从富集到解读：基于PS4技术的台湾遗传性视网膜变性疾病重新分类研究

《Human Genomics》：From enrichment to interpretation: PS4-driven reclassification in Taiwanese inherited retinal degeneration

　　

摘要

背景

遗传性视网膜变性（IRD）是一组具有显著遗传和表型异质性的单基因疾病。尽管下一代测序（NGS）能够识别出候选变异，但许多变异仍被归类为意义不明确的变异（VUS）。与祖先相匹配的人群数据可以增强比较证据，而国家生物库的出现为通过病例对照分析实施ACMG/AMP标准PS4提供了新的机会。

方法

我们将802名IRD患者的队列与台湾生物库中1,492个个体的全基因组等位基因频率数据进行了整合。应用了基于等位基因的病例对照框架，当Haldane–Anscombe校正后的比值比≥5且95%置信区间排除1时，将该变异归类为PS4。在PS4分类后，需要对变异进行进一步筛选：(i) 位于与IRD相关的基因中；(ii) 在gnomAD v4.1数据库中在东亚人群中较为罕见；(iii) 在RefSeq中被标注为外显子区、非翻译区或剪接区（±20 bp）。使用GeneBe生成了初步的ACMG/AMP分类，并通过专家审核进行了最终确定。

结果

纳入PS4标准后，变异的解释得到了显著改进，其中两个变异从“可能致病”升级为“致病”，六个变异从“意义不明确”升级为“可能致病”。包括CNGB1（NM_001297.5）：c.2921T > G和CFAP410（NM_004928.3）：c.340_351dup在内的纯合子示例变异，其基因型与表型一致性通过确认性测序得到了验证，展示了从统计富集到临床报告的端到端工作流程。

结论

一个考虑祖先背景的病例对照框架有助于有效实施PS4标准，并提高了IRD变异分类的准确性。这种可复制的策略支持将特定人群的基因组数据整合到临床工作流程中，也可应用于其他单基因疾病。

背景

遗传性视网膜变性（IRD）是一组具有显著遗传和表型异质性的单基因疾病。尽管下一代测序（NGS）能够识别出候选变异，但许多变异仍被归类为意义不明确的变异（VUS）。与祖先相匹配的人群数据可以增强比较证据，而国家生物库的出现为通过病例对照分析实施ACMG/AMP标准PS4提供了新的机会。

方法

我们将802名IRD患者的队列与台湾生物库中1,492个体的全基因组等位基因频率数据进行了整合。应用了基于等位基因的病例对照框架，当Haldane–Anscombe校正后的比值比≥5且95%置信区间排除1时，将该变异归类为PS4。在PS4分类后，需要对变异进行进一步筛选：(i) 位于与IRD相关的基因中；(ii) 在gnomAD v4.1数据库中在东亚人群中较为罕见；(iii) 在RefSeq中被标注为外显子区、非翻译区或剪接区（±20 bp）。使用GeneBe生成了初步的ACMG/AMP分类，并通过专家审核进行了最终确定。

结果

纳入PS4标准后，变异的解释得到了显著改进，其中两个变异从“可能致病”升级为“致病”，六个变异从“意义不明确”升级为“可能致病”。包括CNGB1（NM_001297.5）：c.2921T > G和CFAP410（NM_004928.3）：c.340_351dup在内的纯合子示例变异，其基因型与表型一致性通过确认性测序得到了验证，展示了从统计富集到临床报告的端到端工作流程。

结论

一个考虑祖先背景的病例对照框架有助于有效实施PS4标准，并提高了IRD变异分类的准确性。这种可复制的策略支持将特定人群的基因组数据整合到临床工作流程中，也可应用于其他单基因疾病。