在基于计算机的DNA条形码技术中，该方法在从媒介监测样本中识别物种方面优于全基因组测序

《Scientific Reports》：In silico DNA barcoding surpasses whole genome sequencing for species identification from vector surveillance pools

　　

摘要

蚊媒疾病每年导致超过60万人死亡，主要发生在撒哈拉以南非洲国家。蚊虫监测是病媒控制计划中的关键环节，以确保其有效性。本研究旨在优化MinION测序仪在蚊虫样本分析中的应用，并简化生物信息学工作流程，以便在非洲的实地实验室中使用。实验中使用了不同的人类疾病传播媒介蚊种来构建蚊虫样本，模拟实际野外捕获的蚊虫情况。部分样本中添加了疟原虫Plasmodium falciparum和丝虫Brugia malayi的DNA。首先，使用三种方法将测序数据映射到完整的参考基因组上，并比较了它们的准确性；随后，又将数据映射到已组装的基因组上，或映射到诊断条形码序列的串联上，以评估不同蚊种和病原体的相对丰度。结果表明，Minimap2与samtools的组合是最高效的方法；在估计蚊种丰度时，针对性分析比全基因组分析更为准确。实验还证明，MinION设备适用于蚊虫样本的分析，且数据分析所需的培训相对较少。这为撒哈拉以南非洲地区的病媒监测工作提供了实用的解决方案。