩短（p<0.01），无论组织类型如何；在同一患者亚组中，还观察到与较差总体生存率之间的潜在显著关联（p<0.07）（见图1）。突变状态与预后无关：无论是否有其他共突变，BRAF突变患者和BRAF野生型患者中均未见关联（见图1）。已知BRAF突变会促进黑色素瘤细胞增殖，并与其他不良预后因素相关[9109, 1112, 13]。相反，BRAF突变的存在通常与转移性黑色素瘤或高风险（T2b或更晚期）黑色素瘤患者的较差生存率相关[9, 14, 15

图1

根据受影响基因（上图曲线）和突变率（下图曲线）显示，携带三个或更多黑色素瘤驱动基因突变的患者无进展生存期显著缩短（p<0.01）。在相同患者亚组中，还观察到与较差总体生存率之间的潜在显著关联（p<0.07）（见图1）。BRAF突变与否以及BRAF野生型患者中是否存在其他致病基因突变与预后无关（见图1）。已知BRAF突变会促进黑色素瘤细胞增殖，并与其他不良预后因素相关[9109, 1112, 139, 14, 15

图1

根据受影响基因（上图曲线）和突变率（下图曲线）显示，患者的无进展生存期和总体生存率。

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我们的研究存在一些局限性：病例数量较少，患者招募为回顾性研究，且缺乏疾病过程中的详细信息。经过仔细验证，所有样本的肿瘤DNA浓度没有差异，我们的发现表明SSM和NM亚型在多个基因通路中都存在突变，说明它们是一个异质性的肿瘤集合。将基于NGS的基因改变检测面板整合到临床实践中，可以提高评估不同黑色素瘤亚型预后意义的能力。