MERFISH空间转录组学服务马年上新啦！

瑞马迎春，基因集团上海贝晶生物技术有限公司2022年率先在国内开展的MERFISH空间转录组学服务从技术应用，实验方案及生信分析全方位上新啦！马踏春风，助您在新的征途骐骥千里，一路长虹！

新年新突破之----前沿技术应用

MERFISH技术自美国两院院士庄小威2015年发明以来，其媲美单分子FISH的高灵敏度及原位单细胞超分辨率检测的技术先进性经过10余年用于基础科学研究的沉淀和严格的市场验证，目前已有300+文献发表，100篇+高IF科学文献；超过200个国际性知名研究所、高校使用，是空间转录组学研究发现的可靠平台。

继2025年数十篇各研究领域的SCN级高分文献涌现后（见表一部分示例），在2026年刚过去的一个多月里，MERFISH技术又在植物学顶刊《The plant cell》揭示小麦花穗发育过程中细胞层面的表达梯度变化空间转录组学中取的新突破！

（Spatial transcriptomics reveals expression gradients in developing wheat inflorescences at cellular resolution | The Plant Cell | Oxford Academic）。

小麦是全球重要的粮食作物，小麦花序（穗）的发育情况决定小麦粒的产量。然而，最早开始发育的基部初级小穗常发育延迟甚至停止发育无法产籽，研究小麦花序（穗）不同部位的发育机制对优化小麦品质提高产量至关重要。植物花序结构的多样性是由基因表达模式所决定的，之前的研究尽管确定花序的中央和基部区域之间存在基因表达差异，但由于技术限制，沿花序（穗）顶端到基部轴的基因表达模式仍不清晰。

作者研究团队采用优化的MERFISH空间转录组学技术将小麦花序组织中涵盖 4 个发育阶段的200个重要基因的转录空间定位到单细胞水平。通过对50000 个细胞进行细胞划分和聚类，识别出 18 个表达区域及其富集的基因，揭示了小穗和花发育的时空组织性，并表征了相关组织水平的基因标记。继而利用这些区域及单细胞精度的精细时空表达图谱对沿顶端到基部轴差异表达的基因表达模式进行了表征，发现在可见小穗形成之前，腋生分生组织及其下方叶脊在顶端-基部轴方向上具有明显差异的、空间协调的表达模式，这些模式有助于区分腋生分生组织及其下方的叶脊，并揭示了决定分生组织身份和转变的模式形成因素。 研究成果中所有的原始数据和处理后的数据均公开可用，且可通过一个交互式的网络图谱界面（www.wheat-spatial.com）进行访问。

除了植物学方面的前沿突破应用，新年伊始MERFISH技术在医学研究，如帕金森症，新生儿坏死性肠炎（NEC），心血管等领域也有新的文献报道，还有文献发表关于人类基底神经节的多模态单细胞表观基因组和三维基因组图谱，小鼠肠道区域及受微生物群影响下的分子、细胞和空间结构特征及高精度空转图谱，更多MERFISH前沿应用，可持续关注我们的报道，以及登录官网分类检索（https://vizgen.com/resources/publications/）

表一：2025年发表的MERFISH技术代表性文献示例

（*截止2025年底MERFISH文献发表超过300篇）

新年新突破之----升级版实验方案

2026年全面升级的MERFISH 2.0版技术（见下原理示意图），涵盖了探针设计及相关试剂耗材的优化升级，更优的RNA锚定，更多探针结合，增强放大的检测信号大幅提升了对低质量困难样本的检测灵敏度，确保MERFISH技术能高质量检测更多困难样本，尤其对一些低质量的临床肿瘤组织样本，经测试灵敏度提升高达8倍。

MERFISH 2.0版技术原理示意图

全面升级地MERFISH 2.0版方案将助您

 绘制更高精度细胞类型和空间关系图谱

 检测转录组变异，研究细胞状态，揭示疾病机制

 突破样本瓶颈，从存档的石蜡包埋样本获取高质量数据和新发现

 灵活定制，从容应对不断进展变化的研究问题

更多转录本！更多细胞！更多发现！

MERFISH 2.0版全球知名医学研究用户反馈示例：

来自意大利圣拉斐尔 - 泰莱顿基因治疗研究所骨髓样本的反馈：

来自澳大利亚墨尔本大学的沃尔特与伊莱扎·霍尔研究所：

来自德国图宾根大学医学院：

新年新突破之----更多生信分析方案

基因集团上海贝晶生物技术有限公司秉承集团二十多年来转录组服务及相关数据分析经验，为广大用户提供高品质专业服务。强大的生信支持除提供丰富的标准分析项目外，还能根据客户需求及相关文献进行各项高级定制分析。

针对空间转录组应用热点和数据分析痛点，新年度重磅推出以下高级数据分析：

我司MERFISH数据分析特点：

 报告内容丰富易用：除了常规PDF版报告外，提供交互式网页版生信分析报告，方便快速过滤和筛查。

 出版级的可视化效果，符合文献发表标准。 

 完整涵盖常用的聚类Resolution范围，更容易找到贴近用户研究目标及样本的聚类方式。

 可根据客户需求进行重点ROI区域，跨片综合分析。

欢迎广大研究用户来电加微咨询合作，更多服务可参见Baygene官网（上海贝晶生物技术有限公司），扫码加微技术支持，以及联系基因集团各办销售。