PRIME-BSPre：一种基于模板的基因组范围内蛋白质-RNA结合位点预测方法

《BMC Genomics》：PRIME-BSPre: a genome-wide protein-RNA binding sites prediction method based on templates

　　

摘要

在本文中，我们提出了PRIME-BSPre，这是一种基于模板的基因组范围方法，用于预测蛋白质-RNA结合位点。该方法综合考虑了RNA序列及其二级结构，以及相应RNA结合蛋白（RBP）的三级结构。我们是首次在PRIME-BSPre中引入低香农熵算法来描述RBP对RNA基序的结合偏好。PRIME-BSPre中的LS-PEAK是通过LS-Scores计算得出的，用于优化比对筛选过程。该算法已在人类基因组上进行了成功测试，证明了其在独立RBP数据集上的出色预测性能以及在不同细胞系中的稳定性。